Thiền tông là một tông phái quan trọng của Phật giáo Trung Quốc. Phật giáo Ấn Độ chỉ có Thiền mà không có Thiền tông, Thiền tông do Phật giáo Trung Quốc sáng tạo nên, vì chủ trương lấy thiền định khái quát toàn bộ sự tu tập nên có tên là Thiền tông. Và do tự xưng là "truyền Phật tâm ấn", lấy giác ngộ bản nguyên của tâm tính chúng sinh (Phật tính) làm tông chỉ nên còn được gọi là "Phật tâm tông".
Thời kỳ Nam Bắc Triều là giai đoạn hình thành các học phái Phật giáo, với cùng mục đích nghiên cứu và tu tập thiền pháp, trong nội bộ thiền học đã xuất hiện các biệt phái. Đến thời kỳ Tùy Đường, trên cơ sở các học phái phát triển lớn mạnh, hàng loạt các tông phái lần lượt được thành lập. Thiền tông là một trong các tông phái Phật giáo thời Tùy Đường đã xuất hiện, và trong quá trình phát triển, cuối cùng đã thay thế địa vị các tông phái khác, trở thành tông phái có lịch sử lưu truyền xưa nhất và có sức ảnh hưởng lớn mạnh nhất.
Tương truyền Bồ-đề Đạt-ma từ Nam Ấn-Độ đến Bắc-Ngụy, đưa ra phương pháp thiền định mới, khai sang một biệt phái thiền học hoàn toàn mới. Đạt-ma tự xưng là "Nam Thiên Trúc nhất thừa tông", lấy bốn quyển Kinh Lăng-già truyền thụ đệ tử, chủ trương kiêm trọng "Lý nhập" và "Hành nhập", là sự kết hợp lãnh ngộ lý luận tôn giáo và thực tiễn thiền học Đại thừa. Đạt-ma truyền thiền pháp này cho Huệ Khả, Huệ Khả truyền Tăng Xán, nhưng do thế mạnh của các biệt phái thiền học khác ở phương Bắc, thiền Đạt-ma truyền đến Tăng Xán vẫn chưa có cơ hội phát triển. Tăng Xán truyền tiếp cho Đạo Tín, Đạo Tín truyền cho Hoằng Nhẵn, trong thời kỳ này thiền Đạt-ma đã đạt được sự phát triển sơ bộ. Sau Hoằng Nhẵn, thiền phân chia ra hai hệ Thần Tú và Huệ Năng, về sau, hệ Huệ Năng vượt hệ Thần Tú, trở thành chủ lưu của thiền Trung Quốc, và Huệ Năng cũng trở thành người sáng lập Thiền tông. Từ Đạt-ma đến Huệ Năng trải qua sáu đời nên truyền thống tôn xưng Đạt-ma là Sơ tổ, Huệ Năng là Lục tổ.
Thiền tông là một trong nhiều tông phái Phật giáo thời Tùy Đường. Trước và sau khi Thiền tông thành lập còn có các tông phái khác lần lượt xuất hiện như Thiên Thai tông, Tam luận tông, Duy thức tông, Hoa Nghiêm tông, Luật tông, Tịnh độ tông, Mật tông. Những tông phái này đều có điều kiện kinh tế tự viện phát triển cao, có hệ thống giáo nghĩa giáo quy hoàn chỉnh, khu vực truyền giáo tương đối ổn định và chế độ pháp tự truyền thừa nghiêm cách. Thiền Huệ Năng qua sự truyền bá phát dương của các đệ tử, từ sau thời Trung Đường đã có ảnh hưởng lớn mạnh và tiến vào giai đoạn phát triển rực rỡ với nhiều hệ phái có những tư tưởng đặc sắc riêng. Trong đó, nổi bật nhất là hai hệ Nam Nhạc Hoài Nhượng và Thanh Nguyên Hành Tư. Hoài Nhượng truyền Mã Tổ Đạo Nhất, Mã Tổ truyền Bách Trượng Hoài Hải.
Tượng Lục tổ Huệ Năng ở chùa Lục Dung, Quảng Châu. Tượng đồng, đúc vào đời Bắc Tống, pháp tướng trang nghiêm, là bảo vật của Phật giáo.
