Đến năm 1900, cuộc đấu tranh vũ trang kéo dài trong bốn chục năm từ năm 1858 đến năm 1898, thực tế đã chấm dứt. Còn lại một bộ phận kháng chiến tồn tại như một hòn đảo nhỏ ở vùng Yên Thế do Hoàng Hoa Thám đứng đầu. Nhưng sự chống cự vẫn cứ tiếp tục không kém dưới những hình thức mới với sự cổ vũ của những tư tưởng hiện đại và liên quan đến những biện pháp bóc lột và áp bức thuộc địa. Đấu tranh chính trị xuất hiện ở các thành thị với những cuộc biểu tình của nông dân và những cuộc bãi công của công nhân nêu lên những yêu sách về kinh tế và chính trị cụ thể.
Các giai cấp xã hội mới, giai cấp công nhân và tư sản chưa đủ sức lãnh đạo phong trào dân tộc và cũng vẫn là các nhà nho là những người đứng ra khêu gợi và cổ vũ phong trào. Dưới ảnh hưởng của các sự kiện, những tư tưởng mới đã xâm nhập các giới nho sĩ. Chẳng phải là các giáo sĩ, cũng chẳng phải các binh lính của các nước phương Tây đã mang theo họ những tư tưởng hiện đại về khoa học và dân chủ. Như chúng ta đã thấy chính quyền thực dân đã ngăn cản việc dạy những tác phẩm văn học và triết học của thế kỷ XVIII của Pháp. Những tư tưởng ấy, những tác phẩm ấy đặc biệt của Montesquieu và Rousseau đều đã đến với các nhà nho Việt Nam thông qua những bản dịch của Trung Quốc. Nước Trung Hoa bị các cuộc xâm lược của phương Tây đột ngột và phũ phàng đánh thức. Vào cuối thế kỷ XIX, đã bắt đầu có một phong trào cách tân. Những nhà nho tên tuổi Khang Hữu Vi và Lương Khải Siêu đã dấy lên một phong trào cải lương nhằm đổi mới xã hội truyền thống của Trung Quốc. Trong thập kỷ đầu của thế kỷ XX, chính những tư tưởng cách mạng nhất của Tôn Dật Tiên đã thống trị sân khấu chính trị Trung Quốc.
Các nhà nho yêu nước Việt Nam, sau khi tiếp xúc với những tư tưởng kiểu mới ấy không còn chịu bằng lòng như trước đây chỉ giương cao những khẩu hiệu đấu tranh chống xâm lược giành độc lập mà vẫn giữ nguyên chế độ quân chủ như cũ và hệ tư tưởng Khổng giáo. Họ bắt đầu đề xuất những chương trình đổi mới xã hội và hệ tư tưởng. Lớp nho sĩ chia làm hai phái: Phái theo chủ nghĩa truyền thống và phái theo chủ nghĩa hiện đại. Phái này chủ trương cải lương chế độ thuộc địa, phái kia chủ trương đấu tranh vũ trang để lật đổ nó. Năm 1905, chiến thắng của Nhật Bản đánh bại nước Nga sa hoàng vang rền như một tiếng sét lan khắp châu Á. Sự kiện đó chứng tỏ rằng một nước châu Á nếu tự đổi mới, có thể đánh bại một cường quốc châu Âu. Không ý thức được rằng Nhật Bản khi đã trở thành một nước tư bản đã đánh chiếm Đài Loan và Triều Tiên, các nhà yêu nước Việt Nam rất khâm phục nước này, hy vọng rằng Nhật Bản trên tư cách một cường quốc châu Á sẽ mang đến cho nước mình một sự giúp đỡ, thậm chí làm chỗ dựa đắc lực cho cuộc đấu tranh của Việt Nam chống chủ nghĩa thực dân Pháp.
Nhiều nhà nho và sinh viên lúc đó tìm cách sang Nhật du học, đó là phong trào Đông Du.
