Cách đó hai năm, tức là năm 1871, một thương gia Pháp là Jean Dupuis một mình mạo hiểm ngược sông Nhị Hà lên Lao Kay. Dupuis định xem xét tất cả sông ngòi xứ Bắc để tìm một con đường giao thông với tỉnh Vân Nam của Tàu. Công việc này dường như được chính phủ Pháp ở Nam kỳ tán trợ và giúp ngầm. Và trước kia, pháo thuyền Bourgogne, do thiếu tá Senez chỉ huy, luôn luôn đi lại miền duyên hải để tìm cách giao thông với nội địa đất Bắc.
Jean Dupuis mộ lính Tàu và hợp bọn đầu trộm đuôi cướp để gây thế lực cho mình. Chỗ họ ở tại Hà Nội, có lính canh phòng cẩn mật và có vẻ dự bị làm một việc gì rất quan trọng.
Quân ta không có quyền đuổi họ đi, liền tâu về triều, xin phản kháng với viên Đô đốc, thống lĩnh xứ Nam kỳ. Nhưng Đô đốc Dupré lại về phe Dupuis, ông viết thư sang Pháp:
“Xứ Bắc kỳ rất giàu và nối liền với nước Tàu. Đó là nơi để các tỉnh phì nhiêu Tây Nam xứ Trung Hoa tải sản vật sang cho ta. Việc chiếm cứ xứ này là vấn đề sinh tồn cho tương lai cuộc đô hộ của ta ở Viễn Đông”.
Việc này kéo dài mãi đến năm 1873.
Thấy Dupuis hành động có hại đến quốc thể Nam triều, quân ta ra lệnh bắt giam đồ đảng người Nam và người Tàu của Dupuis. Vào đầu tháng 5 năm 1873, Dupuis đem 150 quân giặc khách đóng ở một nơi trong thành Hà Nội, rồi độ 100 dân phu cùng bỏ thuyền lên bộ. Dupuis bảo sẽ dùng võ lực phá nhà ngục, đánh tháo cho chúng, nếu quân ta không thả bộ hạ của hắn ra. Dupuis lại đòi mua muối và nhất là mua củi, để tàu của mình dùng, nhưng quân ta không thuận.
Ngày 27 tháng 5 năm 1873, Nguyễn Tri Phương đem quân từ Sơn Tây về giữ thành Hà Nội. Đã nhiều lần Dupuis gửi thư đe dọa ông. Ông đem việc ấy tâu về triều đình. Cuộc xung đột giữa ông và Dupuis bước vào thời kỳ hết sức nghiêm trọng. Vua Tự Đức hạ lệnh cho các tỉnh thần Bắc Hà phải hết lòng phòng bị.
Tàu Pháp vẫn chạy lên miền thượng du, thông đồng với bọn giặc Tàu Hoàng Sùng Anh, Nguyễn Tri Phương truyền lệnh cho các quan địa phương không được nhãng việc canh phòng. Ông lại sai Trần Nhượng qua Hưng Yên, Nam Định, Hải Dương đặt quân giữ các nơi hiểm yếu.
Vốn tính tình nóng nảy, Nguyễn Tri Phương không thể nhẫn nhục được trước thái độ khiêu khích của Dupuis. Ông truyền quân treo khắp thành Hà Nội tờ hiểu dụ cấm dân ta không được tán trợ hắn trong công việc kình địch với Nam triều. Dư đảng phiến loạn còn sống sót, nhân cơ hội, một mặt mang lương thực giúp Dupuis, một mặt giục Dupuis hạ thành Hà Nội. Chúng hứa sẽ hết lòng giúp người Pháp đánh đuổi quan lại do triều đình Huế cử ra cai trị xứ Bắc.
