Tuy nhiên, những người chủ trương cải lương cũng như những người chủ trương hành động vũ trang đều đồng ý với nhau cùng tiến hành những cuộc đấu tranh chung, đặc biệt chống các tập quán cũ, những thói hà lạm của hào lý và quan chức thực dân. Quần chúng nhân dân đã hưởng ứng nhanh chóng những khẩu hiệu do các nhà nho tung ra; nông dân bị dồn vào thế bần cùng, thuế má đè nặng, đã không mấy chốc kết hợp những yêu sách của họ với phong trào chung: đòi giảm thuế, bỏ sưu dịch. Sự va chạm giữa quần chúng với bọn cầm quyền thực dân là không thể tránh khỏi.
Tháng 2 năm 1908, khẩu hiệu ''Không nộp thuế cho Pháp'' được tung ra và lan tràn nhanh chóng. Chính quyền thuộc địa và triều đình Huế (trở thành tay sai và đồng lõa) lập tức đàn áp dữ dội. Tuy nhiên, phong trào vẫn tiếp tục phát triển với quy mô ngày càng lớn. Những cuộc biểu tình nông dân đầu tiên nổ ra ở huyện Đại Lộc, tỉnh Quảng Nam, hàng nghìn nông dân từ nhiều làng kéo đến tập hợp lại trước tòa công sứ đòi giảm thuế. Trong nhiều tuần lễ, hàng ngàn nông dân, áo quần rách rưới thay nhau kéo đến cắm trại trước trụ sở của viên công sứ Pháp. Trong những bài diễn thuyết nảy lửa, các diễn giả kêu gọi nhân dân chống lại việc thu thuế. Có những ngày, số người biểu tình vượt quá 8.000 người. Ở Đại Lộc, nhà cầm quyền thực dân buộc phải hứa không tăng thêm thuế nữa.
Từ Đại Lộc, phong trào lan ra các huyện khác của tỉnh Quảng Nam rồi tỉnh Quảng Ngãi lân cận, cuối cùng là các tỉnh Bình Định, Phú Yên, Thừa Thiên. Nhiều tên cường hào phản động bị hành hình hoặc bắt giam, cũng như nhiều lính ''khố xanh'' bản xứ. Dinh cơ của tên quan phản bội Nguyễn Thân kẻ đã giúp Pháp dẹp cuộc khởi nghĩa của Phan Đình Phùng - bị cướp phá. Ở Huế những người biểu tình tập hợp rất đông trước tòa khâm sứ suốt hai ngày liền. Đến lượt phong trào lan ra tỉnh Hà Tĩnh kéo dài trong bốn tháng. Lần đầu tiên, quần chúng nhân dân tiến hành một cuộc đấu tranh không vũ trang dưới hình thức những cuộc biểu tình lớn, những cuộc biểu dương lực lượng thực sự nhằm yểm hộ cho những yêu sách cụ thể.
Chính quyền thuộc địa đã đàn áp đẫm máu. Nhiều người biểu tình bị bắn giết, nhiều sĩ phu yêu nước trong đó có Trần Quý Cáp bị xử tử. Nhiều sĩ phu khác như Phan Chu Trinh, Huỳnh Thúc Kháng (đến năm 1945, ông trở thành Bộ trưởng của nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa), Ngô Đức Kế, Lê Văn Huân... bị đày ra Côn Đảo. Hàng ngàn người bị bắt và bị phơi trong nhiều ngày liền dưới nắng hè đổ lửa. Nhiều làng mạc bị san thành bình địa. Nếu trong năm 1908, quần chúng nông dân tỏ rõ sức mạnh của mình, thì chế độ thuộc địa cũng biểu lộ hết sự tàn bạo của nó.
Trong những năm ấy, Hoàng Hoa Thám vẫn trụ vững ở Yên Thế, bắt liên lạc với nhóm Duy Tân của Phan Bội Châu và các nhóm chủ trương binh biến được tổ chức ngay trong lòng các lực lượng vũ trang người Việt phục vụ cho Pháp. Năm 1909, người Pháp phá vỡ cuộc đình chiến được ký kết năm 1897, mở cuộc hành binh lớn, tung một đội quân gồm 15.000 người với hoả lực mạnh của pháo binh, tấn công vào căn cứ Yên Thế. Hoàng Hoa Thám phối hợp đánh du kích với tấn công chính quy đã cầm cự được trong 10 tháng, nhưng vì trong cả nước không có những cuộc khởi nghĩa vũ trang khác phối hợp nên chính quyền thuộc địa đã có thể tập trung được lực lượng để tiến đánh và chiếm được Yên Thế. Hoàng Hoa Thám còn tiếp tục chống cự trong 3 năm nữa trước khi bị ám sát bởi một tên phản bội ngày 10 tháng 2 năm 1913. Căn cứ Yên Thế đã đứng vững được từ 1889 đến 1909, là nhờ một sự vận dụng đúng đắn chiến thuật chiến tranh du kích, dựa vào quần chúng nông dân.
Trong hai mươi năm đầu của thế kỷ XX, cũng phải nêu lên nhiều cuộc nổi dậy của nhân dân các miền núi. Tiếc rằng những cuộc nổi dậy đó không phối hợp với phong trào yêu nước ở các vùng châu thổ nên chỉ có thể đi đến thất bại.
Cuộc nổi dậy của người Mường ở Hòa Bình năm 1909 - 1910.
Cuộc nổi dậy của người H'mông (Mèo) ở Hà Giang năm 1911 - 1912.
Nhiều cuộc nổi dậy của các dân tộc ít người ở Tây Nguyên (Cao nguyên Trung Kỳ): Sê Đăng, H'Rê, Ba Na, Gia Rai...
Thất bại của phong trào Duy Tân cũng như của Đề Thám đã không làm nhụt nhuệ khí của Phan Bội Châu. Năm 1912, cụ Phan lại thành lập một liên minh mới là Việt Nam quang Phục hội với cương lĩnh và lật đổ chế độ thuộc địa và thiết lập nền Cộng hòa Việt Nam. Sau thắng lợi của cách mạng Tân Hợi năm 1911, cụ Phan đã đến ẩn náu ở Trung Quốc và chính kiến của ông đã chuyển biến theo hướng hệ tư tưởng cộng hòa. Tuy nhiên vì các cuộc nổi dậy và biểu tình bị đàn áp khác liệt Quang phục hội chủ trương tổ chức những cuộc mưu sát dễ gây sự chú ý, nhằm đánh thức dư luận, tuyên án tử hình viên quan Toàn quyền Albert Sarraut và hai tên quan phản quốc là Hoàng Trọng Phu, và Nguyễn Duy Hàn. Tên này bị một quả bom giết chết năm 1913; cùng năm đó, một người yêu nước ném một quả bom vào một khách sạn ở Hà Nội giết chết hai sĩ quan Pháp. Sau những vụ mưu sát ấy, nhiều người bị bắt và cụ Phan bị kết án tử hình vắng mặt. Khi cuộc Đại chiến thế giới lần thứ nhất bùng nổ, sau một số dự tính hành động vũ trang ở biên giới Trung - Việt bị thất bại, Việt Nam quang phục hội tan rã.
