Ngay từ tháng 7-1407, hoàng đế nhà Minh đã sáp nhập Đại Việt vào đế quốc Trung Hoa dưới cái tên là quận Giao Chỉ, thiết lập lại guồng máy cai trị trung ương và chia cả nước thành những phủ và châu. Năm 1419, bộ máy cai trị của nhà Minh tìm cách vươn tay đến tận các làng xã. Các viên chức cao cấp đều là người Trung Quốc, còn những chức thuộc cấp thì giao cho người bản xứ. Một cuộc tổng điều tra dân số cho biết có 3.129.500 dân và 2.087.500 người man (dã man) thuộc các bộ lạc miền núi, tổng cộng là 5,2 triệu người, không kể số người nằm ngoài cuộc kiểm kê. Nhiều toán quân đồn trú lớn đóng khắp nước tìm cách duy trì trật tự, giữa các đồn binh đặt những binh trạm tất cả hình thành một mạng lưới giám sát dày đặc phủ kín cả nước, mọi sự chống đối đều bị đàn áp một cách nghiêm khắc.
Chế độ thuế khóa rất nặng, gồm có thuế điền thổ đánh vào nương lúa, nương dâu và thuế thân, kê chiếm đóng giữ độc quyền buôn bán muối. Người dân khỏe mạnh từ mười sáu đến sáu mươi tuổi buộc phải đi lính và làm đủ thứ lao dịch: đắp đường, khai mỏ, mò ngọc trai, săn bắn... Năm 1419, chúng đặt chế độ hộ tịch để kiểm soát thật chặt dân tình. Hàng nghìn thợ giỏi, trí thức có tài bị đầy sang Trung Quốc, trong số này có Nguyễn An sau đó trở thành kiến trúc sư xây dựng cố cung ở Bắc Kinh. Quân Minh không những cướp người mà còn cướp của cải, gia súc (voi, trâu, ngựa), những vật liệu quý.
Nhân dân bị buộc phải mặc quần áo như người Trung Quốc, theo phong tục tập quán Trung Quốc, quân đội nhà Minh tìm cách tiêu hủy hết mọi dấu vết của nền văn hóa dân tộc, đốt hoặc lấy mang đi những sách vở có nét đặc thù của dân tộc Việt Nam. Đây thật sự là một tai họa đối với nền văn hóa dân tộc Việt Nam, hầu hết mọi tác phẩm văn hóa trước thế kỷ XV, đều bị tiêu hủy.
Ách diêm đóng nặng nề như thế chẳng bao lâu đã làm dấy lên một sự chống cự quyết liệt. Ngay từ cuối năm 1407, nhiều cuộc nổi dậy đã nổ ra, đặc biệt một hậu duệ của nhà Trần năm 1407, đã xưng vương ở Nghệ An lấy tên là Gian Đinh. Cuối năm 1408, quân của Gian Đinh tiến về kinh đô, trên đường tiến quân, đội ngũ càng có thêm đông đảo người hăng hái gia nhập. Gian Đinh đánh bại quân Minh ở Bô Cơ (tỉnh Nam Định) nhưng rồi những bất hòa nội bộ xảy ra làm yếu lực lượng kháng chiến. Vì Gian Đinh giết chết hai viên tướng giỏi nhất của mình là Đặng Tất và Nguyễn Cảnh Chân, năm 1409, các con trai và bộ hạ của hai người này bỏ theo về với một vị hoàng thân khác cũng thuộc dòng dõi nhà Trần là Trần Quý Khoáng. Xuất phát từ Hà Tĩnh phong trào lan dần đến các tỉnh khác.
Nhưng trong lúc đó, nhà Minh đã gửi sang 47.000 viện binh, nhờ đó Trương Phụ có thể phản công thắng lợi và dồn nghĩa quân về Nghệ An. Năm 1410, nhân cơ hội xung đột giữa triều đình Bắc Kinh với người Mông Cổ, Quý Khoáng chiếm lại được tỉnh Thanh Hóa nhưng chỉ sang năm 1411, quân Minh sau khi đánh bại người Mông Cổ, đã phản công trở lại và đến năm 1413, chúng đẩy lùi quân khởi nghĩa xuống tận các tỉnh phía nam. Đầu năm 1411, các lãnh tụ của nghĩa quân đều bị rơi vào tay giặc. Các hoàng thân và giới quý tộc nhà Trần đã tỏ ra bật lực không thể lãnh đạo có hiệu quả cuộc kháng chiến của dân tộc. Sứ mệnh chuyển về tay một người thường dân là Lê Lợi, ông đã đưa cuộc kháng chiến đó đến thành công.