Đô đốc Dupré cật lực bênh vực Dupuis và giúp hắn một số tiền là ba vạn quan. Ngày 27 tháng 7 năm 1873, đô đốc đánh điện tín về bộ Hải quân:
“Xứ Bắc kỳ đã mở cửa thông thương nhờ công của Dupuis. Việc này có ảnh hưởng lớn đến thương mại của Anh, Đức, Mỹ. Ta cần phải chiếm xứ này trước, đừng để bọn giặc Tàu hay người Tây phương khác chiếm. Như thế, ta sẽ đem lại cho nước Pháp một con đường buôn bán độc quyền. Tôi không xin thêm viện binh. Tôi sẽ đem quân lực sẵn có đi đánh. Sự thành công rất chắc chắn”.
Cũng trong ngày ấy, đô đốc gửi về bộ một bức thư bênh vực chính kiến mình:
“Nếu về việc chinh chiến của tôi đang dự định, ngài hay người khác có trách nhiệm vẫn còn hoài nghi lẽ thắng bại, tôi sẽ sẵn lòng gánh hết trách nhiệm, dù sau này tôi bị quở trách, bị gọi về, hay bị cách chức cũng được…”
Đô đốc Dupré truyền đại úy Francis Garnier mang một tiểu đội chiến thuyền ra Bắc hà, trước để điều tra vụ Dupuis, sau buộc triều đình Huế mở rộng xứ Bắc kỳ cho người Pháp buôn bán. Ngày 17 tháng 9 năm 1873, đại úy rời bến Sài Gòn, và đến ngày 5 tháng 11, đóng quân tại Hà Nội. Cách ít ngày sau, ngày 10 tháng 11, đại úy gửi thư về Nam kỳ cho đô đốc Dupré:
“Chỉ một cuộc bạo động mới có thể đem lại cho tôi quyền hành và thanh thế. Tôi nhất định hành động. Tôi sẽ đem 180 quân bản bộ hạ thành Hà Nội và bắt Nguyễn Tri Phương giải về Nam, làm tù binh”.
Francis Garnier yêu cầu các quan địa phương cho phép người Pháp được quyền thông thương khắp đất Bắc kỳ. Nguyễn Tri Phương cự tuyệt, vì chưa có lệnh của triều đình.
Cuộc giao thiệp giữa quan Khâm mạng và viên tướng Pháp bước vào thời kỳ khó khăn. Trong bầu không khí nặng nề ấy, ngòi chiến tranh chỉ đợi một tia lửa là nổ bùng.
Ngày 20 tháng 11 năm 1873, đúng 6 giờ, đại úy Francis Garnier truyền lệnh hạ thành Hà Nội. Hai pháo thuyền Espignole và Scorpion trên sông Nhị hà, dưới quyền chỉ huy của thủy sư trung úy Bany, nã đại bác cách thành độ 1200 thước, Trung úy Bain dẫn 30 thủy binh tiến đánh cửa Tây Nam. Francis Garnier cầm đầu đội thủy quân lục chiến, nhằm cửa Đông Nam là cửa chính thành Hà Nội mà tiến; phụ sức viên chủ tướng người Pháp, có trung úy Ernez và thiếu úy Trentinian. Viên kỹ sư Bouillet và 10 tên lính thủy, khí giới chỉnh tề, giữ trại và đợi chỗ nào quân Pháp núng thế, tức khắc đến cứu. Dupuis và toán thủy thủ người Pháp cùng lính mộ Tàu đóng giữ các cửa thành khác. Bọn này không đánh vào thành. Họ có ý chia quân tản mát giữ khắp mọi cửa. Làm như thế, Nguyễn Tri Phương không biết được do cửa nào quân Pháp dùng toàn lực hãm thành.
Người Pháp tiến đánh bất ngờ, đại bác của ta trên thành Hà Nội bắn ra chậm quá, đạn lướt qua đầu quân Pháp và rớt cả xuống mặt đất phía sau. Quân ta, trong lúc hoảng hốt, quăng xuống vô số đá to, đá nhỏ mà chẳng trúng tên quân Pháp nào.
Một phát đại bác của người Pháp bắn vỡ cửa Đông, Francis Garnier và Trentinian xua quân ào tới, ập vào thành. Đến 7 giờ, cờ tam tài được nêu cao ở vọng lâu trung ương thành Hà Nội.
