Được tin người Pháp rút quân khỏi cửa bể Đà Nẵng, vua Tự Đức hạ chiếu triệu Nguyễn Tri Phương về kinh.
Nhà vua vời ông đến bên ngự sàng15 để hỏi về tình hình thành Gia Định và Hòa, Chiến, Thủ phải dụng mưu nào?
Ông vốn là người am tường thế cục, bao nhiêu phen ông đã tiên đoán với bạn đồng liêu:
“Người Pháp không chóng thì chầy cũng chiếm cứ nước ta, việc động binh của họ là muốn hạ gấp các thành trì của ta”.
Vì thế nên lúc nghe nhà vua hỏi đến ba lẽ: Chiến, Hòa, Thủ ông liền tâu rằng đến cơ sự này không còn mong gì thương nghị giải hòa nữa. Vậy chỉ có hai lẽ chiến, thủ mà thôi.
Vua Tự Đức liền hạ chiếu sai Nguyễn Tri Phương vào Nam kỳ. Nhà vua ân cần dặn ông:
“Hiện nay trong triều, trẫm nhận thấy không có một ai bằng khanh để nhậm chức Nguyên soái Nam kỳ. Từ các quan văn võ cho đến bách tính thần dân, ai ai cũng đều hâm mộ tài khanh và đồng thanh tiến cử khanh. Vậy khanh không nên thoái thác một sứ mệnh thiêng liêng là gìn giữ đất nước mà trẫm đã giao phó cho khanh. Còn ở Đà Nẵng, nếu có việc gì quan trọng xảy đến trong lúc vắng khanh, trẫm nghĩ cũng phải có một vị đại thần tài cao đức cả để ra đảm đương mọi việc. Khanh hãy cử cho trẫm một viên Trấn thủ Quảng Nam”.
Nghe lời thống thiết, vị lão thần cảm động, tâu:
“Hiện nay quân Pháp đã hợp với quân Miên, giặc Khách, quân Mọi để gây phiến loạn ở Nam kỳ. Sự thế bây giờ đã khó khăn gấp bao lần trước. Vả lại, quân ta chinh chiến nhiều trận, dân lực không còn được dồi dào nữa. Ở Quảng Nam, hạ thần tự thẹn không lập nên công trạng gì để báo đáp quân ân. Phận làm tôi, khi vào Nam khi ra Bắc, nếu lệnh vua đã xuống thì hạ thần không dám từ. Hạ thần tự nghĩ thân làm tướng phải hy sinh tính mệnh cho Tổ quốc. Còn việc trấn thủ Quảng Nam, Thánh thượng có thể giao phó trách nhiệm ấy cho hai quan đại thần Phan Thanh Giản và Nguyễn Bá Nghi, ở triều đã lâu, việc quân cơ đều thấu đáo”.
Trước khi từ giã gia quyến, Nguyễn Tri Phương viết sớ xin thi hành 6 điều khẩn yếu:
1) Hiện nay quốc gia hữu sự, phải chú ý tổ chức binh bị và tạm đình các việc khác chưa cần thiết.
2) Xin để ý an định xứ Bắc kỳ.
3) Kiếm cách vận tải đại bác vào trong các đồn lũy.
4) Xin phái Phạm Thế Hiển đến quân thứ để cùng bàn mưu lược.
5) Xin viết thư thân thiện với nước Xiêm để Xiêm hoàng không giúp bọn phiến loạn.
6) Phái một vị Khâm mạng sang Xiêm dùng lời hơn thiệt, gây tình liên lạc giữa nước họ và nước ta để họ khỏi thông đồng với quân Pháp.
Vua Tự Đức nghe theo các khoản trong tờ điều trần ấy. Cùng trong một ngày, nhà vua truyền cho ông:
“Việc Nam kỳ, trẫm giao phó cả cho khanh. Khanh nên hết lòng lo lắng đến nước nhà trong thời giờ nghiêm trọng, để gỡ cho trẫm một mối lo về phía Nam. Còn dẹp bọn phiến loạn, tuy là chức trách các viên thủ lĩnh Hà Tiên, Biên Hòa, nhưng trẫm cũng giao cho khanh tự quyền sắp đặt, điều gì tiện lợi cứ việc thi hành. Trẫm cầu Trời Phật giúp cho khanh thành công để dân sự trở về cảnh thái bình. Đức độ và tài trí của khanh, trẫm đã biết nhiều rồi. Nhưng khanh có tính nóng nảy, vậy khanh nên mở lượng bao dung với sĩ tốt thì đại sự ắt phải thành”.
Đến Nam kỳ, Nguyễn Tri Phương không nghỉ ngơi một phút nào. Ông cho người đi do thám tình hình quân Pháp để biết rõ thực lực của họ.
