Ngay từ những ngày đầu của chiến tranh, chính quyền thực dân đã ra sức tăng cường tiềm lực phòng thủ Đông Dương, đồng thời động viên càng nhiều càng tốt những nguồn nhân lực và vật lực để phục vụ cho nước Pháp. Lực lượng vũ trang Đông Dương được nâng lên con số 100.000 người, quân số an ninh và cảnh sát tăng lên gấp đôi. Cuối năm 1939, nhiều ngàn binh sĩ và lao động Việt Nam đã lên đường sang Pháp.
Một Thượng Hội đồng kinh tế được thành lập để nắm chắc toàn bộ nền kinh tế, những chỉ thị từ Paris lệnh cho Đông Dương phải cung cấp cho nước Pháp 3,5 triệu tấn lương thực, 800.000 tấn chè, cà phê và đường, 300.000 tấn dây cáp, 600.000 tấn cao su. Tuần làm việc bị nâng từ 48 giờ lên 60 giờ đối với nam và 54 giờ đối với nữ. Các thứ thuế khóa đều tăng.
Trên bình diện chính trị, mọi hoạt động bị nghi là do “cộng sản” gây ra đều bị cấm, mọi tổ chức bị nghi là do “cộng sản” xúi giục đều bị giải tán, mọi tài liệu tuyên truyền ''cộng sản'' đểu bị tịch thu. Ngay cả nhiều thánh thất Cao Đài cũng bị đóng cửa. Hàng ngàn chính trị phạm và người bị tình nghi giam giữ, nhiều phòng giam được thiết lập vào dịp này, nổi tiếng nhất là ở các nhà tù Lao Bảo, Nghĩa Lộ và Côn Đảo; một số phạm nhân bị đày sang Madagascar. Viên toàn quyền Catroux tuyên bố rằng phải nhổ tận gốc chủ nghĩa cộng sản để đảm bảo an ninh cho Đông Dương và giữ vững sự “trung thành” của xứ này. Không phải bỗng dưng mà chính quyền thuộc địa lo sợ Đảng Cộng sản đến như vậy. Đó là Đảng duy nhất bảo toàn và phát triển được cơ sở của mình và có được một cương lĩnh toàn diện.
Đảng đã chuẩn bị từ trước để rút vào bí mật, cho nên tổn thất của Đảng không đáng kể. Đảng chuyển phần lớn hoạt động của mình về nông thôn là nơi bộ máy đàn áp của thực dân không thể kiểm soát được hết. Tuy vậy, ở thành thị, các chiến sĩ của Đảng vẫn luôn luôn hoạt động.
Tháng 11 năm 1939, ủy ban Trung ương Đảng đánh giá tình hình và nhiệm vụ như sau:
Cuộc chiến tranh năm 1939, đơn giản chỉ là một cuộc chiến tranh giữa các nước đế quốc nhằm chia lại thế giới.
Nhiệm vụ chủ yếu của cách mạng Việt Nam là lật đổ chủ nghĩa đế quốc, dầu cho những kẻ cầm đầu nó thuộc màu da gì. Giải phóng dân tộc là mục tiêu hàng đầu, mọi mục tiêu khác bao gồm cả vấn đề ruộng đất, phải phụ thuộc vào mục tiêu hàng đầu đó.
Vấn đề quan trọng hàng đầu là thành lập một “Mặt trận thống nhất phản đê”. Khẩu hiệu cải cách ruộng đất được tạm thời rút lui nhường chỗ cho khẩu hiệu tịch thu ruộng đất của các địa chủ phản bội Tổ quốc; khẩu hiệu thành lập một Chính phủ cộng hòa dân chủ thay thế khẩu hiệu thành lập một Chính phủ công nông.
Phiên họp toàn thể lần thứ 6 của Trung ương Đảng đã xác định một đường lối chính trị mới có tầm quan trọng hàng đầu cho nhũng năm tiếp theo.
Thất bại của Pháp tháng 6 năm 1940, nhấn chìm bọn thực dân Đông Dương vào cảnh hỗn loạn chưa từng thấy. Mọi ý định mong manh của chúng muốn chống lại bọn xâm lược Nhật Bản chẳng mấy chốc đã tắt ngấm. Chính quyền thực dân hoàn toàn đầu hàng trước những yêu sách của Nhật Bản. Người Nhật giành được quyền kiểm soát biên giới Trung Việt, mà chẳng phải tôn một viên đạn, cũng như được quyền đổ bộ vào Bắc Kỳ để đánh vào sau lưng quân Tưởng. Những đội quân Nhật từ Quảng Tây (Trung Quốc) tràn sang làm cho đội quân Pháp đồn trú ở Lạng Sơn toán loạn, phải chạy trốn về Hà Nội bằng con đường Bắc Sơn.