Trong lúc hỗn chiến, Nguyễn Tri Phương và con là Phò mã Lâm hăng hái giữ cửa Đông Nam là cửa quan yếu, bị tất cả sức tấn công quân địch dồn dập. Phò mã Lâm tử trận. Nguyễn Tri Phương trúng đạn, ngã theo con.
Thành Hà Nội thất thủ.
Nguyễn Tri Phương bị thương nặng ở đùi, được người Pháp cứu chữa và chở ông về an dưỡng ở trú quán của họ.
Các văn thần, võ tướng thành Hà Nội như bố chánh Đang, đề đốc Siêu, lãnh binh Nghiêm, Phan Đình Bình và hai người con Phan Thanh Giản đều bị người Pháp bắt sống, giải xuống tàu Decrès đem về giam ở Sài Gòn.
Vốn biết Nguyễn Tri Phương là người có nhân phẩm khác thường, người Pháp từ xưa đến nay vẫn một lòng kính nể. Họ phái các bác sĩ lấy thuốc bó vết thương của ông và họ bảo có thể cứu ông khỏi chết. Họ đổ cháo và thang thuốc vào miệng ông để ông mau phục sức.
Nguyễn Tri Phương rất cảm động. Nhưng ông tự liệu là dù có sống cũng không cưỡng nổi cơ trời, nước Việt Nam đang lâm vào cảnh bại vong thì một mình Nguyễn Tri Phương chắc gì thay đổi được thời thế! Âu là ông lấy cái chết để tạ cùng quốc dân, lấy sự tận trung báo đáp ơn vua và lấy việc tử tiết đền bồi tình thê nhi, gia tộc.
Nguyễn Tri Phương dứt cả băng bó, phun cháo và thuốc ra. Ông nhất quyết nhịn ăn cho đến chết.
Đại úy Francis Garnier cảm phục tư cách oanh liệt của ông, đem thông ngôn đến ngồi cạnh ông và ôn tồn an ủi. Ông thản nhiên đáp:
“Làm tướng phải chết và chết ở trận tiền không phải là cái chết nhục nhã”.
Từ ngày ông bị người Pháp đem về trú quân cho đến ngày chết là ngày 20 tháng 12 năm 1873, suốt trong một tháng trời, ông tuyệt nhiên chẳng ăn uống chút nào. Đến khi biết mình sắp chết, ông bảo quân hầu đỡ dậy, tắm rửa sạch sẽ và đem áo quần thay cho ông. Rồi, thần sắc vẫn không thay đổi, ông nhắm mắt an giấc ngàn thu.
Nguyễn Tri Phương thọ 74 tuổi.
Vua Tự Đức nghĩ Nguyễn Tri Phương toàn gia tử tiết, thương xót vô cùng. Ngài dụ:
“Triều đình đối với các quan tại chức, việc đáng tội thì làm tội, có công thì ban thưởng. Quan cố Khâm mạng đại thần là Nguyễn Tri Phương ra trấn Hà thành, vì thành mất, đã nhịn ăn mà chết. Về tội, chưa biết nên xử ra sao, trẫm giao cho đình thần nghị. Nhưng nghĩ Nguyễn Tri Phương trải thờ ba triều, trước sau khí tiết không thay đổi, gian nan khổ sở, mọi người đều biết. Gặp thời đa nạn, Nguyễn Tri Phương bỏ mình, thật là đáng tiếc! Vậy trẫm truyền cho Hà Nội tỉnh thần phái quân, phu hộ tống quan tài về quê an táng”.
Nhà vua lại truyền lấy ở kho ra 3 tấm gấm, 10 tấm lụa và 1 ngàn quan tiền để thân nhân Nguyễn Tri Phương lo việc tang chế.
