Nhưng ngày vẻ vang oanh liệt của viên thượng tướng bắt đầu từ đây không trở lại nữa, vì viện binh người Pháp ở Trung Quốc sắp đến.
Chiến tranh Trung Quốc vừa kết liễu. Đô đốc Charner đem một đại đội chiến thuyền và hơn 400 lính trở về tiếp cứu quân Pháp bị vây ở thành Gia Định.
Đội chiến thuyền gồm có hai kỳ hạm Impératrice Eugénie trương cờ Đô đốc Charner và Renommée, cờ phó Đô đốc Page, 3 tàu chiến, 4 đại pháo hạm và 3 tàu tuần tiễu.
Lục quân có lữ đoàn thứ hai bộ binh, 3 liên đội thủy quân lục chiến, nhiều liên đội lính đổ bộ, 230 quân Tây Ban Nha và một liên đội quân bản xứ mới mộ ở Đà Nẵng. Pháo binh các chiến hạm được một chi đội pháo thủ lữ đoàn thứ 14 trợ lực. Công binh gồm có một liên đội lính chuyên môn và 800 phu mới mộ ở Tàu. Lại thêm lính kỵ mã Phi Châu lĩnh việc do thám và hộ tống bộ tham mưu.
Viên tham mưu trưởng là Đại tá thủy quân Ladébat. Thiếu tá De Cools lĩnh chức Trưởng phòng tham mưu lục quân. Thiếu tướng De Vassoigne chỉ huy lục quân, Đại tá Palance quân Tây Ban Nha, Trung tá Crouzat pháo binh, Thiếu tá Allizé de Matigni court công binh.
Đội quân viễn chinh của Đô đốc Charner đến Sài Gòn ngày 6 tháng 2 năm 1861. Đô đốc cùng với hai viên trưởng đoàn pháo binh và công binh đi xem xét tình thế đồn Chí Hòa. Người Pháp quyết định chương trình hành quân như thế này.
Chiến thuyền Pháp ngược sông Đồng Nai, phá hủy tất cả pháo đài dọc hai bờ sông và chiếm thượng lưu sông này. Người Pháp cho chiến thuyền của họ đậu dài theo sông Sài Gòn và nã súng bắn vào đồn lũy Nguyễn Tri Phương. Lục quân sẽ từ đồn Cây Mai đi ngược lên, bao phủ đồn Chí Hòa. Như thế, quân đội Nam triều bị họ vít vào một vòng đạn lửa, ắt phải tiêu diệt.
Theo chiến lược bao vây này, người Pháp không định tấn công trước mặt. Họ cho cánh lục quân đánh bọc phía tả, thủy quân phía hữu và sau lưng. Hai cánh quân của họ tựa như hai gọng kìm, ép quân ta vào giữa.
Ngày 24 tháng 2, liên quân Pháp Tây khởi hành tại đồn Cây Mai, chia làm hai đạo: đạo bên hữu do thiếu tá Allizé Matignicourt chỉ huy, đạo bên tả do trung tá Desvaux và đại úy Gallinard. Sáng ngày ấy, pháo binh bắn đại bác mở đường, lục quân rầm rộ tiến tới, cướp được một đồn nhỏ của ta. Liên quân Pháp Tây thiệt mất 5 người và 30 bị thương, trong số đó có thiếu tướng De Vassoigne, đại tá Palanca, thiếu úy Lesèble và viên quản Toly. Hai sĩ quan hãm đồn ta trước nhất là thiếu úy công binh Thénard vào cửa phía hữu và trung úy thủy quân Berger, cửa phía tả.
Ngày 25 tháng 2, quân đội Pháp Tây tiến tới đồn chính Chí Hòa do Nguyễn Tri Phương án giữ. Bấy giờ là lúc phó đô đốc Charner tự chỉ huy liên quân hãm thành. Pháo binh của trung tá Crouzat đóng ở giữa, cánh hữu do đại tá thủy quân Lapelin chỉ huy. Cánh tả là đội bộ binh và công binh. Đội kỵ mã chuyên giữ việc do thám và thông tin tức.
Ở cánh hữu, một chi đội pháo thủ nã đại bác vào đồn quân ta. Pháo binh của ta bắn trả lại và dần dần núng thế. Người Pháp tiến đến cách quân ta độ 250 thước mà bắn lên mặt hào, quân ta chết vô số. Tiền quân họ hãm thành, ba người lính Pháp can đảm nhất đi tiên phong, một người tử trận, hai người bị thương.
