Vài năm sau, Thạch Quảng Đình tình cờ gặp người của Thần Châm Môn, bị nhận ra chính là vị trưởng lão đã mất tích. Lúc bấy giờ, Thần Châm Môn đã tìm thấy thi thể của Thạch Đông Nguyên và nghi ngờ chính Thạch Quảng Đình là kẻ thủ ác. Do không có bằng chứng nên họ không công khai ra ngoài, chỉ dặn dò môn nhân tìm kiếm tung tích lão. Thạch Quảng Đình trong cơn kinh sợ đã sát hại người này rồi vội vã rời khỏi thành phố S.
Trước khi đi, không biết có phải vì đã nảy sinh tình thầy trò với Diệp Chi Thu hay không, Thạch Quảng Đình đã truyền lại bộ tâm pháp nhập môn của Thần Châm Môn cho hắn. Lão lo sợ sau khi hành tung bại lộ sẽ liên lụy đến cháu gái, nên đã gửi gắm Thạch Chỉ Dung cho Diệp Môn, rồi bắt đầu cuộc sống phiêu bạt và thực hiện các thí nghiệm bí mật.
Trong một cơ duyên, Thạch Quảng Đình bị Thanh Long bắt giữ. Thanh Long vừa hay có được "Ma Nhân Bí Điển" của Tà Vân Tông thông qua Dịch Quyên. Sau khi biết được tài năng và trải nghiệm của Thạch Quảng Đình, hắn đã đưa bí điển cho lão, đồng thời hứa cung cấp nơi thí nghiệm hoàn chỉnh cùng các trang thiết bị, vật thí nghiệm cần thiết. Thạch Quảng Đình vô cùng mừng rỡ, lập tức bày tỏ lòng trung thành với Thanh Long. Thanh Long ban cho lão một chút sức mạnh, sai lão đi chiêu mộ nhân tài y thuật để nghiên cứu, hoàn thiện phương pháp chế tạo ma nhân. Cứ như vậy, Thạch Quảng Đình trở thành một Ma Soái dưới trướng Thanh Long.
Trải nghiệm của Thạch Quảng Đình khiến Diệp Chi Thu nghe đến ngẩn người. Lúc này, Diệp Chi Thu mới tin rằng hình ảnh âm lãnh, phản diện của sư phụ mà mình nhìn thấy trong ký ức khi tu luyện tinh thần lực tại Thất Bảo Diệu Cảnh là sự thật. Thạch Chỉ Dung lúc này mới hay tin cha mẹ mình bị chính ông nội hại chết, nàng ngất xỉu ngay tại chỗ. Sau khi tỉnh lại, nàng trốn trong lòng Diệp Điện mà khóc không thành tiếng. Nhìn vị sư phụ từng có ân với mình ngày trước, Diệp Chi Thu muốn nói lại thôi, thở dài một tiếng rồi để mặc đệ tử Diệp Môn áp giải Thạch Quảng Đình đi.
Cuộc đại chiến với Thanh Long đã tạm thời khép lại, điều cấp thiết hiện nay không chỉ là truy tìm tung tích của hắn, mà quan trọng hơn là khôi phục công tác nghiên cứu tại căn cứ, sớm chế tạo ra phương pháp hóa giải virus D.
Sự kiện tấn công quy mô lớn lần này đã thu hút sự quan tâm rộng rãi của toàn thế giới. Kẻ tạo ra thảm họa virus D vừa lộ diện là Thanh Long cũng hứng chịu vô vàn chỉ trích từ dư luận toàn cầu. Tất nhiên, đối với Thanh Long, những dư luận thế tục này chẳng khác nào đàn gảy tai trâu. Ngoài Trung Quốc ra, những tu sĩ tự phát tổ chức chống lại Thanh Long ở các quốc gia khác cũng không nằm trong tầm mắt của hắn. Sau trận chiến này, Thanh Long trở thành kẻ thù số một của các quốc gia trên thế giới. Một tên ma đầu đáng sợ, sở hữu năng lực kiểm soát hàng trăm ngàn, thậm chí toàn bộ nhân loại biến dị, bản thân lại có dị lực khó lường, là kẻ mà bất kỳ quốc gia nào cũng không dám dung túng hay xem thường. Nhiều tổ chức phi chính phủ liên kết chống lại Thanh Long cũng lần lượt xuất hiện. Tuy nhiên, điều mọi người quan tâm nhất vẫn là căn cứ nghiên cứu "Kháng D" của Trung Quốc bị Thanh Long tấn công. Dù chính phủ Trung Quốc đã phong tỏa thông tin, nhưng điều đó không ngăn được sự đồn thổi và tuyên truyền của truyền thông. Trong chốc lát, sự việc trở nên ầm ĩ, nhiều người có trí tưởng tượng phong phú thậm chí còn suy đoán rằng căn cứ đã chế tạo thành công thuốc hiệu quả để giải quyết virus D, nên mới khiến Thanh Long bất chấp lộ diện để phát động cuộc tấn công quy mô lớn.