Về cái án thất thủ Hà Nội, đình thần nghị tội “cách phú phẩm hàm, vĩnh tồn trảm hậu” nghĩa là cách hết chức tước, về sau tái phạm sẽ chém đầu. Vua Tự Đức xem xong, phê:
“Nguyễn Tri Phương là một vị trọng thần, không giữ nổi thành Hà Nội, chiếu theo luật ‘chủ sự tòng vu’, đình thần nghị tội như thế là phải lắm. Nhưng nghĩ Nguyễn Tri Phương nhất sinh trung dũng, trẫm biết đã lâu. Vả lại, họ Nguyễn toàn gia tiết nghĩa, sau trước một lòng, không phải như bọn tham sinh úy tử, cho nên trẫm khai phục Nguyễn Tri Phương Binh bộ tả tham tri. Tước bá của Nguyễn Tri Phương đánh giặc Miên được đặc phong, trẫm không nỡ đoạt”.
Năm Tự Đức thứ 28 (1875), nhà vua cho đem tên Nguyễn Tri Phương vào thờ ở đền Trung Nghĩa.
Em ông là Nguyễn Duy, con ông là Nguyễn Lâm đều vì nước bỏ mình. Cha con, anh em đều tuẫn tiết, thế gian xưa nay hiếm có. Bởi vậy, nhà vua lại xuống dụ lập đền Trung Hiếu, thờ trong làng Nguyễn Tri Phương. Hàng năm, nhà vua phái quan sở tại đến tế.
Để tỏ lòng thương mến Nguyễn Tri Phương, vua Tự Đức có tự thảo bài văn tế, lời lẽ rất thống thiết:
忠臣孝子，歷代有之
“Trung thần hiếu tử, lịch đại hữu chi
一門三節，嗚呼幾希
Nhất môn tam tiết, ô hô kỷ hi!
臣則死忠，子則死孝
Thần tắc tử trung, tử tắc tử hiếu
在人倫常，爲世名教
Tại nhân luân thường, vi thế danh giáo
朝廷風世，節猶取焉
Triều đình phong thế, tiết do thủ yên
况兼而有，大節凛然
Huống kiêm nhi hữu, đại tiết lẫm nhiên
惟彼阮卿，惟邦之傑
Duy bỉ Nguyễn khanh, duy bang chi kiệt
中外歷 揚21，耆 龎 勲烈
Trung ngoại lịch dương, kỳ bàn22 huân liệt
慨自洋船，侵我海濱
Khái tự dương thuyền, xâm ngã hải tân
命 將出師，無踰老臣
Mệnh23 tướng xuất sư, vô du lão thần
爾弟阮維，有文有武
Nhĩ đệ Nguyễn Duy, hữu văn hữu võ
曁 兄同心，參 戎24 幕府
Kỵ huynh đồng tâm, tham nhung mạc phủ
南屯不守，爾爲所傷
Nam đồn bất thủ, nhĩ vi sở thương
爾爲死之，科甲流芳
Nhĩ vị tử chi, khoa giáp lưu phương
頃然北顧，事機更誤
Khoảnh nhiên bắc cố, sự cơ cánh ngộ
賊出不意，爾死於虜
Tặc xuất bất ý, nhĩ tử ư lỗ
爾子阮林，先爾而亡
Nhĩ tử Nguyễn Lâm, tiên nhĩ nhi vong25
轟轟烈烈，好做一塲
Oanh oanh liệt liệt, hảo tố nhất trường!
是兄是弟，是父是子
Thị huynh thị đệ, thị phụ thị tử
古之卞門，殆不過此
Cổ chi biện môn, đãi bất quá thử
嗚呼爲臣，能忠於君
Ô hô! Vi thần, năng trung ư quân
嗚呼爲子，能孝於親
Ô hô! Vi tử, năng hiếu ư thân
惟忠與孝，一門咸萃
Duy trung dữ26 hiếu, nhất môn hàm tụy
閒氣所鐘, 其斯之謂
Nhàn khí sở chung, kỳ tư chi vị
爰建專祠，以獎勵之
Viên kiến chuyên từ, dĩ tưởng lệ chi
歲届仲春(秋)，命官祭之
Tuế giới trọng xuân (thu), mệnh27 quan tế chi
唐隆之鄉，其歸其藏
Đường Long chi hương , kỳ quy kỳ tàng
萬古英風，山高水長
Vạn cổ anh phong, sơn cao thủy trường”.