Ở cánh trung ương, quân của Matignicourt đông nhất và súng ống nhiều nhất, tấn công rất dữ dội, trong khi cánh tả liên đội thứ ba, lữ đoàn thứ tư và quân tình nguyện bản xứ liều chết xông vào.
Quân ta thua chạy, lui về cố thủ ở trong đồn. Người Pháp đuổi theo và đặt thang trèo lên cửa thành. Quân ta lấy gươm giáo phá hủy thang, quăng đồ dẫn hỏa xuống và nã súng hỏa mai, giết hại quân địch.
Tình thế lúc này trở nên nghiêm trọng. Đô đốc Charner đem thêm quân cứu viện cho hai cánh quân tả, hữu. Đội quân phía hữu được nhiều liên đội thủy binh và quân Tây Ban Nha giúp, đội phía tả kèm theo hai liên đội bộ binh.
Cửa đồn bị quân Pháp phá thủng. Liên quân Pháp Tây toàn thắng. Quân ta chết và bị thương độ 1.800 người. Nguyễn Tri Phương bị thương ở cánh tay, dẫn quân lui về Biên Hòa.
Trong trận này, quân Pháp Tây bị thiệt hại đến 225 người, vừa chết, vừa bị thương. Sĩ quan tử trận là hai đại úy De Foucault và Rodellec Duporzic, trung úy Berger, hai thiếu úy Noel và Frostin. Trung tá Testard trong cơ binh thủy quân lục chiến và trung úy Laregnière bị trọng thương, về đến bệnh viện thì chết.
Xem trận này đủ biết quân ta đã giao chiến rất can đảm và người Pháp phải dùng toàn lực mới hạ nổi chiến lũy Nguyễn Tri Phương xây dựng ở đồn Chí Hòa. Các vị thượng quan người Pháp tử trận rất đông, tỏ rằng họ cũng đã hết lòng chiến đấu.
Sự chống cự của Nguyễn Tri Phương thật là oanh liệt. Vì thế nên về sau, khi Nguyễn Tri Phương lĩnh Kinh lược Bắc kỳ, có lần hội kiến với đại úy Francis Garnier tại Hà Nội, ông đã hỏi:
Hình như tôi đã gặp ngài ở đâu thì phải?
Bẩm Tướng công, tôi đã được gặp Tướng công ở trận Chí Hòa và từ ngày ấy, tôi luôn luôn kính phục.
---❊ ❖ ❊---
Đồn Chí Hòa thất thủ. Quân ta đại bại. Trận này quân sĩ bị thương và chết rất nhiều. Tán lý Nguyễn Duy, em ruột Nguyễn Tri Phương và Tán tương Tôn Thất Trì tử trận, Phạm Thế Hiển bị thương, Nguyễn Tri Phương tuy bị thương nặng ở tay, cũng liều chết dẫn quân lui về cố thủ ở thành Biên Hòa với hai viên Tham tán là Tôn Thất Hạp và Phạm Thế Hiển.
Người Pháp phái nhiều liên đội kỵ mã đánh thành Biên Hòa luôn hai ngày sau (ngày 27, 28 tháng 2 năm 1861). Quân ta chống cự ráo riết, quân Pháp lại thôi và rút về thành Gia Định. Bọn giặc Mọi và giáo dân thừa dịp nổi dậy cướp phá. Tình thế quân đội ta lúc này thật là trăm phần nguy kịch.
Nhưng cũng may, Nguyễn Tri Phương có tài đức nên được ba quân cảm phục mà cùng lòng với ông cố thủ Biên Hòa, chờ quân tiếp ứng của triều đình.
Thành Gia Định thất thủ. Nhà vua truyền cho Tán lý Quảng Nam Tôn Thất Định đem quân bản tỉnh vào Nam kỳ cứu viện. Quan Thượng thư bộ Hộ Nguyễn Bá Nghi được cử vào Nam lĩnh chức Khâm sai quân vụ đại thần. Thị lang bộ Hình Phạm Xuân Quế, giữ chức Tán tương. Tôn Thất Đính Đề đốc, Nguyễn Thông Phó Đề đốc, được bổ nhậm theo với quan Khâm sai mới.
Hay tin Nguyễn Tri Phương bị thương nhà vua ban dược phẩm, sai thị vệ mang vào cho ông và phái ngự y đến tận nơi điều trị. Nhà vua lại gửi thêm sâm, quế, lộc nhung để ông mau phục sức.
Dù muốn ân đức thấm nhuần tới quân thứ, nhà vua cũng không quên giao cho đình thần hạch tội bại trận của Nguyễn Tri Phương. Bọn đồng liêu của ông ở triều nhân cơ hội tâu với vua Tự Đức:
“Đại đồn thất thủ, xin Thánh thượng chiếu theo luật nghị tội các tướng lĩnh Nam kỳ”.
