Tojo bình phục một cách mau chóng. Sau khi ra khỏi bệnh viện, ông được đưa tới ở trại Omori một thời gian, Omori trước đây là trại giam tù binh Đồng Minh, và cuối cùng bị đưa vô nhà tù Sugamo. Tại đây Tojo gặp nhiều bộ mặt quen thuộc như Bá tước Kido, cựu Chưởng ấn của Nhật hoàng ; Araki, ông Tướng hăng hái hô hào mở rộng Đế quốc Nhật ; các Tướng Doihara và Itagaki, từng đóng vai chánh trong vụ chiếm Mãn Châu ; Tướng Matsui, người chịu trách nhiệm cuộc tàn sát, cướp bóc, hãm hiếp ở Nam kinh trước đây; Tướng Umezu và Shigemitsu, mấy tuần trước đã đại diện Nhật ký tên vô văn kiện đầu hàng trên chiến hạm «Missouri»; Matsuoka, cựu ngoại trưởng đã đưa Nhật rút ra khỏi Hội Quốc Liên và gia nhập phe Trục. Ngoài ra, còn nhiều nhân vật quân sự và dân sự khác nữa như : Bác sĩ Okawa, một trong những người sáng lập ra đảng Hắc Long, ông này gặp lại người bạn quen thuộc là Đại tá Hashimoto, người chỉ huy các cuộc bắn phá chiến thuyền Anh-Mỹ tại Hương cảng trên sông Dương Tử năm 1938. Hoshino và Đô đốc Sbimada, cựu Tổng trưởng trong Nội các chiến tranh của Tojo trước đây, lúc này cũng có mặt đông đủ. Ngoài ra còn có các cựu Thủ Tướng Hiranuma, Hirota, và Koiso, cầm đầu những Nội các trước và sau Tojo.
Trong số các nhân vật có tên trong danh sách tội phạm chiến tranh, nhưng Mỹ không bao giờ bắt được họ, người ta thấy tên tuổi Hoàng thân Konoye nổi bật hơn cả. Ông đã uống thuốc độc tự vận đêm 16 tháng Chạp năm 1945, trước khi bị gọi tới trình diện tại khám đường Sugamo. Bên cạnh xác ông, người ta thấy bài thơ Vực sâu của thi sĩ Oscar Wilde và một lá thơ tuyệt mạng. Trong đó, Hoàng thân nói ông không thể nào «chịu được cảnh bị bắt và bị xử trước một tòa án của người Mỹ... Thực là chuyện đáng tiếc khi thấy tên minh bị liệt vào danh sách tội nhân chiến tranh, vì từ bao nhiêu năm trước, tôi vẫn luôn luôn nỗ lực hoạt động nhằm mục đích hợp tác với Hoa Kỳ trong vùng Thái bình dương... Tình hình hỗn loạn và căng thẳng của thế giới hiện tại rối dần dần sẽ đi tới chỗ lắng dịu, thăng bằng... Chỉ lúc đó một sự phán xét công bằng trước tòa án của Thượng Đế mới có thể có được.» Tại các lãnh thổ chiếm đóng của Nhật ở hải ngoại cũng có vô số sĩ quan bị bắt. Tướng Yamashita, «con cọp Mã Lai», người hùng chiến thắng MacArthur tại Phi Luật Tân trước kia, giờ cũng cảm phận ngồi chung trong tù cùng với Tướng Homma để chờ ngày ra tòa.