Dịch:
“Tôi trung con hiếu, xưa nay có rồi.
Một nhà ba tiết, hiếm lắm than ôi!
Tôi chết vì trung, con chết vì hiếu
Là việc luân thường, làm gương danh giáo.
Triều đình phong thế, phải giữ tiết cao
Huống gồm đủ cả, thật lớn xiết bao!
Duy ngươi, Nguyễn khanh, là người anh kiệt
Trong ngoài biết danh, nổi tiếng huân liệt.
Tự tàu Tây đến, xâm bờ cõi ta
Sai tướng đi đánh, ai hơn tướng già.
Em ngươi, Nguyễn Duy, có văn có võ
Cùng anh một lòng, giúp nơi mạc phủ.
Thành Nam thất thủ, ngươi đã bị thương
Em ngươi chết trận, để lại tiếng thơm.
Ngảnh lên phía Bắc, sự cơ chẳng hay
Giặc đánh bất ý, ngươi chết vì Tây.
Con ngươi, Nguyễn Lâm, đã chết trước ngươi
Oanh oanh liệt liệt, một nhà giỏi thay!
Anh ấy em ấy, cha ấy con ấy
Họ Biện khi xưa, nào hơn được vậy.
Than ôi! Làm tôi, phải trung với vua
Than ôi! Làm con, phải hiếu với cha
Tôi trung con hiếu, một nhà gồm hai
Khí thiêng chung đức, tiếng để lâu dài.
Lập miếu lên thờ, làm cách tưởng lệ
Vào tiết trọng xuân (hay thu) sai quan đến tế.
Đường Long làng ấy, sẽ giữ tiếng hay
Anh phong muôn thuở, núi cao sông dài”.
Khi cử hành tang lễ Nguyễn Tri Phương, quan lại ở Huế và các tỉnh đều có gửi đối, trướng và thơ về phúng viếng, trong số đó có bài của tiến sĩ Nguyễn Văn Lý:
一韓經畧尚邊歌
Nhất hàn kinh lược thượng biên ca
甲馬空中可奈何
Giáp mã không trung khả nại hà!
出世勲名垂宇宙
Xuất thế huân danh thùy vũ trụ
歸天神氣壯山河
Quy thiên thần khí tráng sơn hà
家傳惟有清風在
Gia truyền duy hữu thanh phong tại
國計寜知白髮皤
Quốc kế ninh tri bạch phát bà
墜28淚悲深橫嶺北
Trụy lệ bi thâm Hoành lĩnh bắc
龍編秋珥不停波
Long Biên thu Nhị bất đình ba.
Dịch:
Một phương kinh lược tiếng âu ca
Giáp mã trên không khó nỗi mà!
Lúc sống huân danh trùm vũ trụ
Thác về thần khí rạng sơn hà
Nếp nhà vẫn giữ mầu thanh đạm
Lo nước nào hay tóc bạc pha
Hoành lĩnh trông về đôi lệ nhỏ
Dòng thu sông Nhị vẫn trôi qua.
Nhưng, nếu là để biểu dương cái đại tiết của Nguyễn Tri Phương, thì tưởng không còn câu văn nào đặc sắc hơn đôi câu đối mà hiện giờ chúng ta vẫn còn thấy rõ mồn một ở trước một ngôi đền nhỏ lập trên một cái gò con, gọi là đền “Trung Liệt”, vì bản ý người lập ra là để thờ Nguyễn Tri Phương, Nguyễn Lâm và Đoàn Thọ. Ngôi đền đó đối diện với chùa Đồng Quang, là di tích sau cùng của vua Quang Trung:
此城郭29，此江山，百戰風塵餘尺地
Thử thành quách, thử giang sơn, bách chiến phong trần dư xích địa.
爲日星，爲河岳，十年心事共青天.
Vi nhật tinh, vi hà nhạc, thập niên tâm sự cộng thanh thiên30.
Dịch:
Vẫn thành quách, vẫn giang sơn, trăm trận xông pha còn thước đất.
Nào nhật tinh, nào hà nhạc, mười năm tâm sự có trời xanh31.