Nhà vua liền giáng ông xuống chức Tham tri. Nhưng vì Nguyễn Tri Phương trải thờ ba triều, lập nhiều đại công, nên không nỡ truất tước của ông và cho ông tạm thời giải chức Tổng thống quân vụ để ông an tâm tĩnh dưỡng. Hai viên Tham tán cũng bị giáng chức, Phạm Thế Hiển lĩnh Lang trung sung tán Lý, Tôn Thất Hạp lĩnh Viên ngoại sung Tán tương. Cả hai đều phải lập công chuộc tội dưới trướng quan Khâm sai Nguyễn Bá Nghi. Phạm Thế Hiển bị thương ở trận Chí Hòa, chẳng bao lâu
cũng mất.
Vị lão anh hùng lặng lẽ trở về Ninh Thuận.
Ban sớm chiều hôm, ông chỉ còn biết mượn câu thơ chén rượu đề gửi tâm sự và hoài bão của mình.
Sau năm tháng củng cố quân lực, đến tháng 8 năm 1861 (Tự Đức thứ 14), người Pháp lại do hai đường thủy, bộ hạ thành Định Tường (Mỹ Tho). Viên trấn thủ là Nguyễn Công Giản bỏ thành chạy trốn.
Khi Nguyễn Bá Nghi đến Nam kỳ thì ta đã mất Gia Định và Định Tường rồi. Quan khâm sai và quan Tán tương Trần Đình Túc bao phen mật tâu với triều đình thương lượng cầu hòa, nhưng công việc đều thất bại. Đến công cuộc chiến đấu với người Pháp thì bọn văn thần này còn thi thố được việc gì.
Chiếm hai tỉnh Định Tường và Gia Định, người Pháp liền hạ các đồn Hốc Môn16, Rạch Giá, Trảng Bàng. Tháng 9 năm 1861, thành Biên Hòa tiếp thất thủ và kế đó, Vĩnh Long cũng mất luôn.
Thấy sáu tỉnh Nam kỳ, người Pháp đã chiếm được bốn, vua Tự Đức lại đòi Nguyễn Tri Phương vào bệ kiến. Các quan nhân tâu, Nguyễn Tri Phương là một vị lão thần am hiểu chiến thuật, tưởng không còn gì hơn, xin nhà vua phục chức cho ông để sai ông cùng với Nguyễn Bá Nghi hiệp sức chống giữ đất Biên Hòa mà thành trì đã bị quân Pháp phá vỡ.
Vua Tự Đức hạ chỉ cho Nguyễn Tri Phương khai phục Binh bộ thượng thư kiêm Biên Hòa quân vụ. Tôn Thất Hạp được phục chức Thị lang bộ Binh, theo Nguyễn Tri Phương lĩnh Tham tán.
Nhà vua lại truyền cho Khâm thiên giám17 lựa ngày tốt để Nguyễn Tri Phương xuất binh. Lúc qua Quảng Nam, ông cùng với tỉnh thần Đào Trí và Nguyễn Hiển trù tính đắp thêm đồn lũy ở Đà Nẵng. Ông thảo tờ tâu việc này gửi về triều, rồi kéo quân vào Nam.
Vừa đến Bình Thuận, ông được tin Nguyễn Bá Nghi cho hay quân lực người Pháp lúc này rất mạnh. Quân ta thua nhiều trận, tản mác khắp nơi, khó lòng lấy lại được các thành lũy hiện trong tay người Pháp. Ông liền đóng binh tại Bình Thuận để liệu mưu phá giặc. Ông và Tham tán Tôn Thất Hạp gửi về kinh một tờ biểu trong có ba khoản quan trọng về tình hình miền Nam và việc quân cơ. Xem xong, nhà vua dụ:
“Từ lâu nay, các viên tổng trấn Nam kỳ không báo cho triều đình rõ ba khoản quan trọng này. Nếu không nhờ hai khanh, trẫm cũng không quan tâm đến sự khẩn yếu của nó. Vậy truyền cho các tỉnh thần ở Nam kỳ phải hết lòng giải quyết hai khoản đầu là việc sắp đặt trạm thư và chấn chỉnh việc giao hiếu với dân Mọi. Khoản thứ ba về việc quân cơ, trẫm giao toàn quyền cho hai quan Khâm mạng. Và trước khi động binh, phải chú ý sửa chữa hai con đường bộ liên lạc với tỉnh Biên Hòa”.