Nhân vật nổi bật nhất trong phong trào yêu nước hai mươi năm đầu của thế kỷ XX, là Phan Bội Châu (1867 - 1940). Là một sĩ phu có tên tuổi, sau năm 1900, ông đã tập hợp các dư đảng Cần Vương sau khi phong trào này thất bại, lập ra một tổ chức mới - tổ chức Duy Tân (Đổi mới). Duy Tân chủ trương tổ chức lại các lực lượng trong nước, đồng thời cử người ra nước ngoài để học tập kỹ thuật mới về quân sự và chính trị, chuẩn bị đấu tranh vũ trang. Phan Bội Châu tính chuyện cầu viện Nhật Bản. Một thành viên của hoàng tộc là hoàng thân Cường Để - nhân vật sẽ nắm quyền lãnh đạo một nền quân chủ sáng suốt khi đại cuộc thành công, được cử đi tiếp xúc với nhà cầm quyền Nhật Bản. Đến năm 1908, khoảng 200 sinh viên trẻ được gửi sang Nhật, phần lớn là con em các sĩ phu đã tham gia cuộc kháng chiến của đất nước. Các cuộc quyên góp được tổ chức khắp nơi trong nước để tài trợ cho việc học hành của những thanh niên này.
Phan Bội Châu đã không tính đến chính sách tráo trở hai mặt của Nhật Bản. Năm 1909, nước Nhật tư bản chủ nghĩa, để đổi lấy những lợi ích tài chính được Pháp đồng ý nhượng cho, đã công nhận cuộc chinh phục của Pháp ở châu Á và trục xuất các nhà yêu nước Việt Nam. Một sinh viên Việt Nam đã mổ bụng tự tủ để phản đối chính sách này. Phan Bội Châu và Cường Đế phải lánh sang Trung Quốc và sang Xiêm, trong khi đó thì những thành viên của phong trào Duy Tân bị rơi vào tay cảnh sát Pháp.
Ở trong nước, hoạt động của các sĩ phu tân tiến được đánh dấu bằng một nỗ lực quan trọng nhằm cách tân trí tuệ. Nhờ vào những khoản quyên góp, dưới sự lãnh đạo của Lương Văn Can và Nguyễn Quyền, tháng 3 năm 1907, các nho sĩ ở Hà Nội đã thành lập một hội giáo dục không mất tiền - Trường '' Đông Kinh nghĩa thục '' ở Bắc Kỳ. Nhiều nhà trí thức tự nguyện giúp đỡ, phong trào phát triển rất mạnh; số học trò nhanh chóng lên đến hàng nghìn. Ngoài những buổi lên lớp đều đặn giảng dạy những môn học mới, còn có những buổi diễn thuyết công khai tập hợp một số thính giả đông đảo và nhiệt tình tới nghe tranh luận về những vấn đề kinh tế, xã hội và bình giảng văn thơ. Một nhóm sĩ phu ra tập san Đăng cổ tùng báo đề xướng những cải cách, chỉ trích các phong tục tập quán lạc hậu, những kẻ thân hào cổ hủ, ca ngợi và cổ vũ sự phát triển công nghiệp và thương nghiệp. Nhiều sách được xuất bản cũng theo hướng đó. Trước thắng lợi của phong trào, chính quyền thuộc địa hoảng sợ, ra lệnh đóng cửa trường, bắt bớ và đầy ải các nhà lãnh đạo phong trào. Mặc dầu chỉ sống được một năm, Trường '' Đông Kinh nghĩa thục '' đã đánh dấu một bước ngoặt quan trọng trong tiến trình nâng cao dân trí của đất nước và đã gieo những hạt giống tốt cho tương lại.
Khác với Phan Bội Châu đi theo con đường đấu tranh vũ trang, một nhà nho yêu nước khác - Phan Chu Trinh - lại chủ trương đòi chính quyền thuộc địa xúc tiến những cải cách, đặc biệt là xóa bỏ chế độ quân chủ và hệ thống quan lại, chấp nhận thế cộng hòa. Chủ nghĩa cải lương của Phan đã không cứu được ông khỏi bị nhà cầm quyền thuộc địa bắt vào năm 1909, và chỉ nhờ có sự can thiệp của các nghị sĩ Pháp, ông mới được cứu thoát. Một ưu điểm của Phan Chu Trinh là đã biết dè chừng ngay từ đầu những tham vọng của Nhật Bản.
