Bảy tháng sau khi cuộc chấp cung các bị can chấm dứt, tới ngày 4 tháng 11 năm 1948, Toà mới chánh thức đăng đường trở lại để tuyên án. Lúc này trên hàng ghế bị cáo, người ta thấy thiếu nhiều bộ mặt như bác sĩ Okawa hiện ở trong dưỡng trí viện, Tướng Matsuoka và Đô đốc Nagamo đã chết trong tù. Ông này chính tà người đã chủ trương phát động chiến tranh để giải quyết nạn thiều dầu của Nhật. Hôm nay là phiên xử để tuyên án, nên lôi cuốn khá đông khán giả tới dự thính. Ba mươi thông dịch viên Mỹ - Nhật thay phiên nhau làm việc, phiên dịch tại chỗ các phán quyết của Tòa. Đại ý bản án tổng quát như sau :
«Cuộc chinh phục Mãn châu và Trung Hoa là âm mưu của phe quân phiệt và do Chánh phủ Nhật phát động. Do sự thúc đẩy của các Tướng lãnh, Chánh phủ Nhật đã thi hành một chánh sách bành trướng bằng võ lực, gây hấn với các quốc gia láng giềng. Nhật Hoàng và dân chúng vô can. Phe quân nhân đã nắm hầu hết các chức vụ quan trọng, khiến không ai có thể chống đối được đường lối và hành động của họ. Các Tướng lãnh đã tìm cách lừa dối Thiên Hoàng.
Cuộc đàn xếp với Mỹ của Chánh phủ Nhật trước lúc chiến tranh xảy ra không có thực tâm, mà chi là thù đoạn của Phe Trục».
Hoàng thân Konoye mặc dầu đã chết vẫn bị lãnh một bản án vì tội đã ký hiệp ước đưa Nhật vô Liên minh phe Trục Đức - Ý. Hoàng thân cũng là người cầm đầu chủ trương chiếm cứ các lãnh địa giữa Nam Dương, Miến Điên, và một phần Tân Tay Lan. Ông và Bá tước Kido là hai nhân vật chánh phải chịu trách nhiệm về việc Nhật Bản thành một nước độc đảng.
Các Tướng lãnh Araki, Hata, Koiso, Umeai và Bá tước Kido, Đô đốc Shimada, Đại tá Hashimoto và 9 nhân vật khác đều bị tuyên án khổ sai chung thân. Shigenori Togo, cựu ngoại trưởng trong Nội các Tojo bị kêu án 20 năm tù ở. Mamoru Shigemitsu : 7 năm tù ở về tội không âm mưu nhưng có tham dự vào việc phát động chiến tranh xâm lăng, và không chu toàn công cuộc điều tra về các hành động ngược đãi tù binh. Nhà ngoại giao với giọng ôn tồn cho rằng trong một nội các chiến tranh, quyền hạn của ông bị hạn chế, không thể làm gì được.
Các Tướng lãnh Đoihara, Itagaki, Kimura và Muto đều bị kêu án tử hình vì các tội : âm mưu phát động chiến tranh xâm lược, phá hoại hòa bình, chịu trách nhiệm về những hành động ngược đãi tù binh chiến tranh và tù dân sự. Đồng một số phận tử hình là các Tướng Yamashita và Homma, đã bị hành quyết tại Manila. Tướng Matsui, người chịu trách nhiệm về việc không ngăn cản những hành động «bạo hành giết chóc tập thể và cá nhân, trộm cướp hãm hiếp tại Nam kinh» cũng lãnh án tử hình. Đồng lãnh án tử hình còn có một nhân vật dân sự, đó là Koki Hirota. Cựu Thủ Tướng Hiranuma : chung thân khổ sai. Sau cùng là Hideko Tojo, bị buộc vào các tội : âm mưu phát động chiến tranh xâm lược, phá hoại hòa bình, trách nhiệm về việc hành hạ, ngược đãi tù binh trong công tác làm đường xe lửa Thái Lan — Miền Điện.
Nguyên văn bản án của Tojo như sau :
«Bắt đầu từ năm 1937, sau khi nắm chức Tư lệnh Đạo binh Kwangtung ở Mãn châu, bị can bắt dầu tham dự vào các âm mưu của phe Tướng lãnh. Bị can đã thảo kế hoạch xâm lăng Nga sô và đề nghị đánh Trung quốc để bảo đảm cho hậu quân Nhật trong kế hoạch tấn công Nga. Từ đó bị can luôn luôn nuôi dưỡng ý tường phát động những cuộc chiến tranh xâm lược.
Từ tháng 7 năm 1940, sau khi trở thành Tổngtrưởng . chiến tranh, bị can đã tiến hành nhiều công cuộc chuẩn bị và âm mưu lập kế hoạch phát động chiến tranh xâm lăng các nước láng giềng. Bị can là người chủ chốt và thi hành công việc một cách quyết tâm, khéo léo, kiên trì.
Bị can trở thành Thủ Tướng Chánh phủ Nhật Bản vào tháng 10 năm 1941, và tiếp tục lãnh đạo chiến tranh xâm lược cho tới năm 1944. Với chức vụ Thủ Tưởng Chánh phủ kiêm Tổng Trưởng chiến tranh, bị can đã chủ động trong việc xâm lăng Trung Quốc, Hoa Kỳ, và toàn thể Đông Nam Á để bảo đảm việc cung cấp nguyên liêu cho kỹ nghệ Nhật.
Bị can đã dùng tất cả ảnh hưởng và quyền hạn để hỗ trợ chánh sách xâm lăng của Nhật, đóng vai chánh yếu trong các quyết định hỗ trợ chánh sách đó. Bị can là người chủ chốt chịu mọi trách nhiệm về các hành động tấn công xâm lăng của Nhật. Trước Tòa án này, bị can vẫn cho rằng đó là những hành động tự vệ chánh đáng của Nhật. Nhưng Tòa đã nhận thấy lập luận đó không có căn bản vững chắc nào.
Và Tòa tuyên án tử hình».