Thanh Thế Tổ Thuận Trị trong cuộc đời ngắn ngủi của mình đã gắn kết đặc biệt với Thiền tông, Thanh Thế Tổ "thăng hà" hay rời bỏ thế gian đi tu thiền đã trở thành một đại nghi án đầu đời Thanh.
Năm Thuận Trị thứ 14 đời Thanh (1657), Thanh Thế Tổ mời thiền sư Hám Phác Tính Thông chùa Hải Hội ở Kinh sư vào cấm đình thuyết pháp, ban cho hiệu là Minh Giác thiền sư. Năm Thuận Trị thứ 15, 17 hai lần mời thiền sư Ngọc Lâm Thông Tú nhập kinh thuyết pháp, vào nội đình vấn đạo, ban hiệu là Đại Giác Phổ Tế thiền sư đồng thời ban cho tử y, kim ấn. Năm Thuận Trị thứ 16, lại mời thiền sư Mộc Trần Đạo Mân nhập kinh, ban hiệu Hoằng Giác thiền sư. Theo quyển Khiếu Đình Tạp Lục của Chiêu Liên đời Thanh, Thanh Thế Tổ là người "uyên bác đọc khắp kinh sách, không gì không thông, nhất là thiền ngữ, lãnh hội thấu triệt. Vua mời thiền sư Ngọc Lâm và thiền sư Mộc Trần nhập kinh, lệnh trú ở điện Vạn Thiện. Khi rãnh rỗi cơ vụ thì đến thăm hỏi, cùng hai thiền sư bàn luận thiền cơ, đều thấu triệt Đại thừa". Đệ tử của Thông Tú là Hạnh Sâm và đệ tử của Đạo Mân là Lữ Am Bản Nguyệt, Sơn Hiểu Bản Tích cũng lần lượt nhập kinh truyền thiền pháp. Thông Tú về sau lại mấy lần nhập kinh, được Thế Tổ lệnh tuyển tăng một ngàn năm trăm người làm lễ thụ giới. Thông Tú được phong làm Quốc sư, và đặt pháp danh cho Thế Tổ là Hạnh Si. Trong ngự trát thỉnh mời thiền sư thuyết giới, Thế Tổ đều tự xưng là "đệ tử", đối với đệ tử của thầy thì xưng là "pháp huynh", "sư huynh".
Chuyện Thanh Thế Tổ xuất gia tu thiền thấy chép trong sách như Thanh Triều Dã Sử Đại Quan và các bài thơ Thanh Lương Sơn Tán của Ngô Mai Thôn. Nội dung chủ yếu nói sau khi ái phi là Đổng Thị qua đời, Thế Tổ vào Ngũ Đài Sơn xuất gia (có thuyết nói vào chùa Thiên Thai ở Tây Kinh). Theo sử sách chép, Thanh Thánh Tổ (Khang Hy) tại vị 61 năm, có năm lần xuất hành đến Ngũ Đài Sơn, từng dừng lại ở Bồ Tát Đỉnh, phù hợp với bài thơ của Ngô Mai Thôn, trong thơ của họ Ngô có mấy câu "Giữa tòa một thiên nhân, Thanh khí như chiên đàn, Gởi lời Hán hoàng đế, Sao khổ ở nhân gian?" ám chỉ Thánh Tố đã hội ngộ cùng Thế Tổ. Hơn nữa, Thanh Thế Tổ khi tại thế cũng từng nói: "Trẫm nghĩ tiền thân trẫm hẳn là một vị tăng, nay mỗi lần đến chùa, thấy cảnh chùa thanh tịnh trong lòng liền bồi hồi không thể quay về". Trong giới Phật giáo lưu truyền phổ biến bài kệ ngộ đạo của hoàng đế Thuận Trị, trong đó có hai câu: "Ta vốn thiền tăng ở Tây phương, Sao lại rơi vào nhà đế vương?" (Ngô bản Tây phương nhất nap tử, Vi hà lạc tại đế vương gia). Những điều này cũng ý ám chỉ chuyện xuất gia đi tu sau này của Thế Tổ.
Toàn cảnh Ngũ Đài Sơn
Nói chung, mọi người cho rằng, sau khi Đổng phi qua đời thì Thế Tổ thật sự từng có ý xuất gia, và cũng đã xuống tóc, sau cùng do có người khuyên can nên xuất gia không thành. Trần Thản tiên sinh đối với chuyện này có nghiên cứu rất kỹ. Cái chết của Đổng phi làm tổn thương tinh thần Thế Tổ rất nặng nề, sau khi nàng mất không đến nửa năm thì Thế Tổ cũng "băng". Tóm lại, chuyện Thế Tổ đi tu tuyệt không phải hoàn toàn là thêu dệt của hậu thế, nhưng cũng có nhiều điều cách xa sự thật. Thế Tổ rất sùng Phật, rồi do Đông phi chết, chuyện xuất gia đi tu tự nhiên có căn cứ để hình thành, nhưng sự thực cuối cùng như thế nào cần có nhiều khảo chứng mới có thể kết luận.