Lúc ấy, Phó đô đốc Page mang một phần lớn quân đội sang Trung Quốc, quyền chỉ huy ở đây giao cho Đại úy Ariès. Thủy lục quân Pháp đóng ở Sài Gòn chừng 800 người, trong đó có 200 quân Tây Ban Nha. Đội chiến thuyền gồm có 2 thuyền buồm và 4 chiến hạm lớn. Đồn lũy của họ nằm giữa Sài Gòn, Chợ Lớn dài theo một trận tuyến chừng bảy cây số, có đặt nhiều súng đại bác hạng nặng.
Sau khi hiểu rõ tình hình của quân địch, Nguyễn Tri Phương liền bắt đầu hành động. Ông tự nghĩ đối với súng đạn có sức tàn phá rất mãnh liệt của người Pháp, quân ta dù can đảm đến đâu cũng không thể giáp chiến được. Ông dùng ngay một chiến lược nửa là thủ, nửa là công. Thủ không phải là hoàn toàn chỉ đợi họ đến đánh mình, rồi mình mới đánh trả lại; cũng không phải là lối án quân bất động, để mặc địch quân muốn công hay thủ tùy ý, mình chỉ chuyên lo chống giữ mà thôi. Thế công của ông trù định không phải lối hành quân táo bạo của một viên chủ tướng đem ba quân nộp mình trước miệng súng thần công của Pháp. Ông thừa hiểu quân ta tấn công như vậy chỉ mua lấy cái chết vô ý thức. Ông thực hành ngay một chương trình rất mới là dựng chiến lũy để quân ta ẩn núp và bao vây quân đội Pháp.
Nguyễn Tri Phương truyền lệnh xây nhiều pháo đài và bắt đắp những hầm lũy ở phía bắc Sài Gòn, cách chỗ quân Pháp đóng chừng 4 cây số. Chiến lũy bao vây địch quân gồm có vô số pháo đài kiên cố và rất nhiều con đường hầm dài từ 12 đến 16 cây số. Pháo đài nào hầm lũy ấy, đủ binh lính canh phòng, đủ chỗ ẩn nấp cho ba quân. Bàn về công việc của ông ở đồn Chí Hòa, nhà viết báo Maxime Vauvert viết trong tạp chí “Monde Illustré” ngày 20 tháng 4 năm 1861:
“Người Việt Nam tưởng cũng có thể diệt được cánh quân của Pháp. Họ xây dựng ở đồn Chí Hòa những chiến lũy vĩ đại, dựa thế một dãy pháo đài kiên cố, diện tích chừng 12 cây số.
Tất cả những thành lũy bài trí một cách rất khôn khéo và có một đại đội binh mã chống giữ. Những ụ đất nổi lên núp sau nhiều hàng rào tre, lắm chỗ lại có 5 hố sâu đầy lao nhọn. Trước mắt có nhiều lớp tường đất, thêm vô số lỗ trống nằm khít nhau, hoặc để nã súng đại bác, ném đá, hoặc phóng các chất dẫn hỏa. Cơ binh Pháp bấy giờ rất yếu nên không thể triệt hạ những thành lũy đó. Đồng thời, mỗi ngày người Việt Nam lại dựng thêm chiến lũy mới để bao vây người Pháp”.
Một viên sĩ quan Pháp, Phillipe Aude, đã dự vào cuộc công kích Chí Hòa, thành thực phê bình chiến lũy Nguyễn Tri Phương trong một bức thư viết trên chiến kỳ hạm “Impératrice Eugénie” ngày 28 tháng 3 năm 1861:
“Những chiến lũy mà người Việt Nam dựng lên rất kiên cố đều bằng đất sét, cốt tre. Họ làm một đêm gần được 400 thước bề dài và ban đêm, một khi quân Pháp triệt hạ chiến lũy đó thì tảng sáng, ta lại ngạc nhiên thấy nhiều chiến lũy mọc lên, cách tiền quân của ta chỉ 500 thước. Quân Việt Nam rất can đảm và về dũng cảm cũng như lòng khinh thường trước cái chết, chỉ xem một việc dùng chiến khí sau này của họ thì đủ rõ lời nói của tôi không phải là không xác đáng. Trong khi giáp chiến, họ dùng giáo. Thứ khí giới này chỉ đâm được quân địch cách bốn thước, đó là một lối tự vệ rất can đảm, đến quân Tàu cũng chưa bao giờ nghĩ đến”.
Một danh tướng khác trong cơ binh Pháp cũng khen ngợi:
“Thấy phương pháp dụng binh của Nguyễn Tri Phương, người ta phải tin rằng vị nguyên soái anh hùng của nước Nam đã biết phương lược xây dựng lối pháo đài tạm thời như Totleben ở Sébastopol, Denfert Rochereau ở Belfort, quân Phổ đánh Paris, Osman Pacha trong trận Plewna”.
