Sang đầu triều Tự Đức, Nguyễn Tri Phương được giữ chức Phụ chánh đại thần, sung Kinh lược Nam kỳ. Muốn mở mang cho lục tỉnh, ông dâng sớ về kinh, xin:
Mộ dân khai khẩn đồn điền.
Cho phép các phạm nhân được ra thú tội để ngăn ngừa phiến loạn.
Không bắt dân chúng đắp đường xá, xây cầu cống.
Sửa đổi hình luật và các việc khác, kể đến 13 khoản.
Tài mở mang bờ cõi, óc sáng kiến và sức làm việc không ngừng của ông khiến cho nhiều quan đại thần ghen ghét. Nhất là lại thấy ông được nhà vua biệt đãi, bọn ăn không ngồi rồi sao chẳng phải lo cho số phận của mình.
Cũng vì thế mà năm Tự Đức thứ 9 (1856), với công cuộc xin khai khẩn đồn điền của ông, viên án sát Định Tường là Vương Sĩ Kiệt đã mật tấu về kinh, bài bác tờ điều trần nói mộ dân làm ruộng, khai khẩn đồn điền là một điều bất tiện, tha tù nhân, mở mang hoang địa là sinh trộm cướp, giúp họ có cơ hội trốn tránh.
Sự thực thì đương hồi ấy, xứ Nam kỳ còn nhiều đất đai bỏ không, dân cư không được trù mật, trộm cướp vì đói khổ nổi lên như rươi.
Phương pháp Nguyễn Tri Phương trù liệu chính để vãn cứu tình thế ấy, nghĩa là lo cho dân cư được an nghiệp và giải phóng các tù nhân trở về với cuộc đời lương thiện. Triều đình giao lời tâu của Vương Sĩ Kiệt cho bộ Hộ xét. Quan thượng thư bộ Hộ, minh mẫn hơn, cho đấy chỉ là những lời vô lý của một kẻ ngu quan, liền quả quyết tâu với vua Tự Đức:
“Nguyễn Tri Phương bấy lâu nay thực tâm trù nghĩ để mưu cầu hạnh phúc cho nước nhà. Nay quan án sát Vương Sĩ Kiệt, vì muốn mua lấy tiếng cương trực, nên đã tâu những điều phi lý, chỉ trích xằng bậy. Vậy cúi xin Hoàng thượng bỏ việc này, không đem bàn đến nữa”.
Qua năm 1857, Nguyễn Tri Phương thấy mình tuổi già sức yếu, dâng sớ xin về kinh. Vua Tự Đức ra dụ đầy những lời thống thiết:
“Trẫm xét hiện nay ở Nam kỳ, việc khai khẩn đồn điền chưa xong lại còn phải trấn tĩnh dân tình, đối phó với nạn ngoại xâm; nhiệm vụ to tát ấy, khanh không nên từ chối. Trẫm vẫn biết khanh xa quê hương đã lâu, tình nhớ trẫm và thương thê nhi rất nặng. Vả trẫm cũng muốn hội kiến với khanh để thăm hỏi nguyên tình. Vậy hạ chiếu cho khanh được hồi kinh trong vài tháng”.
Giữa mùa hạ năm ấy, dân Nam kỳ chen chúc nhau đi tiễn một vị phúc tinh. Đến Huế, nhà vua liền triệu ông vào nội, hỏi tình hình ở Nam kỳ. Ông tâu nhờ chính sách khoan hồng, ông đã dụ nhiều thổ phỉ hoàn lương, dân cư chăm chỉ cày cấy và lục tỉnh được mùa. Lúc nhà vua hỏi đến tuổi tác và sức khỏe của ông, ông tâu:
“Hạ thần năm nay đã 58 tuổi, sức lực giảm hơn thời trai trẻ nhiều”.
Vua Tự Đức liền ban cho ông một tấm lụa mát. Trong những ngày nghỉ ngơi ở Huế, ông đem việc khai khẩn đồn điền tâu lên, được vua chuẩn y. Ông cùng các quan ở viện Cơ mật trù tính công việc ấy.
Sau bao nhiêu năm chinh chiến, lập những võ công hiển hách, Nguyễn Tri Phương cũng tưởng đến lúc thái bình vô sự có thể lưu tại quê nhà để vui thú điền viên. Nhưng một việc tối quan trọng đã lôi cuốn ông trở về với cuộc đời chinh chiến: tiếng súng đầu tiên nổ bùng ở Đà Nẵng đã mở đầu cho một tấn thảm kịch bằng xương và máu mà gần một trăm năm sau, chúng ta mới thấy đoạn trót.