Vào tháng Hai năm 1946, bà Tojo từ Kyushu trở lại thăm chồng tại khám đường ở Tokyo. Đây là lần đầu tiên hai vợ chồng gặp lại nhau kề từ hôm ông bị bắt, và bà vội vã trở về Kyushu lánh nạn. Gặp lại nhau trong khám đường, Bà thấy Tojo có vẻ phấn khởi hơn trước, mặc dầu theo nhận xét của bà, cách đối xử với các tù binh tại đây không được tử tế cho lắm. Chỗ ăn chỗ nằm đều tồi tệ, và thực phẩm thiếu thốn. Cách đối xử với phạm nhân không được lịch sự. Hình như người Mỹ đã cố tình để cho các nhân vật này nếm thử mùi khổ sở của nhà tù, giống như cảnh lúc trước các tù binh Mỹ đã phải chịu ở trại giam Omori. Nhiều khi cai ngục có một vài cử chỉ khắt khe để thử coi tù binh có chịu tuân theo kỷ luật khám đường hay không. Nhưng dù sao cũng không có chuyện tra tấn dã man, bỏ đói, hành hạ, giống như cảnh các cai ngục người Nhật đã áp dụng đối với lính Mỹ trước đây Lúc này Tojo đã tỏ ra hoàn toàn bình thản, vui vẻ chờ ngày ra tòa để nhận lãnh trách nhiệm chiến tranh thay cho Thiên Hoàng. Ồng không còn muốn tự tử nữa. Tuy nhiên, các cai ngục vẫn đề phòng ông tìm cách tự tử, nên tịch thu cả cặp kiếng cận thị của ông.
Sau khi chiến tranh chấm dứt, dân Nhật sống rất đói khổ, không quần áo, nhà ở, lương thực thiếu thốn. Vì vậy, tại khám đường Sugamo, các tù nhân tuy không được cung cấp mọi thứ nhưng so với bên ngoài, có thể nói họ vẫn tương đối đầy đủ hơn. Ngày 3 tháng 5 năm 1946, Tòa án Quân sự Quốc tế Viễn Đông bắt đầu xử phiên nhóm đầu tiên tại Bộ Tư lệnh Quân khu Tokyo. Trung tá Kenworthy, chỉ huy đơn vị Quân cảnh giữ an ninh tại Tòa, cho phép thân nhân được thăm viếng can phạm vào lúc Tòa ngưng xử từ 12 giờ tới 1 giờ trưa. Vì vậy bà Tojo thường dẫn con gái tới thăm ông vào dịp này, thường thường mỗi tuần hai lần. Người Nhật tự hạn chế các cuộc thăm viếng như vậy để khỏi làm phiền lính gác quá nhiều.
Có lần tới thăm ông, Bà Tojo cho ông biết có một vị chủ báo tên là Oishi đề nghị được giúp đỡ ông hàng tháng một số tiền là 10.000 yen (trị giá khoảng 60.000 đồng VN). Bà thuật lại ông chủ nhiệm Oishi đã nói với bà : «Tướng Tojo đã nhận tội thay cho cả nước. Nhưng chúng tôi không thể nhẫn tâm thấy gia đình ông không nơi nương tựa trong lúc này.» Tojo khuyên phu nhân nên nhận, và cảm thấy được an ủi phần nào khi thấy rằng không phải tất cả mọi người đều bỏ rơi ông. Qua kinh nghiệm đói khổ của nước Đức sau thế chiến I, Tojo đã nhìn thấy trước những khó khăn về kinh tế Nhật Bản sẽ phải chịu sau khi bại trận.
Trung Tá quân cảnh Ken worthy là người được thuyên chuyển từ Manila ở Phi Luật Tân tới để trông coi khám đường Sugamo. Ở Phi, ông đã nhìn thấy lòng can đảm và chịu đựng của Tướng Yamashita. Tới Sugamo, Trung tá Kenworthy thêm cảm phục trước thái độ cư xử của Tướng Tojo. Sau này viên Trung tá Mỹ có viết một bài đăng trên báo Bungei Shunji kể lại như sau : «Mỗi lần nhìn qua chấn song của cửa sổ nhà giam Sugamo, tôi không hề có cảm tưởng minh là cai ngục và Tojo là tù nhân. Nhưng tôi nhận thấy Tojo chính là một bậc Thầy, và tôi chỉ là cậu học trò nhỏ. Thực vậy, cung cách cư xử của ông, nhất là các đức tánh chịu đựng, tha thứ, đã khiến Tojo trở thành vị lãnh đạo tại khám đường Sugamo đối với các bạn tù của ông, cũng như với các cai ngục mà định mạng đã khéo an bài để canh gác ông.»
