Việc thiệt lập một bộ máy cai trị thuộc địa nặng nề, sách nhiễu, áp bức đã tạo nên gánh nặng rất tốn kém cho đất nước. Chi phí đài thọ cho công chức và quân nhân người Pháp cực kỳ tốn kém, hơn nữa, bộ máy cai trị thuộc địa lại đông đến thừa mứa, bởi các chính khách và chính đảng ở Pháp sẵn sàng cài người của họ vào bộ máy này. Từ năm 1910, số công chức Pháp ở Đông Dương là khoảng 5.000 người, gần bằng số công chức Anh ở Ấn Độ. Thuế má tăng cao: Năm 1897, thuế thân từ 5 hào tăng lên 2,5 đồng, thuế điền thổ từ 1 đồng tăng lên 1,5 đồng. Tổng ngân sách dồi dào chủ yếu dựa vào việc đặt ra 3 thứ thuế công quản: thuế rượu, thuế muối và thuế thuốc phiện.
Từ năm 1902, độc quyền nấu và bán rượu được nhượng cho Công ty Fontaine của Pháp và dân chúng bị bắt buộc phải uống rượu. Mỗi năm, mỗi xã phải tiêu thụ một lượng rượu nhất định tùy theo số dân xã đó. Mọi trường hợp tư nhân nấu rượu đều bị cấm, bị phạt tù nặng, bị tịch thu tài sản, thậm chí bị phát lưu. Công ty Fontaine với số vốn đầu tư 3,5 triệu đồng (Franc), mỗi năm thu lại từ 2 - 3 triệu. Giá rượu từ 5 - 6 xu/1 lít năm 1902, năm 1906, đã lên đến 29 xu.
Nhà nước thuộc địa mua toàn bộ số muối thu hoạch của những nại chủ nhỏ đế bán lấy lãi ngày một tăng: Năm 1897, mỗi tạ muối chỉ giá 5 hào, đến năm 1907, tăng lên 2,5 đồng/tạ tăng gấp 5 lần.
Nhà nước thuộc địa giữ độc quyền mua và bán thuốc phiện, thứ hàng hóa mà họ khuyến khích tiêu thụ. Từ năm 1896 đến năm 1899, giá mỗi kg thuốc phiện tăng từ 45 đến 77 đồng. Khi viên Toàn quyền Doumer ra đi, khoản thu nhập về thuốc phiện lên đến 15 triệu Franc vàng, gấp đôi số thu nhập của năm 1899. Năm 1907, chính quyền đưa ra con số 21 vạn con nghiện, gấp nhiều lần số người nghiện thuốc phiện trước ngày Việt Nam bị biến thành thuộc địa.
Những khoản thu nhập do ba thứ thuế công quản này đưa lại tăng dần từ 8 triệu đồng năm 1899 lên 10,4 triệu tháng năm 1903, và 12 triệu năm 1911, chiếm một phần quan trọng trong tổng ngân sách của chính quyền Đông Dương; ngân sách này tăng từ 20 triệu năm 1899, lên 32 triệu năm 1903, rồi 42 triệu năm 1921. Tính gộp mọi khoản thuế má và lệ phí, từ sau khi Doumer lên cầm quyền, nhân dân Việt Nam đã phải đóng hơn 90 triệu đồng Franc vàng, gần gấp ba lần số tiền họ đã phải đóng trước đó. Viên quan năm Bernard đã viết trong tờ Revue de Paris tháng 10 năm 1908 rằng:
“ Chính sự gia tăng một cách nhẫn tâm các khoản đóng góp ấy đã thì 8 - 9 năm nay chi phối chính sách tài chính của Đông Dương… ''.
Việc đặt ra các thứ thuế công quản dẫn tới việc thiết lập một hệ thông đàn áp vừa bỉ ổi vừa tốn kém. Chỉ cần một lời tố giác bâng quơ nào đó là các nhân viên thuế vụ không cần có lệnh của nhà cầm quyền vẫn đến khám xét nhà cửa, vườn tược đồng ruộng, tha hồ bắt bớ bất cứ ai. Những người nông dân vốn đã bần cùng, lại chồng chất thêm gánh nặng những thuế má; có nhiều gia đình phải nhịn cả muối ăn bởi vì giá quá đắt.
