Từ thế kỷ XV, Khổng giáo ngự trị độc tôn, đặc biệt trở thành học thuyết chính thức của nhà nước quân chủ và giới quan liêu quan lại. Nếu học thuyết này gạt bỏ mọi biểu hiện của chủ nghĩa thần hiệp và chứa đựng một số yếu tố hiện thực bắt nguồn cảm hứng từ một thứ chủ nghĩa nhân văn cụ thể, thì mặt khác nó lại dựa trên một thứ chủ nghĩa bảo thủ được đẩy tới cực đoan một thứ hình thức chủ nghĩa, hai nhân tố này giam hãm con người vào trong một hệ thông tôn ti xã hội được coi là khuôn vàng thước ngọc bất khả xâm phạm, với những cung cách ứng xử rập khuôn, một thứ chủ nghĩa duy luân lý làm khô héo nhựa sống của con người. Cùng với quá trình thoái hóa của chế độ phong kiến, những mặt tiêu cực của Khổng giáo cuối cùng đã chiếm vai trò thống trị.
Khổng giáo dạy người ta trung thành tuyệt đối với nhà vua là cốt lõi của toàn bộ hệ thống. Nhà vua trị vì nhân danh mệnh trời, những đức tính cao quý của nhà vua không những cai quản trật tự xã hội mà còn góp phần vào diễn tiến của trật tự vũ trụ. Toàn bộ hệ thống tôn ti của xã hội dựa trên sự trung thành tuyệt đối với nhà vua, nổi loạn không những là một tội chính trị mà còn là một tội có tính tôn giáo. Chừng nào nền quân chủ còn đóng vai trò trung tâm gắn kết và vai trò biểu tượng của sự thống nhất dân tộc thì nó còn uy tín. Nhưng cùng với vai trò ngày càng lu mờ của vương triều nhà Lê trong suốt hai thế kỷ trước thời Trịnh - Nguyễn, với những ông vua hoang dâm và bất tài bất lực nối tiếp nhau lên ngôi. Khái niệm tôn kính tuyệt đối đối với nhà vua sụp đổ và cùng sụp đổ theo cả một hệ thống những giá trị tình thần gắn liền với chế độ. Nho sĩ không còn có thể tin ở những giá trị mà chính mình dậy cho người khác. Nhà nho Phạm Công Thế tham gia cuộc nổi dậy của Lê Duy Mạnh, khi sa vào tay nhà chức trách đã bị trách cứ: “ Làm sao một nhà nho lại có thể trở thành kẻ làm loạn, mất hết ý thức về một trật tự tôn ti và mọi giá trị xã hội? ” Phạm Công Thế trả lời:
“ Từ lâu rồi, mọi ý niệm về tôn ti trật tự và về giá trị đã không còn nữa, thì làm sao phân biệt được kẻ loạn với người ngay? ”
Uy tín của chế độ quan lại, bộ máy chủ yếu của nhà nước quân chủ phong kiến, bắt nguồn từ những cuộc thi hương, thi hội và thi đình được tố chức vô cùng trọng thể. Những người nhân danh nhà vua cai trị dân coi như đã được tuyển lựa trong số những người tài cao đức trọng nhất. Các cuộc thi hương tại địa phương chọn lựa một cách chặt chẽ những thí sinh dự thi hội và thi đình ở trung ương, để giành học vị tiến sĩ - một danh hiệu được mọi người ao ước. Các môn thi gồm có một bài bình giảng những tác phẩm kinh điển, thảo một văn bản hành chính (chỉ hay chiếu của nhà vua), làm một bài thơ hay một bài phú, một bài luận về đạo lý hay triết học. Trong số hàng nghìn thí sinh dự các cuộc thi hương, không đầy một trăm người đỗ để tham gia một lần chọn lọc nữa ở các cuộc thi hội, thi đình ở trung ương.
Những người đỗ thi hội thi đình được nhận những vinh dự vô cùng trọng thể và có uy tín lớn. Từ năm 1529 đến 1787, đã có 102 kỳ thi hội với 1136 người đỗ tiến sĩ.
Cùng với sự suy đồi của chế độ, các cuộc thi hương, thi hội và thi đình cũng thoái hóa theo, biến thành những cuộc thao diễn sáo ngữ từ chương không hơn không kém, nhai đi nhai lại những chủ đề kinh viện sáo mòn. Các thí sinh chép lại những bài mẫu, lặp lại những lối diễn tả rũ, sa vào một thứ văn chương rỗng tuếch không có nội dung. Sử gia thế kỷ XVIII Lê Quý Đôn đã viết: '' Các bậc tiền bối của chúng ta đã làm những loài văn hay, những kẻ đi sau họ cam lòng với việc sao chép lại, chỉ lược bớt những đoạn dài ''.
Những vụ gian lận thi cử thường xuyên xảy ra, làm mất giá trị các cuộc thi, và đến khi tệ mua quan bán tước trỏ thành thông lệ thì đó là một đòn nặng giáng vào uy tín của cả hệ thống. Hậu quả là hình thành một giới quan lại bất lực, táng tận lương tâm, tham tiền và háo danh, không còn giữ được một chút gì giá trị đạo đức và nền văn hóa những thế kỷ trước.
Khổng giáo suy đồi đã tạo thuận lợi cho Phật giáo phục hồi phần nào. Vua chúa thi nhau dựng chùa, các nhà nho thất chí đi tu, còn nhân dân thì tìm ở đạo Phật niềm an ủi cho những khổ cực của mình. Những điều kiện này làm cho tâm trí một số người hướng về Đạo giáo phần nào đang được đổi mới. Nhiều người có thái độ chiết trung, trộn lẫn cả ba học thuyết Nho - Phật - Lão với một cố gắng tổng hợp ít nhiều thành công.
Cuộc khủng hoảng đạo đức và ý thức hệ của chế độ cũng tạo điều kiện cho các vị thừa sai đạo Kitô có thêm nhiều kẻ tòng giáo, đặc biệt là trong thế kỷ XVII. Những hạt nhân đầu tiên của giáo hội Thiên chúa Việt Nam ra đời ở thế kỷ này. Như chúng ta đã thấy, cùng với đạo Công giáo, chữ Quốc ngữ đã ra đời, phiên âm tiếng Việt bằng những chữ cái La tinh.