Trong phiên xử đầu tiên, luật sư Pal người Ấn độ, bác bỏ việc đem một số cá nhân ra xử sau khi nước họ đã thất trận. Nhưng đại diện Công tố viện, Keenan, lên tiếng trả lời cho rằng những chức vụ then chốt trong Quốc gia mà họ đã giữ trong thời kỳ chiến tranh, những hành động họ đã làm khiến những cá nhân hay nhóm người này không thể nào trốn tránh khỏi tránh nhiêm đối với những tội ác mà đồng bào của họ đã gây ra trong chiến tranh. Sau đó ông kết luận : «Những thủ tục tỉ mỉ tiến hành thận trọng trong thời gian lâu dài thâu thập tài liệu của phiên tòa này, khiến nó có một ý nghĩa rộng lớn hơn là việc xét xử những cá nhân.»
Tòa bắt đầu chấp cung các bị can. Trước hết là bác sĩ Okawa. Ông này trong lúc bị hỏi cung luôn luôn lẩm bầm, vùng vằng, chửi bới, chớ không chịu ngồi yên như các bị can khác. Quân cảnh phải luôn luôn kèm giữ hai bên. Cuối cùng, ông ta bất ngờ nhoài người lên phía trước dơ tay thoi vô đầu Tojo ngồi ở hàng ghế bên trên. Ông này chỉ mỉm cười, không nói gì. Tòa truyền cho quân cảnh đem bác sĩ Okawa ra ngoài. Những cuộc khám nghiệm thần kinh sau đó cho thấy ông đã bị thác loạn từ lâu, và ông được đưa tới điều trị tại một bệnh viện tâm trí.
Những buổi chấp cung sau đó diễn ra trong không khí buồn nản. Hầu hết bị can đều ngồi im lặng, không phản đối nói năng gì. Thỉnh thoảng họ trả lời ngắn ngùi các câu hỏi của Đại diện Công tố. Keenan cố gắng làm cho không khí trở nên linh động, nhưng nhiều khi các ý kiến và lập luận của đại diện công tố Keenan không được Chánh án Sir William Webb chấp nhận. Hỉnh như càng ngày càng có những bất đồng sâu sắc giữa Toà và Công tố viện.
Tới phiên mình được chấp cung, Tojo đã phản đối đại diện công tố viện khi ông này dùng danh từ Đại tướng Tojơ. Ông cho rằng quân đội Nhật Bản hiên nay không còn nữa, nên ông chỉ là một người thường mà thôi. Không có cấp bậc nào khác. Những câu trả lời ngắn gọn nhưng đầy đủ ý nghĩa sâu sắc của ông khiến quan tòa và mọi người hiện diện rất khâm phục, kể cả đại diện công tố viện. Ông không hề phủ nhận những công việc đã làm trong thời kỳ chiến tranh, nhưng ông cho rằng phiên tòa này thiếu nền tảng pháp lý, vì đây chỉ là một nước thắng trận đem các công dân của nước bại trận ra xét xử theo sáng kiến riêng của họ. Không hề có một căn bản luật pháp quốc tế nào cho phép làm như vậy. Và từ trước tới nay cũng chưa hề có vụ xét xử nào như vậy giữa các quốc gia trên thế giới. Chính Tướng MacArthur sau này cũng cho rằng việc xét xử con người với con người không thể nào tuyệt đối được. Tuy nhiên ông cho rằng «mọi điều kiện pháp lý cần thiết đã được duy trì đầy đủ trong phiên tòa đó đế làm sáng tỏ công lý.»
Có một lúc câu trả lời của Tojo đã khiến mọi người trong phòng xử bật cười khi đại diên công tố hồi : «ông có nhận thấy cơ cấu tố chức chánh trị hiên nay ở Nhật Bản đã được cải thiện tốt đẹp hơn, với sự giúp đỡ của quân đội chiếm đóng hay không ?» Và Tojo trả lời: «Xin lưu ý dùm cho là tôi bị giam trong tù từ hai năm nay, làm sao tôi có đủ tư cách để nhận xét vấn đề đó.»
