Thanh Thế Tông Ung Chính là người học rộng uyên bác, tinh thông thiền học, thường giao vãng với thiền tăng, hiệu là Viên Minh cư sĩ, tự cho mình là Tông tượng thiền môn (bậc thầy của Thiền).
Sự tu dưỡng thiền học của Ung Chính hoàng đế thể hiện trong bộ Ngự Tuyển Ngữ Lục gồm 19 quyển và hai mươi mấy bài tựa soạn cho các ngữ lục này. Trong "Ngự chế tổng tự", ông nói: "Như Lai chính pháp nhãn tạng, giáo ngoại biệt truyền, thực đã thấu lý tam quan... Trẫm đã hiểu sâu sắc việc này, chẳng tiếc gì lời, lần lượt chỉ rõ từng điều". Những lời này hết sức tự phụ, trong mắt ông, giới Phật giáo đã không có một người nào hiểu thiền học, mà phải nhờ đến vị vua của thế tục là ông để "lần lượt chỉ rõ". Nhưng theo lập trường của Ung Chính mà nói, ông cũng có lý do của mình: "Trẫm đảm nhiệm trị vì thiên hạ, không phải là người khai đường cầm phất tử, muốn thế sự an bình, chỉ có tuân theo đường của Chu, Khổng. Do đó, từ khi trị vì đến nay, mười năm chưa bàn đến Thiền tông, nhưng nghĩ đến nhân thiên tuệ mệnh, Phật Tổ biệt truyền, há để mặc cho tà quỷ kia làm mù chính nhãn, đánh trống bôi thuốc độc diệt tận diệu tâm? Trẫm quả thực không thể không nói, không thể kìm nén mà không nói". Ý của ông, là một vị hoàng đế trong thế tục, không chỉ cần phải dựa vào học thuyết Nho gia để trị thiên hạ, mà cũng rất cần phải truyền bá giáo nghĩa Phật giáo, kết hợp thống nhất những giáo nghĩa này với học thuyết của Nho gia. Đây là quan điểm kết hợp Nho giáo là chính với Phật giáo để trị vì thiên hạ.
Ngay từ khi chưa lên ngôi, Ung Chính đã có ngữ lục của mình, tên là Hòa Thạc Ung Thân Vương Viên Minh Cư Sĩ Ngữ Lục, sau trở thành phần hai của Ngự Tuyển Ngữ Lục. Ông nói rằng, ngữ lục thời đó tuy "tùy ý tiến thoái, tùy duyên ẩn hiện", cũng chưa từng "đọc khắp kinh sách", nhưng đã "không hẹn mà ngầm khớp, vô tâm mà tự hợp" với ngữ lục của các Tổ sư. Tuy nhiên nếu đọc kỹ ngữ lục của ông, chúng ta sẽ thấy cũng chỉ là phiên bản của ngữ lục Tổ sư các đời mà thôi, không có ý gì mới.
Thiền học của hoàng đế Ung Chính cũng không thoát khỏi quan điểm thống nhất Thiền Tịnh thịnh hành vào thời đó. Ông cho rằng "pháp môn Tịnh độ, tuy không liên quan với Thiền tông, nhưng niệm Phật có cản trở gì tham thiền? Nếu thiền giả thâm đạt tính hải (lý tính Chân như sâu rộng như biển) thì Tịnh nghiệp có thể kiêm tu".
Ngự bút của hoàng đế Ung Chính.
Tranh vẽ Ung Chính mặc áo cà sa đang tiêu dao ngắm cảnh.
Để chứng tỏ quyền lực tối cao đối với thế gian và xuất thế gian, Ung Chính hoàng đế còn tự thân soạn Ngự Chế Giản Ma Biện Dị Lục, trực tiếp ra tay can thiệp vào cuộc tranh luận trong nội bộ Thiền tông giữa Thiên Đồng Viên Ngộ và Hán Nguyệt Pháp Tạng. Ông đứng bên lập trường phái Viên Ngộ, công phạt phái Pháp Tạng. Ung Chính tuyên bố, Pháp Tạng và đệ tử là Đàm Cát Hoằng Nhẫn "thực là loạn thần của Không Vương (tức là Phật), tặc tử của Mật Vân (Viên Ngộ), pháp thế gian và xuất thế gian không thể dung". Đồng thời ra chỉ dụ xóa bỏ chi phái Pháp Tạng, vĩnh viễn không cho vào Tổ đình, nếu như bất phục thì phải dùng luật pháp "thế tục" trị tội. Trong thời kỳ Ung Chính tại vị, ý thức phản Thanh trong dân gian rất mạnh, trong phái Pháp Tạng qui tụ nhiều di dân cuối đời Minh, trong đó đa số là những người do hoài niệm cố quốc mà bước vào cửa Không. Ung Chính ủng hộ phái này đả kích phái kia, hiển nhiên dễ thấy ý đồ chính trị trong đó. Ông tự cho là "thấu triệt ý chỉ Thiền tông" tuyên bố vì "pháp nhãn chư Phật, tuệ mệnh chúng sinh" mà diệt trừ tà kiến, những lời lẽ nghe cảm động này thực ra chỉ là viện cớ cho mục đích chính trị tàn bạo, rốt cuộc khó được sự tín phục của mọi người. Với quyền lực của một hoàng đế, tuy có thể tạm thời trấn áp phái Pháp Tạng, nhưng không thể thực sự giải quyết vấn đề. Điều mà Ung Chính không ngờ đến là sau khi ông chết, Pháp Tạng càng được Thiền tông đánh giá cao, được xem là "Long tượng thời mạt pháp", và Ngữ Lục của Pháp Tạng cùng với Ngự Chế Giản Ma Biện Dị Lục cùng lưu truyền trên đời.
v