Trong một xã hội mà các thành viên gắn kết chặt chẽ với nhau do những thiên tai ghê gớm, nguy cơ ngoại xâm thường xuyên đe dọa, lại đặt dưới quyền lực tuyệt đối của một ông vua hùng mạnh cai trị bằng một bộ máy quan lại phức hợp, tất phải cần có một học thuyết hướng mọi đầu óc vào những nghĩa vụ xã hội của từng người, sự vâng lời và lòng trung thành tuyệt đối với nhà vua, sự tôn trọng không điều kiện đối với hệ thống trật tự thứ bậc trên dưới. Các triều đại đế quốc Trung Hoa từ đời Hán đã dựng học thuyết của Khổng Tử thành Quốc đạo; nền quân chủ Việt Nam dần dần chấp nhận học thuyết đó.

Năm 1070, Lý Thánh Tông cho dựng Văn Miếu để thờ Khổng Tử cùng với những môn đệ của ông ta, mở trường đào tạo về đạo đức và cách trị nước cho con em của các đại thần. Năm 1075, mở các kỳ thi tuyển quan lại đầu tiên cho phép các nho sĩ có thể tham gia bộ máy công vụ; tuy nhiên chỉ con cái của giới quý tộc mới được dự thi. Năm 1086, tổ chức thi tuyển những thành viên của ''Viện Hàn Lâm'' có trách nhiệm giữ gìn tư liệu và thảo các chiếu chỉ của nhà vua. Năm 1089, hệ thống tôn ti của bộ máy quan lại được quy định một cách rõ ràng chính xác. Sự xuất hiện Khổng giáo trên sân khấu chính thức là kết quả của một hiện tượng kép; một mặt cần thiết phải tạo nên một bộ máy quan lại, mặt khác là các nho sĩ có nguồn gốc bình dân ngày càng đặt chân vào ngành công vụ. Lúc đầu họ chỉ được cho giữ những chức vụ thứ yếu, những chức quyền cao chỉ dành cho các thành viên của hoàng tộc và giới quý tộc.

Văn hóa Khổng giáo đã có một bước phát triển quan trọng hơn nữa dưới nhà Trần, các kỳ thi được pháp điển hóa chặt chẽ hơn, được tổ chức thường kỳ hơn, học vị “tiến sĩ” xuất hiện, nâng cao uy tín của nền nho học. Những Viện nghiên cứu được thành lập ở kinh đô, chương trình thi cử được quy định bao gồm trước hết và việc làm những bài thơ, thảo những chỉ dụ, những tuyên cáo của nhà vua, bình giảng các sách kinh điển. Bên cạnh các trường công, có những trường tư của những nhân vật nổi tiếng trong đó nổi bật nhất là trường của Chu Văn An. Trên bình diện văn hóa, các nho sĩ lấn át dần các nhà sư của đạo Phật. Năm 1243, Lê Văn Hưu - sử gia lớn đầu tiên của Việt Nam, thi đỗ tiến sĩ.

Các nho sĩ ngày càng tranh chấp gay gắt vị thế của mình trong chính sự với giới quý tộc vốn xuất thân con nhà võ, thường là thiếu văn hóa, và với giới tăng lữ nhà Phật. Ngay từ thế kỷ XIII, cuộc đấu tranh về hệ tư tưởng giữa Phật giáo và Khổng giáo đã trở nên ngày càng quyết liệt, phản ánh sự đối kháng giữa một bên là giới quý tộc - chủ sở hữu những điền trang lớn và một bên là giai cấp nông dân - chủ sở hữu ruộng đất xuất thân bình dân, giai cấp này ngày càng lớn lên không ngừng. Vả chăng, vào cuối thế kỷ XIII, các điền trang bị rung chuyển bở những cuộc nổi loạn của nông nô và gia nô. Như vậy, con đường phân cách dần dần được vạch ra giữa một bên là giới quý tộc và giới tăng lữ Phật giáo, và một bên là những nông dân-chủ đất liên minh với nông nô và nô lệ, mà các Nho sĩ của Khổng giáo là những người phát ngôn trên bình diện hệ ý thức.

“ Trong khi Phật giáo coi thế giới này là hư vô, chủ trương diệt dục và hướng ý thức về cõi siêu linh, thì nho giáo dạy rằng con người trước hết là một nhân vật xã hội, gắn bó nhau bằng những ràng buộc xã hội. Trung với vua, hiếu với cha mẹ, vợ chồng hòa thuận; tề gia, trị quốc, bình thiên hạ, là nghĩa vụ mà nho giáo dạy cho mọi người. Từ thiên tử cho đến trời đến thứ dân, tất cả đều lấy tu thân làm gốc ” (4)

Các nho sĩ không những tiến công vào các tín điều của đạo Phật mà cả vào vị trí mà Nhà nước và xã hội dành cho Phật giáo. Sử gia Lê Văn Hưu viết:

“ Lý Thái Tổ lên ngôi vừa được hai năm, nhà tông miếu vẫn chưa xây, nền xã tắc chưa lập, đã dựng tám ngôi chùa ở phủ Thiên Đức, lại trùng tu chùa chiền ở các lộ, độ hơn nghìn người ở kinh sư làm tăng, ắt là hao phí thổ mộc tài lực không thể kể xiết! Của cải không phải là Trời mưa xuống, nhân lực không phải là thần làm ra, há chăng phản hút máu nhân dân đấy ư? ''

Nhà nho Lê Quát than thở:

“ Việc hợp phúc của nhà Phật... rung động lòng người làm sao mà được sâu và vững thế? Từ trên vương công, dưới đến thứ dân, phàm làm việc Phật tuy hết sạch cả của cải, cũng không tiếc gì. Ngày nay phó gửi cho chùa tháp thì to nhỏ vui vẻ như cầm tờ chứng khoán để đuợc sự báo đáp cho ngày mai. Cho nên từ kinh thành ở trong, châu phủ bên ngoài, hang cùng ngõ hẻm, không ra lệnh mà đi theo, không thề nguyền mà đi theo, chỗ nào có nhà người ở ắt có chùa, Phật phế rồi lại hưng, hư rồi lại sửa, chuông chống lâu đài dường như nửa dân cư ”.

Trương Hán Siêu đả kích trực diện các nhà sư:

“ Những tên lừa gạt đã mất hết mọi ý niệm về đạo khổ hạnh của nhà Phật chỉ tìm cách chiếm đoạt những vườn hoa đẹp, xây dựng cho mình những gác tía lầu son, tập hợp quanh mình chúng một lũ lĩ gia nhân đông vô kể. Người ta đua nhau thí phát làng sư kê cả hàng nghìn để được ăn mà không phải làm, được mặc mà không phải dệt vải. Chúng lừa gạt nhân dân, làm suy đồi đạo đúc, hoang phí của cải, chúng lan tràn khắp nơi, kéo theo một đám đông tín đồ, nhưng có được mấy ai trong đám này mà không phải là những tên kẻ cướp thực sự ”

Tuy nhiên còn phải mất nhiều thế kỷ nữa thì đạo Phật mới bị loại ra khỏi đời sống cộng đồng, ít ra là khỏi lĩnh vực công quyền, để nhường chỗ cho duy nhất một mình Nho giáo. Các vua Trần vẫn còn đặt ra các khoa thi ''Tam giáo'', ''Phật giáo'', ''Khổng giáo'' và ''Đạo giáo''. Ở Việt Nam chưa hề bao giờ có chiến tranh tôn giáo. Bắt đầu từ thế kỷ XIV, đạo Khổng rốt cuộc đã giành được vị trí hàng đầu.