Sau này tờ Nippon Shaha đã vạch rõ rằng việc biện hộ cho các bị can trong phiên tòa này không được bảo đảm đầy đù. Khoảng 80 phần trăm các chứng cớ gỡ tội cho bị can đều bị Tòa bác bỏ. Và tờ báo này cho rằng sở dĩ như vậy là chỉ vì thiếu tiền. Thực vậy, lúc đầu Chánh phủ của Thủ Tướng Shidehara định vận động quyên góp trong giới báo chí, xuất bản và kỹ nghệ gia, để lấp một quỹ đài thọ tổn phí cho việc biện hộ là 10.000.000 yen (khoảng 60.000.000 đồng VN). Nhưng sau việc này phải bỏ dở vì Chánh phủ Shidehara bị đổ, Từ báo cho rằng nếu có đủ tiền để vận đông, chắc chắn đã không có ai bị tử hình. Thực vậy, vào lúc phiên xử mới bắt đầu, dư luận báo chí quốc tề rất bất lợi cho các bị can. Nhưng sau nẩy nhờ những cuộc đi chơi ăn nhậu giữa giới ký giả quốc tế và các viên chức Nhật, nên dư luận bất lợi nầy đã dần dần thay đổi. Dân chúng Nhật, lúc đầu còn tò mò tới coi sau rồi cũng dần dần thưa thớt, không còn ai. Tờ Nhật Bản Thời Báo trong số ra ngày 7 tháng 5 năm 1956 đã tiết lộ, nếu có đủ tiền, Ủy ban vận động bảo vệ các bị can dự định sẽ tổ chức những bữa tiệc với báo chí, quan tòa, công tố viện, luật sư để «cảỉ thiện những liên lạc với các nhân vật đó.»
Sự thân thiện đó rõ ràng đã được cải thiện sau những bữa tiệc và quà tặng cho các nữ thơ ký của họ. Người Mỹ muốn cho dân chúng Nhật chú ý tới các phiên xử này để biểu diễn nền dân chủ pháp trị của Tây phương. Nhưng kết quà không có gì đáng kể, vì không lôi cuốn được sự chú ý của dân Nhật bao nhiêu. Chỉ có phiên xử Tojo ngày 28 tháng Chạp năm 1947 là khiến cho dư luận Nhật trở nên sôi động hơn cả. Họ chú tâm theo dõi vị cựu Tướng lãnh 63 tuổi này, không phải về tội phạm chiến tranh của ông, nhưng vì ông là người họ cho là phải chịu trách nhiệm về sự bại trận nhục nhã của nước Nhật. Nói chung thì phiên tòa xử các tội phạm chiến tranh ở Nhật không gây được không khí sôi động trước dư luận quốc tế, vì ở đây không có những khuôn mặt nổi bật như Hitler, Goebbels, Ribbentrop, Goering và Streicber của Tòa án quốc tế Nuremberg. Ngưởi duy nhất được dư luận thế giới biết tới là Tojo, nhưng tên tuổi ông chỉ xuất hiện từ năm 1940, chớ không nổi bật từ lâu như trường hợp của các lãnh tụ Đức quốc xã.
Quan tòa cho rằng chính Thiên Hoàng mới là nhân vật chánh phải chịu trách nhiệm về chiến tranh do Nhật gây ra. Tướng Tojo chỉ là cấp thừa hành. Nhưng lập luận này đã bị Tướng MacArthur bác bỏ và phản đối. Ông cho rằng nếu muốn kết tội Nhật Hoàng thì Mỹ cần phải có thêm một triệu quân nữa ở Nhật. Đại diện công tố viện Keenan thì cho rằng Nhật Hoàng là người «tánh tình nhu nhược», nhưng lúc này củng «có tinh thần chủ hòa.» Ông đòi phải đưa Nhật Hoàng ra đối chất trước Tòa. Nhưng lời yêu cầu này lập tức bị người Anh bác bỏ. Họ coi dó là hành động phạm thượng đối với Thiên Hoàng, vì dù sao nước họ cũng có vua.