Trong nước cũng đặc biệt coi trọng sự kiện lần này. Trong lúc tái thiết căn cứ, chính phủ đã tăng cường một lượng lớn quân đội tinh nhuệ đến bảo vệ, trang bị đồng bộ các loại vũ khí hiện đại có sức sát thương lớn. Các tu chân giả cũng tăng cường nhân lực đóng quân tại căn cứ, gạt bỏ thành kiến chính tà, thành lập "Liên minh Diệt Ma" để cùng nhau hỗ trợ.
Đúng lúc này, tin tức khiến Diệp Chi Thu tiếc nuối truyền đến — Tô Lãnh Nguyệt muốn rời đi!
Lý do Tô Lãnh Nguyệt rời khỏi căn cứ là để trở về tọa trấn Thủy Nguyệt Lưu, đề phòng Thanh Long đột kích, làm lay chuyển gốc rễ môn phái. Nhưng người trong Thánh Giả Đồng Minh đều biết, một phần nguyên nhân lớn khiến nàng rời đi là vì cuộc hẹn đấu giữa ba môn phái đang đến gần.
Dù chọn cách rời đi, Tô Lãnh Nguyệt vẫn đặc biệt để lại sư đồ Tô Phương Vân, Nhược Hi và đệ tử Tuyết Tông, điều này khiến Đường Lăng vô cùng vui mừng. Sự ở lại của Tô Nhược Hi cũng tạo thêm động lực lớn nhất cho Hoàng Hạo trong cuộc đối đầu ngầm với Thanh Long.
Trước đó tại căn cứ, Diệp Chi Thu đã nhiều lần muốn tìm Tô Lãnh Nguyệt để tâm sự nhưng đều bị nàng tránh mặt. Nếu tình cờ gặp trên đường, Tô Lãnh Nguyệt cũng chỉ lạnh lùng gật đầu, xem như người dưng nước lã. Tuy nhiên, trong giây phút chia ly này, Diệp Chi Thu lại bất ngờ được Tô Lãnh Nguyệt tiếp kiến.
Thời gian gặp mặt lần này ngắn đến kinh ngạc. Sau đó, theo tiết lộ từ các đệ tử Thủy Nguyệt Lưu, từ đầu đến cuối hai người gần như không nói câu nào, chủ yếu là trạng thái nhìn nhau im lặng. "Cái này... cho cô." Diệp Chi Thu đặt một vật trong suốt vào tay nàng.
Ánh mắt Tô Lãnh Nguyệt lóe lên, nhanh chóng liếc nhìn vật đó rồi gật đầu nói: "Rất tốt! Quả nhiên ngươi đã sở hữu loại sức mạnh này. Ta đã nghe về thân phận của ngươi ở Diệp Môn, ta rất mong chờ màn thể hiện của ngươi trong cuộc hẹn đấu ba môn phái."
Diệp Chi Thu không nói gì thêm, lặng lẽ nhìn nàng một lúc rồi cáo từ rời đi. Sau khi Diệp Chi Thu đi, Tô Lãnh Nguyệt nhìn chằm chằm vào món đồ trong suốt trông giống như hạt sen kia trầm tư hồi lâu, cuối cùng cũng gọi đệ tử khởi hành rời đi. Cùng với sự gia tăng của dịch bệnh ở khắp nơi, các nhân viên nghiên cứu trong căn cứ cũng cảm thấy gánh nặng trên vai ngày càng nặng nề. May thay, sự gia nhập của Diệp Chi Thu đã tăng cường đáng kể lực lượng nghiên cứu trong căn cứ. Mọi người không ngờ rằng, vị trưởng lão của Thanh Y Môn này không chỉ sở hữu sức mạnh siêu phàm, mà kiến thức trong đầu cũng bao la vạn tượng, độc thuật, y thuật, luyện kim thuật không gì là không tinh thông, lại còn được mỹ nhân siêu cấp như Mộ Dung Thiển Tĩnh hết lòng yêu thương, thật khiến người ta ngưỡng mộ.