Chứng kiến cuộc hành binh của Nguyễn Tri Phương, người Pháp nhiệt liệt truyền tụng:
“Thành lũy của Nguyễn Tri Phương dựng mau như nấm mọc. Hễ chỗ nào có một lối đi là có ngay một chiến lũy ngăn cản”.
Chỗ nào quân ông đến thì thành lũy liền sẵn sàng để quân núp bắn. Muốn cắt đường giao thông của quân Pháp, ông không quên chiếm những yếu điểm quân sự trên các đường đi Cao Miên, về Huế, sang Mỹ Tho và Tiền Giang sông Đồng Nai.
Quân Pháp càng ngày càng bị quân đội Nguyễn Tri Phương thắt chặt vòng vây. Họ lâm vào một tình thế rất nghiêm trọng, đến nỗi trong sáu tháng trời, họ không nhận được tin tức gì ở bên Pháp gửi sang.
Nhưng sau nhờ chiến tranh bên Trung Quốc sớm kết liễu và hòa ước Bắc Kinh ký xong, nên có một đại đội binh mã đến giải vây cho họ. Quân ta tuy đông hơn quân Pháp mà không thể diệt trừ được quân của đại úy Ariès, cũng do nơi súng đạn họ tinh xảo và bắn xa được vài nghìn thước, nên hễ quân ta đến gần đồn lũy của họ là bị đại bác tàn sát một cách ghê gớm.
Vậy cái thua của ta không phải vì thiếu lòng can đảm hy sinh, cũng không phải thiếu tướng tài điều khiển, hoặc thiếu một chiến lược ứng dụng với tình thế. Sự bại trận của Nguyễn Tri Phương là lẽ dĩ nhiên, vì kỹ thuật chiến tranh của Pháp tiến bộ đến giai đoạn cơ khí ở thế kỷ XIX, mà quân ta thì dùng các khí giới về thời phong kiến. Cự địch với đại bác, thần công, súng trường, lựu đạn, quân ta chỉ mang nào gươm, nào giáo, nào súng hỏa mai và một tấm lòng…
Khi Nguyễn Tri Phương đến thành Gia Định (1860) thì chiến hạm Pháp đương nã súng vào pháo đài Phú Nhuận (Gia Định) bị quân ta đánh lui. Tin mừng đệ về kinh, vua Tự Đức truyền với đình thần:
“Dưới quyền chỉ huy của Nguyễn Tri Phương, quân ta bắt đầu tấn công. Tuy vừa mới nhậm chức, Nguyễn Tri Phương cũng đã ghi một quân công dưới cờ”.
Biết rằng thắng một trận nhỏ không đủ để thay đổi một tình thế chiến tranh, nhưng nhà vua muốn quân ta phấn khởi đánh giặc, nên ban thưởng tướng sĩ và ba quân dự vào trận này rất hậu.
Sau khi bao vây được người Pháp, Nguyễn Tri Phương truyền quân liều chết dưới mưa đạn để hãm đồn Cây Mai. Trong đêm ngày 3 và ngày 4 tháng 7 năm 1860, ba ngàn dũng sĩ của ông chiếm được một đồn nhỏ của Đại úy Fernandez đóng giữ với 100 lính Tây Ban Nha và 60 thủy quân Pháp. Trái phá của quân địch bắn ra không ngớt giữa đêm tăm tối. Quân ta thây chết đầy đồng, nhưng Nguyễn Tri Phương cũng vẫn tiến quân. Tiếng súng trên đồi vẫn liên tiếp nổ vang, miệng các khẩu đại bác phụ thêm, tiếp tục khạc lửa ra làm sáng cả một góc trời. Nguyễn Tri Phương vẫn thản nhiên xông xáo giữa quân sĩ. Cái chết của ông trong lúc này chỉ còn đếm từng ly, từng phút. Nghĩ không thể nào hạ thành của Pháp được và thấy tiền quân của ta đi sâu vào trận địa của họ, ông truyền án binh, hạ trại.
Đến tháng 11 năm ấy, quân Pháp lại tấn công dữ dội các pháo đài vừa lập xong ở Gia Định. Quân ta chống giữ một cách oanh liệt và đánh lui được quân địch. Người Pháp trong trận này thiệt mất 132 quân sĩ. Được tin thắng trận lần thứ nhì, nhà vua trọng thưởng Nguyễn Tri Phương và binh lính dưới trướng.
Hai cuộc thắng nhỏ nói trên chấm dứt giai đoạn thứ nhất trong trận chống với quân Pháp ở Nam kỳ của Nguyễn Tri Phương. Trong giai đoạn này, quân ta có phần thắng lợi và nếu không có đại bác ủng hộ thì cơ binh người Pháp ắt không khỏi bị tiêu diệt.