Sau Hoài Hải phân thành hai nhánh, một nhánh do Hoàng Bá Hi Vận truyền Lâm Tế Nghĩa Huyền hình thành Lâm Tế tông; một nhánh do Qui Sơn Linh Hựu truyền Ngưỡng Sơn Huệ Tịch thành lập Qui Ngưỡng tông. Thanh Nguyên Hành Tư truyền Thạch Đầu Hi Thiên, dưới Hi Thiên chia thành hai nhánh, một nhánh do Dược Sơn Hoài Nghiễm truyền Vân Nham Đàm Thạnh, Đàm Thạnh truyền Động Sơn Lương Giới, Lương Giới truyền Tào Sơn Bản Tịch lập nên Tào Động tông; một nhánh do Thiên Hoàng Đạo Ngộ truyền đến Thuyết Phong Nghĩa Tồn, dưới Nghĩa Tồn lại phân ra hai nhánh, một nhánh là Vân Môn Văn Yển, sáng lập ra Văn Môn tông, một nhánh do Huyền Sa Sư Bị truyền ba đời đến Thanh Lương Văn Ích, sáng lập Pháp Nhãn tông. Ngũ gia thiền (năm tông phái thiền) lần lượt được thành lập, Thiền tông bước vào thời kỳ phát triển cực thịnh. Vào thời Bắc Tống, Lâm Tế tông lại phân thành hai nhánh: Hoàng Long phái của Hoàng Long Huệ Nam và Dương Kỳ phái của Dương Kỳ Phương Hội. Trên ý nghĩa nghiêm cách, hình tượng hoàn chỉnh và toàn bộ đặc trưng của Thiền tông đã hình thành trong thời kỳ Ngũ gia thiền. Đến ngày nay, Thiền tông vẫn là tông phái chủ yếu của Phật giáo Trung Quốc.
Các bản Đàn Kinh khác nhau. Đàn Kinh là tác phẩm chép lại lời thuyết pháp của Huệ Năng ở chùa Đại Phạm, Thiều Châu, là kinh điển trọng yếu của Thiền tông, điển tích Phật giáo duy nhất do người Trung Quốc soạn được gọi là "Kinh".
Kinh điển căn bản của Thiền tông là Đàn Kinh, bộ kinh này có nội dung chủ yếu là những lời thuyết pháp của Huệ Năng tại chùa Đại Phạm ở Thiều Châu. Kinh Lăng-già, Kinh Kim-Cương và Đại Thừa Khởi Tín Luận đều có những ảnh hưởng trọng yếu đối với Thiền tông. Tư tưởng căn bản của Thiền tông cho rằng "tâm tính bản giác" (tâm tính bản lai là giác ngộ), "Phật tính bản hữu" (chúng sinh vốn có sẵn đủ Phật tính), chủ trương minh tâm kiến tánh, kiến tánh thành Phật đặc biệt nhấn mạnh bất lập văn tự, đốn ngộ thành Phật. Thiền tông không chỉ khác với Thiền học trước đó bao gồm cả hệ thiền Thần Tú, mà còn khác với các tông phái Phật giáo khác, và càng khác biệt với Phật giáo Ấn Độ. Tuy lấy chữ Thiền để gọi tên tông phái nhưng trên nguyên tắc thì phản đối tọa thiền, khẳng định tọa thiền không thể thành Phật.
Từ thế kỷ 8 đến thế kỷ 9, hai hệ thiền Thần Tú và Huệ Năng lần lượt truyền đến Triều Tiên. Cuối đời Tống, có nhiều Thiền tăng Trung Quốc đông độ hoằng pháp, lần lượt đưa Hoàng Long phái, Dương Kỳ phái thuộc Lâm Tế tông truyền vào Nhật Bản. Thế kỷ 17, thiền sư Ẩn Nguyên ở chùa Vạn Phúc, núi Hoàng Bá, Phúc Kiến theo lời mời đến Nhật Bản truyền thụ thiền pháp, khai sáng Hoàng Bá tông. Đến nay, ba tông Tào Động, Lâm Tế và Hoàng Bá vẫn lưu truyền ở Nhật Bản.