Điều khiến họ ngạc nhiên là sự xuất hiện của Diệp Chi Thu không chỉ giải trừ mối đe dọa từ các cuộc tấn công của Thanh Long, mà còn trở thành chìa khóa để giải mã virus D. Diệp Chi Thu sử dụng tinh thần lĩnh vực lấy được không ít thông tin về virus D từ trong não của Thạch Quảng Đình, kết hợp với dữ liệu từ các nhân viên căn cứ nghiên cứu, cuối cùng xác định virus D thực chất là một loại vi khuẩn có chứa pháp lực, thậm chí là có trí tuệ. "Linh khuẩn" này có sức sống ngoan cường, có thể hấp thụ dưỡng chất trong cơ thể người, từ đó dần dần tự lớn mạnh cho đến khi kiểm soát toàn bộ cơ thể người, gây ra sự biến dị đáng sợ. Phiền phức hơn là chúng không chỉ lây lan nhanh chóng mà còn có khả năng thích nghi và tự biến đổi đáng sợ. Các loại thuốc thông thường hoàn toàn không thể làm gì được chúng. Ngay cả thuốc ức chế do Bát Đẩu và các nhân viên căn cứ cùng nghiên cứu ra cũng chỉ có thể kiểm soát virus D tạm thời; một khi chúng thích nghi với loại thuốc này, bệnh tình sẽ tái phát. Tốc độ nghiên cứu thuốc mới của Bát Đẩu chậm hơn nhiều so với tốc độ thích nghi của "Linh khuẩn", giống như mối quan hệ giữa thuốc kháng sinh và sự kháng thuốc của virus vậy.
Diệp Chi Thu cẩn thận tra cứu "Lữ Nhạc Ôn Kinh", phát hiện dù virus D có phần giống với dịch bệnh mà Lữ Nhạc đã gieo rắc ở Tây Kỳ trong cuộc chiến Phong Thần năm xưa, nhưng nó lại không thuộc bất kỳ loại ôn độc nào trong "Lữ Nhạc Ôn Kinh". Tương truyền dịch bệnh năm đó phải nhờ Dương Tiễn đến Hỏa Vân Động cầu xin sự giúp đỡ của Thần Nông trong Tam Hoàng mới giải trừ được. Giờ đây, biết tìm đâu ra vị Thần Nông hư ảo ấy?
Diệp Chi Thu cũng biết mình không tinh thông Tây y, nhất là công việc nghiên cứu sinh học độ khó cao như thế này. Nhưng hắn không nản lòng, vừa học tập vừa phát huy sở trường Trung y của mình, thậm chí còn sử dụng thuật luyện kim chế tạo ra một thiết bị Âm Dương Quan Vi Nghi có chức năng tương đương kính hiển vi pháp khí, có thể quan sát bằng mắt thường hoạt động pháp lực và sự cân bằng âm dương của virus D sau khi được phóng đại n lần, khiến mọi người trầm trồ thán phục.
Mặc dù các nhân viên nghiên cứu của căn cứ đã bỏ ra rất nhiều tâm huyết, nhưng tiến độ giải mã virus D vẫn dậm chân tại chỗ. Xem ra, loại virus mà Ma Soái Thạch Quảng Đình gọi là "vô phương cứu chữa" này quả thực vô cùng lợi hại. Lúc này, tin xấu về việc thuốc ức chế mất tác dụng liên tục truyền về từ khắp nơi. Những tu chân giả từng chiến đấu với ma quân cũng bắt đầu xuất hiện những triệu chứng nhẹ. Tình trạng của Ô Long — kẻ mang trong mình nồng độ virus D cao — thì ngày một tồi tệ hơn, có vài lần suýt chút nữa đã biến dị. Tình trạng của Hoàng Hạo cũng rất không ổn định — tất cả những điều này khiến lòng người càng thêm nặng nề.