Lợi dụng sự cố đó, nhân dân Bắc Sơn vùng lên tước vũ khí của bọn quân lính Pháp đang tháo chạy, dùng những vũ khí đó để đánh chiếm đồn Võ Nhai, một bộ phận binh sĩ trong đồn chạy sang hàng ngũ nghĩa quân.
Nhưng giới thực dân vốn lâu nay vẫn kịch liệt chống lại phong trào dân tộc của Việt Nam liền chọn con đường câu kết với phát xít Nhật, còn Nhật thì vốn thù nghịch với phong trào cách mạng, vả chăng rất muốn khai thác tối đa các nguồn tài nguyên của Đông Dương nên tận dụng bộ máy cai trị của thực dân Pháp. Sự cấu kết giữa các giới thực dân Pháp và phát xít Nhật để ngăn chặn phong trào dân tộc của Việt Nam kéo dài đến tận năm 1945.
Giữa Pháp và Nhật, sự cố Lạng Sơn được dàn xếp nhanh chóng. Chính quyền thực dân có thế tập trung lực lượng để đập tan cuộc khởi nghĩa Bắc Sơn. Nghĩa quân rút vào rừng núi tạo thành những hạt nhân du kích đấu tranh do Đảng Cộng sản lãnh đạo.
Ở phía Nam xứ Đông Dương, người Pháp vấp phải những tham vọng của Thái Lan được Nhật Bản ủng hộ, đòi những phần đất ở Tây Bắc khu vực Biển Hồ thuộc Campuchia và ở phía hữu ngạn sông Mê Kông thuộc Lào. Nhiều đơn vị lính Việt Nam bị điều ra mặt trận để đánh nhau với quân Thái Lan. Một số trong những đơn vị này, để khỏi bị đẩy ra mặt trận, đã quyết định tổ chức nổi dậy. Ý định này lại khớp với chương trình tích cực chuẩn bị khởi nghĩa của Xứ ủy Đảng bộ Nam Kỳ từ tháng 6 năm 1940. Một kế hoạch được vạch ra nhằm phối hợp hành động giữa các đơn vị binh lính khởi nghĩa trên toàn cõi Nam Kỳ với hành động của các tổ chức công nhân và nông dân.
Cuộc khởi nghĩa nổ ra đêm 23 tháng 11 năm 1940. Không may bọn cầm quyền thực dân đã được báo trước về âm mưu đó nên đã cho giải giáp các đơn vị không phục tùng; cuộc nổi dậy bất thành, nhưng khởi nghĩa vẫn nổ ra ở 8 tỉnh Nam Kỳ (trong số 20 tỉnh) đặc biệt ở tỉnh Mỹ Tho có đến 54/100 xã tham gia. Chính nơi đây lần đầu tiên lá cờ đỏ sao vàng được giương lên, sau này trở thành quốc kỳ của nước Việt Nam hiện tại.
Được Nhật ngấm ngầm đồng tình, chính quyền thuộc địa đã đàn áp dã man cuộc khởi nghĩa. Rất nhiều làng xã bị san bằng, hơn 20.000 người bị bắt và bị giết.
Một cuộc khởi nghĩa khác đã nổ ra ngày 13 tháng Giêng năm 1941, ở Đô Lương tỉnh Nghệ An. Một đồn lính đã nổi dậy tiến đến thành phố Vinh, tỉnh lỵ Nghệ An, nhưng đã bị thực dân Pháp nhanh chóng dẹp tan.
Như vậy trong năm đầu tiên sau khi Chiến tranh thế giới lần thứ II bùng nổ, nhân dân Việt Nam dưới sự lãnh đạo của Đảng Cộng sản đã biểu thị rõ ý chí của mình giành lại nền độc lập bằng con đường bạo lực cách mạng. Những trận chiến đấu đầu tiên không thành công nhưng đã là một kinh nghiệm quý báu. Người ta nghiệm ra rằng không thể trông chờ chủ yếu vào sự đồng tình hưởng ứng của các binh lính trong quân đội thực dân, mà phải chuẩn bị kỹ càng về cả hai mặt chính trị và quân sự cho toàn dân để tiến hành trận chiến đấu giành chính quyền vào thời điểm thuận lợi.