Theo ký giả David Bergamin đã viết trong tạp chí Life, thì MacArthur không dám đụng tới Nhật Hoàng và đã đưa Tojo ra trước tòa làm con vật hy sinh để thỏa mãn dư luận nước Mỹ, đòi trừng phạt các nhân vật gây ra chiến tranh. Ông cho rằng các phiên tòa xử tội nhân chiến tranh tại Nhật đã phản bội công lý. Hầu hết các ký giả ngồi tại vành móng ngựa của Tòa ản Quốc tế Quân sự Viễn Đông đã nhận thấy điều đó, và tìm cách minh oan cho Tojo trong lịch sử sau này.
Tojo đã dùng phần lớn thời giờ trong lúc bị giam tại khảm đường để tham khảo với các luật sư bào chữa cho ông. Tất cả những lời khai của ông đã được đúc kết thành một tập tài liệu dày, và lúc này được mang ra đọc trước Tòa. Các tài liệu này đọc mãi tới ngày 31 tháng Chạp mới xong. Trong đó, Tojo hoàn toàn xác nhận việc lãnh đạo điều khiển chiến tranh và tuyên chiến của Nội các do ông đứng đầu. Tuy nhiên, ông cho rằng chiến tranh xảy ra là vì những hành động chèn ép và bao vây kinh tế Nhật của Anh và Mỹ suốt từ năm 1930. Sau này, Mỹ lại gởi điện văn cho Nhật bắt phải triệt thoải khỏi Mãn châu, là thuộc địa Nhật, đã có từ mười năm trước. Điện văn đó là một tối hậu thơ khiến Nhật Bản không còn cách nào khác hơn là nhảy vô vòng chiến. Do đó, Tojo không nhìn nhận «tội phạm chiến tranh» mà Đồng minh đã gán cho ông. Theo lời biện hộ của luật sư Kiyose thỉ đó chỉ là những tội «hoàn toàn có trong trí tưởng tượng của các lực lượng Đồng Minh.»
Tojo cũng biện hộ cho Thiên Hoàng. Theo ông thì Nhật Hoàng hoàn toàn không dính líu gì tới việc khai chiến cũng như điều khiển chiến tranh của Nhật. Tojo nói Nhật Hoàng chỉ có thể bày tỏ ý muốn và ước vọng của mình qua Ngài Chương ấn Hoàng gia, nhưng không có quyền phủ nhận các quyết định của Nội các và Hội đồng Tối cao Quân lực. Khi bị Keenan cật vấn, Tojo tỏ ý tin rằng Nhật Hoàng có biết tới trận đánh Trân châu cảng, nhưng không phải do lời tâu của ông. Tojo cho là Nhật Hoàng có lòng nhân ái bao la không thể chối cãi được. Ông đơn cử thí dụ : trong vụ dội bom vào nhà dân, trường học, bệnh viên của các phi công Mỹ do Doolittle cầm đầu, đáng lẽ có tám phi công Mỹ bị xử tử, nhưng Nhật Hoàng đã can thiệp theo lời đề nghị của Tojo để tha cho năm người.
Cuối cùng Tojo kết luận : Nhật Bản đã chiến đấu can đảm trong tinh thần trọng danh dự đối với cuộc chiến này. Chỉ có điều đáng tiếc là văn thơ tuyên chiến đã không tới được tay Chánh phủ Mỹ trước khi trận Trân châu cảng xảy ra. Ông nói, đó chỉ là một tai nạn tình cờ chớ Nhật không hề có ý định «đánh lén. Ông công nhận có một phần trách nhiệm trong việc tù binh bị ngược đãi, nhưng không phải việc đó hoàn toàn quy trách vào ông. Ông nhắc lại ông không có ý định hành hạ họ, nhưng tù binh Đồng minh không chịu cực quen như các bỉnh sĩ Nhật. Sự hành hạ nhiều khi do việc thiếu thốn thuốc men, thực phẩm, phương tiện giao thông gây ra ngoài ý muốn của mọi người. Khi nhận được các báo cáo và con số tù binh bị bệnh và qua đời, Tojo đều chuyển cho văn phòng phụ trách tù binh chiến tranh. Khả năng ngăn chận những hành động có tánh cách lợi dụng tù binh của ông rất giới hạn. Vì các Tư lệnh chiến trường đều có toàn quyền quyết định trong việc thi hành những mệnh lệnh hành quân.