Làm thế nào mới có thể đối phó với loại linh khuẩn đáng ghét này đây?
Cũng như bao người khác trong căn cứ, Diệp Chi Thu nhìn xấp dữ liệu mà suy tư. Đúng lúc này, tinh thần lực bỗng truyền đến một luồng dao động kỳ lạ. Hắn biết lại là Quỳnh Hà đang triệu hồi mình để tiến hành song tu Dung Vô, không khỏi cười khổ một tiếng.
Thời gian này, Quỳnh Hà dường như đã nghiện thuật song tu. Ngay cả khi chưa đến thời hạn để Diệp Chi Thu giúp Nữ hoàng Caroline ổn định ý thức và sức mạnh bằng thuật song tu, nàng vẫn ngày ngày gọi Diệp Chi Thu đến song tu. Kích thích hơn nữa là trong lúc song tu, vì Quỳnh Hà sẽ biến hóa thành dáng vẻ của Nữ hoàng Caroline hoặc Athena, nên Diệp Chi Thu thường xuyên phải đóng vai "Nhất dạ tam thứ lang", coi như đổi hình thức mà hưởng thụ cái "phúc được nhiều người yêu" mà đàn ông thường mơ ước.
Dù Nữ hoàng Caroline đã mất đi cơ thể, nhưng cuối cùng cũng được như ý nguyện, có thể nói là được mất song hành.
Diệp Chi Thu do dự một lúc rồi vẫn kể chuyện này cho Mộ Dung Thiển Tĩnh nghe, khiến Bát Đẩu sau khi biết chuyện đã mắng hắn là đồ ngốc. Mộ Dung Thiển Tĩnh vốn là bạn tốt của Nữ hoàng Caroline, sau khi biết chuyện nàng xả thân tự bạo đã rất đau lòng. Giờ nghe tin này, dù trong lòng có chút không thoải mái, nhưng nàng cũng vui mừng vì bạn mình vẫn còn sống. Sức mạnh của Mộ Dung Thiển Tĩnh lúc này đã đạt đến một độ cao đáng kể, sau khi thử song tu dung nguyên với Diệp Chi Thu lần nữa, nàng cảm thấy hiệu quả phi thường, không chỉ sức mạnh có phần tăng tiến mà còn không khỏi si mê cảm giác tuyệt vời đó. Tất nhiên, giữa nàng và Diệp Chi Thu không chỉ là sự giao lưu tinh thần lực, mà còn là sự khoái lạc đan xen giữa đam mê và dịu dàng.
Mộ Dung Thiển Tĩnh biết Quỳnh Hà và Nữ hoàng Caroline chỉ có thể dung hợp với Diệp Chi Thu về mặt tinh thần, hơn nữa việc này cũng giúp ích rất nhiều cho sức mạnh của Diệp Chi Thu, nên dần dần nàng đã trút bỏ được sự khó chịu trong lòng. Tuy nhiên, dường như vì cạnh tranh hoặc vì si mê cái cảm giác kỳ diệu đó, số lần song tu của Mộ Dung Thiển Tĩnh và Diệp Chi Thu cũng ngày càng tăng lên. Cộng thêm cả Quỳnh Hà và những người khác, đôi khi Diệp Chi Thu thậm chí phải làm "Nhất dạ thất thứ lang"... nên thường xuyên bị Bát Đẩu trêu chọc, khiến hắn phải trốn vào Thất Bảo Diệu Cảnh song tu xong mới dám ra ngoài.
Sau khi nhận được sự triệu hồi của Quỳnh Hà, Diệp Chi Thu lập tức tiến vào Thất Bảo Diệu Cảnh. Lúc này, Nhậm Thiên Sáng đang bị giam trong lao mây rừng đã bị các dây leo hấp thụ đến gần như kiệt sức. Mỗi ngày lão chỉ thẫn thờ nhìn cảnh vật xung quanh, đến cả sức để giãy giụa hay chửi bới cũng không còn. Diệp Chi Thu vô cùng căm hận Nhậm Thiên Sáng nên không cho lão một cái chết nhanh chóng.