Lúc này, cuộc giao chiến giữa quân ta và quân Pháp không còn hăng hái như trận đánh ở Chí Hòa nữa. Viên phó lãnh binh Trương Định mang quân đóng giữ các đồn ở Gò Công. Nhờ dân tráng tình nguyện giúp sức, đội quân này mới cầm cự được lâu dài.
Hải quân ta bấy giờ đóng ở Nhật Tảo (Tân An). Viên thủy tướng Nguyễn Văn Lịch sai hai phó quản Huỳnh Khắc Nhượng và Nguyễn Văn Quan đem chiến thuyền mai phục dọc hai bờ sông gần chiến thuyền của người Pháp.
Nguyễn Văn Lịch tự mình dẫn 50 lính tình nguyện, chia ra hai tiểu đội, giả làm lái buôn, từ từ đến gần chiến thuyền Pháp. Thừa một dịp bất ngờ, quân ta nhảy lên mạn thuyền quân địch, giết 4 thủy thủ canh gác, rồi xông vào phá quân Pháp. Vì người Pháp không phòng bị nên một số bị quân ta giết chết, còn những tên khiếp sợ nhảy xuống sông trốn thoát; một nửa dùng súng trường và đại bác bắn lại quân ta. Nghe hiệu, thủy quân ta nấp hai bên bờ sông mang chiến thuyền ra đánh. Viên quân toán Nguyễn Học và hương thân Hồ Quang dùng dao búa đâm vào vỏ sắt bọc các chiến thuyền Pháp. Nhưng đâm không thủng, họ liền phóng hỏa đốt thuyền quân địch và rút lui. Quân đội ta hoàn toàn thắng trận và chỉ thiệt mất có bốn tên lính.
Được tin, nhà vua phong cho Nguyễn Văn Quan chức Quản cơ và 20 cai. Đội có công trong trận này đều được thưởng ngân tiền. Triều đình phân phát 1.000 quan tiền cho quân và ban thưởng rất hậu cho gia đình 4 người tử trận.
Tại Bình Thuận, Nguyễn Tri Phương mua thêm pháo thuyền, mộ thêm binh lính, chấn chỉnh quân đội để giao chiến với người Pháp một lần nữa.
Lấy xong thành Biên Hòa, thủy sư đô đốc Bonard mang một đội chiến thuyền, định ra đánh Huế. Lúc đi ngang Bà Rịa, nhân thấy Nam quân tụ tập tại đấy, đô đốc liền khai chiến. Trong lúc đuổi quân ta chạy, đô đốc nhặt được ở đồn Bà Rịa một phong thư của Nguyễn Tri Phương gửi cho các quan thủ lĩnh miền Nam. Trong thư nói, ông đang chỉnh đốn đại binh Nam triều ở một hải cảng, tỉnh Bình Thuận là Phan Rí.
Sớm biết Nguyễn Tri Phương hành động ở Bình Thuận, đô đốc phái chiến hạm Norzagaray tức tốc chạy ra Phan Rí thám thính. Đi giữa biển, chiến hạm này gặp một đội chiến thuyền độ 25 chiếc của Nguyễn Tri Phương đang vận tải lương thực và súng đạn. Chiến thuyền ta bất ngờ, bị tàu chiến của Pháp bắn chìm cả.
Tiếc thay, trận thủy chiến này đã chấm dứt việc Nguyễn Tri Phương cầm quân ở Nam kỳ chống với người Pháp.
Ngày 5 tháng 6 năm 1862, quan Lễ bộ thượng thư Phan Thanh Giản và quan Binh bộ thượng thư Lâm Duy Hiệp thay vua Tự Đức ký tại Sài Gòn một hiệp ước với Thủy sư phó đô đốc Bonard, đại diện Nã Phá Luân hoàng đế đệ tam và đại tá Palanca, đại diện Isabelle II, Nữ vương Tây Ban Nha.
Theo hòa ước ấy, vua Tự Đức phải nhường cho nước Pháp ba tỉnh Biên Hòa, Gia Định, Định Tường và đảo Côn Lôn (Poulo Condore). Đạo Thiên Chúa được tự do truyền giáo, nhưng các giáo sĩ không được phép cưỡng bách dân ta. Người Pháp và người Tây Ban Nha được quyền mở ba hải cảng Đà Nẵng, Ba Lạt và Quảng Yên, tự do đi lại buôn bán trong nước ta. Nước Nam phải chịu bồi thường quân phí 4 triệu đồng, chia trả trong một thời hạn 10 năm.