Ngày 31 tháng Chạp, sau khi đọc xong lời khai của Tojo, đại diện công tố bắt đầu chất vấn bị can. Nhưng ngay câu hỏi đầu tiên của ông đã bị quan tòa Sir William Webb bác bỏ Keenan xin phép được hỏi bị can xem phải chăng với những lời khai trên đây, bị can có ý nghĩ cho là mình hoàn toàn vô tội ; hoặc giả ông định «tuyên truyền, cổ võ cho chinh thể độc tài quân phiệt ?» Hai câu hỏi đó nếu được hỏi, chắc chắn Tojo sẽ trả lời việc phán xét tối hậu về công tội của ông, đã có lịch sử phê phán. Còn chuyện tuyên truyền thì đó là vấn đề riêng giữa ông và đồng bào của ông, không ăn nhập gì tới việc xét xử của Toà.
Lời khai của Tojo trước toà đã khiến dân Nhật có cảm tình với ông nhiều hơn lúc ông định tự tử. Hàng ngày báo chí Nhật theo dõi sát lời khai của ông trước Toà và loan những tít thật lớn như : «Nước Nhật bị ép buộc nhảy vô vòng chiếm, «Thảm trạng Nhật bản». «Thiên Hoàng vô can...». Tờ Times ở Luân Đôn viết : «Việc Tojo biện hộ cho hành động tham chiến của Nhật Bản tại Thái Binh Dương đã làm cho nhiều người cảm động.» Khi thấy Tojo nhầt định lãnh trọn trách nhiệm về phần mình, dân chúng Nhật tự nhiên cảm thấy họ cần phải san sẻ trách nhiệm đó với ông. Ông đã cố gắng gột rửa mặc cảm tội lỗi cho dân Nhật, và tái lập lại niềm hãnh diện của dân tộc.
Nhưng cũng chính vì vậy mà ông phải chết. Ông chết để chuộc tội thay cho cả dân tộc. Ông chết để cho Nhật Hoàng và dân chúng Nhật tin rằng họ hoàn toàn không có trách nhiệm gì về việc gây chiến, cũng như về việc thất trận của Nhật Bản. Khi được hỏi về cảm tưởng đối với Tojo, một quả phụ có chồng chết trong trận đánh tại Tân Guinea nói : «Tỏi không có gì oán hận ông.» Một thơ ký cho rằng : «Ông phạm nhiều lầm lỗi lớn trong chiến tranh, nhưng Tojo là người lương thiện. Tới lúc này, ông cũng vẫn cho rằng hành động của mình là đúng và không ngần ngại nhận lãnh trách nhiệm.» Cuối cùng, một sinh viên đưa ra nhận xét: «Dù sao ông cũng là một chiến sĩ, và có bổn phận phải chiến đấu khi tình thế bắt buộc. Giờ đây Tojo là một tù binh trong tay quân chiến thắng, và họ sắp giết ông.»
Đúng vậy. Cái chết của Tojo đã được dân Nhật định đoạt, dù ông có tội hay không. Họ cho đó là điều không thể tránh được, là chuyên dĩ nhiên phải như vậy. Dù người Mỹ có muốn tìm ra thủ phạm đích thực khác để trừng phạt cũng không được. Vì kẻ thù của họ đã nhất định đưa Tojo ra làm con vật hy sinh để tế sống cho Mỹ, và làm hả cơn giận của dân chúng Nhật sau khi bị bại trận một cách nhục nhã. Tojo phải chết.
Nhưng trước lúc chết, Tojo vẫn giữ vững tinh thần và lập trường của minh, không gì có thể lay chuyến nổi. Lập trường đó được chính ông tóm tắt như sau: «Khi tuyên chiến với Mỹ, tôi không bao giờ và không thể nào quan niệm được rằng một ngày kia nước chiến thắng sẽ đem những cá nhân của nước chiến bại ra xét xử và buộc tội. Từ trước tới nay chưa hề có một luật pháp quốc tế nào cho phép họ làm điều đó. Tôi đã phát động và lãnh đạo cuộc chiến tranh này. Nhưng tôi không hề vi phạm một thoả ước quốc tế nào... Tôi luôn luôn tin rằng những hành động của mình là đúng».