Đoàn tàu đi tiếp, xa hơn nữa về phía tây. Khi họ đến được một quần đảo mà nay là một phần của đất nước Philippines, họ đã đi gần 27.400 km từ Tây Ban Nha.

Ferdinand nhận những hòn đảo mới là của Tây Ban Nha. Một trong số đó có nhiều vàng tới mức người dân bản địa nào cũng đeo một cái vòng tay vàng. Thủ lĩnh của họ thì mang một con gao găm có chuôi bằng vàng đặc. Và ông ta còn có một cái răng bọc vàng.

Đây chính là cơ hội làm giàu! Trong khi Chỉ huy trưởng Ferdinand thuyết phục thủ lĩnh buôn bán với Tây Ban Nha, những thủy thủ khác đưa cho người bản địa gương, chuông và vải vóc màu sắc rực rỡ để đổi lấy vàng, ngọc trai và đồ ăn.

Ferdinand cũng muốn giàu có. Nhưng trong suốt hành trình dài đằng đẵng và nguy hiểm này, ông đã bị thuyết phục bởi một thứ khác nữa. Một thứ mà ông tin còn quan trọng hơn là vàng và gia vị. Ông tin rằng nhiệm vụ của ông là mang Chúa và đạo Kitô tới cho người dân bản địa. Ông thấy thôi thúc cần cứu rỗi linh hồn họ và giảng cho họ về Đức Chúa Jesus. Trên một hòn đảo thôi, ông đã làm lễ rửa tội cho 2.200 người. Nhưng Ferdinand vẫn chưa hài lòng. Ông muốn tất cả mọi người nhận ra rằng Chúa của ông là tối cao.

Thủ lĩnh của một hòn đảo không chấp nhận tôn giáo của Ferdinand. Ông ta cũng không chịu phục tùng vua Tây Ban Nha. Ferdinand thề là sẽ chiến đấu vì tôn giáo và vua của ông. Ông tin rằng nếu ông làm vậy Chúa sẽ bảo vệ ông.

Ferdinand bị điên rồi sao? Người của ông cầu xin ông đừng đánh nhau. Nhưng ông nói với họ rằng: “Ta sẽ chỉ lấy những người tình nguyện đi với ta. Hãy xem ai tin vào Chúa.”

Nửa đêm ngày 27 tháng 4, Ferdinand và 60 người đàn ông lên ba chiếc thuyền. Trong trang phục áo giáp, họ bắt đầu chèo đến hòn đảo của thủ lĩnh nọ. Ngay khi họ rời đi, họ nghe thấy tiếng quạ kêu vang. Đó là một điềm xấu.

Cả đêm, họ ngồi trên thuyền, đợi Mặt trời mọc. Nhưng khi tia sáng đầu tiên xuất hiện, đập vào mắt họ là một cảnh tượng đáng sợ. Trên bờ biển, một đội quân 500 người bản địa đứng đó, sẵn sàng chiến đấu.

Như mọi khi, Ferdinand lại có một kế hoạch. 11 người sẽ ở lại trên thuyền. Ông và 49 người còn lại nhảy xuống nước sâu ngang bụng. Bộ áo giáp nặng khiến việc đi vào bờ rất khó khăn. Khi vào được tới bờ thì họ cũng đã kiệt sức.

Đầu tiên, một trận mưa toàn mũi tên độc, giáo và đá lao về phía họ. Những loại vũ khí đó va vào áo giáo và bật ra, chẳng gây thương tích gì. Nhưng người của Ferdinand cũng bị hoảng loạn. Có tới hàng trăm người bản địa chiến đấu kiên cường. Khi một mũi tên độc đâm trúng chân Ferdinand, ông buộc phải ra lệnh rút quân.

Lê từng bước trong nước, đội quân của ông nhảy lên thuyền. Trong lúc vội vã, họ đã làm lật một chiếc thuyền và đánh nhau để lên được những con thuyền còn lại. Tập tễnh vì vết thương, Ferdinand ở lại trên bờ để chặn kẻ thù cho họ. Cùng tám người trung thành khác, ông đã giữ chân được đội quân của người bản địa trong khoảng một giờ đồng hồ.

Đó là lần chống cự cuối cùng của ông. Những người bản địa cứ lao tới không ngớt. Họ cầm đá đập vào phần mặt trên bộ áo giáp của ông. Rồi một ngọn giáo từ đâu lao tới, xiên vào mặt ông. Một ngọn giáo khác chém vào tay ông, khiến ông không thể cầm nổi thanh kiếm nữa. Ông bị bao vây bởi nhiều người bản địa tới mức không ai nhìn thấy ông nữa. Một người của ông sau này đã viết lại: “Và thế là họ giết chết chỉ huy – tấm gương, ánh sáng, nguồn an ủi, sự thật và người thủ lĩnh duy nhất của chúng tôi.”

Người ta đã không bao giờ tìm thấy được thi thể của Ferdinand Magellan.