Phật giáo đạt mức cực thịnh dưới triều Lý bởi nhà Lý lên ngôi là có sự giúp sức của giới tăng lữ Phật giáo. Vì vậy giới này đã được đền đáp bằng những đặc quyền cao nhất. Các vua nhiều khi đích thân quan tâm đến vấn đề học thuyết và dùng những nhà sư làm cố vấn. Các nhà chùa có những đất đai rộng lớn do nông nô trồng trọt và các nhà sư được miễn thuế và nghĩa vụ quân sự. Các vua và vương hầu xây dựng nhiều chùa chiền, đúc chuông, đỡ đầu việc truyền bá các kinh Phật. Năm 1018, vua Thái Tổ cử một phái bộ sang Tướng Quốc thỉnh kinh Tam Tạng. Năm 1068, vua Thái Tông đỡ đầu việc thành lập giáo phái Thảo Đương, và nhiều vua trở thành tổ sư của những giáo phái của đạo Phật. Các vương hầu cũng theo gương. Nhiều chùa đẹp đã được xây dựng từ thời nhà Lý, trong đó một số còn tồn tại đến ngày nay; chùa Quán Thánh ở Hà Nội, xây dựng năm 1102, chùa Diên Hựu (1049), chùa Báo Thiên (1056), chùa Keo ở tỉnh Thái Bình. Hoàng hậu Ỷ Lan bị buộc tội ám sát một trong những kẻ tình địch của mình, đã cho xây dựng suốt đời mình hàng trăm ngôi chùa để sám hối.
Những giáo phái và trường phái Phật giáo Việt Nam được thành lập. Sau chiến thắng quân Mông Cổ năm 1293, vua Trần Nhân Tông bỏ ngôi vua rời về một tu viện với hai nhà sư khác và lập ra phái Trúc Lâm. Từ thời Trần còn lại một tác phẩm có tính triết lý là Khóa Hư Lục, mà đoạn thơ sau đây có thể cho ta một ý niệm:
Không gì sinh ra
Không gì mất đi
Khi người ta hiểu
phật hiện ra tức thì
Và vòng luân hỏi châm đứt
Vua Trần Thái Tông, trị vì từ năm 1225 đến 1258, trong lời tựa cho một tác phẩm về đạo lý, kể lại ông đã từng muốn rũ bỏ hết tất cả để toàn tâm toàn ý sống cuộc đời tu hành như thế nào:
“ Từ khi vua cha giao đất nước cho ta, khi ta còn nhỏ tuổi ta luôn luôn ngày đêm lo nghĩ. Ta tự bảo mình: ta không còn cha mẹ để chỉ bảo cho ta, ta sẽ rất khó giành được lòng tin của nhân dân, làm sao bây giờ? sau khi suy nghĩ, ta cho rằng, lui vào trong núi, đi tìm lời dạy của Phật, để hiểu rõ các lẽ sống chết của chúng ta, để tạ ơn cha mẹ, sẽ là con đường tốt nhất. Ta quyết định bỏ lệ. Ngày mồng 3 tháng 3 năm triều Thiên Ung thứ 5,ta mặc quần áo dân thường, ra khỏi cung điện, bảo lính canh: “ Trẫm muốn hòa mình với dân chúng, để biết những khó khăn của họ, để biết họ nghĩ gì”. Có bảy tám người tháp tùng ta; quá giờ Hợi, khi sang sông, ta nói thật với các lính bảo vệ của ta và họ khóc. Ngày hôm sau, khi qua bến Phả Lại, ta che mặt để không ai nhận ra. Tối hôm đó, mọi người vào nghỉ tại chùa Gia Chánh để sáng hôm sau lại đi. Ngày hôm sau, chúng ta lại thẳng đến đỉnh núi là nơi ở của sư tổ Trúc Lâm. Sư tổ mừng rỡ, đón tiếp ta bằng những lời sau: “ Sư già rồi nên quen sống giữa rừng, da bọc xương, ăn cỏ và quả dại, uống nước suối, thơ thẩn giữa rừng cây, lòng lâng lâng như mây gió. Bệ hạ đã rời bỏ cung điện nguy nga để đến nơi hẻo lánh này. Xin hãy cho biết điều gì cấp thiết khiến Bệ hạ phải lặn lội đến đây?” Nước mắt rưng rưng, ta trả lời: “Trẫm còn rất trẻ, không biết dựa vào ai. Ta nghĩ rằng ngai vàng không bao giờ là vững chắc nên ta tới nơi rừng núi này với lòng mong muốn duy nhất là trở thành phật”. Sư tổ trả lời: “ Không có Phật trong núi, phật ở trong tâm chúng ta. Khi tâm ta thanh thản và sáng láng thì Phật ở đó. Nếu Bệ hạ thấy lòng sáng láng thì bệ hạ lập tức trở thành phật,cần gì phải đi tìm đâu?”
(Giữa lúc đó, triều đình đến van xin nhà vua trở về và tể tướng dọa sẽ tự tử nếu vua không chịu)
Sư tổ cầm tay ta nói: “Bệ hạ là vua, ý chí của đất nước phải là ý chí của Bệ hạ, tấm lòng của đất nước phải là tấm lòng của Bệ hạ. Cả nước van xin Bệ hạ sao có thể từ chối? Chỉ quan trọng một việc là khi Bệ hạ trở về cung, xin đừng quên nghiên cứu kinh Phật” Ta trở về cung và miễn cưỡng ở lại ngôi vài chục năm nữa. Những lúc rảnh, ta tập hợp các bậc bô lão để nghiên cứu đạo Thiền và các kinh Phật, không bỏ sót quyển nào. Đôi khi ta ngừng lại, trong kinh Kim cương, ở câu: “ Chớ để tâm ta gắn chặt với một cái gì cố định”. Ta gấp sách lại, chìm trong suy tưởng, bừng sáng giác ngộ và ta viết lời nhập môn Thiền đạo này…
Sẽ là ngây thơ nếu tin rằng Phật giáo thời kỳ ấy chỉ bó hẹp ở những hoạt động thuần túy tâm linh như thế, đó là một quốc giáo với những nghi lễ linh đình và những công trình của nó, ban phát cho nhân dân một sự an ủi gửi gắm vào thế giới bên kia, phủ lên giai cấp thống trị một vầng hào quang uy tín siêu phàm, cung cấp cho một số đầu óc cái cớ để siêu thoát, đượm mầu mê tín trong nhiều biểu hiện, pha sắc Đạo giáo trong học thuyết của mình. Dù sao, nó cũng để lại dấu ấn sâu sắc và lâu dài trong tâm hồn Việt Nam. Tuy nhiên, chế độ quân chủ càng củng cố, tôn ti xã hội ngày càng phức tạp, bộ máy cai trị của nhà vua ngày càng mở rộng quyền hạn lấn lướt quyền lực của giới quý tộc, thì Phật giáo không còn đủ nữa.
