Vương Doãn bày kế diệt được Đổng Trác, lên nắm việc triều chính và tiếp tục truy quét vây cánh của Đổng Trác để trừ hậu hoạn. Quách Phiếm cùng một số bộ tướng khác của Đổng Trác lúc đó đang cầm quân ở ngoài kinh thành đã chủ động xin đầu hàng, nhưng bị Vương Doãn từ chối. Nên họ đã tập trung lại làm phản, dẫn hơn 100 nghìn quân tiến đánh Tràng An.
Vương Doãn và Lã Bố bố trí canh phòng nghiêm ngặt. Hai bên cầm cự nhau 8 ngày đêm, nhưng không ngờ trong thành có nội ứng nên chẳng bao lâu thành Tràng An bị phá vỡ, Lã Bố chống đỡ không nổi phải bỏ chạy, còn Vương Doãn bị giết chết, Quách Phiếm cùng các tướng lên nắm việc triều chính. Quân Lương Châu do họ lãnh đạo rất ngông cuồng dã man, chúng đốt phá, cướp bóc, hãm hiếp, gây nên biết bao tội ác. Hơn nữa, giữa chúng lại xảy ra nghi kỵ và đánh lộn lẫn nhau, khiến dân chúng Tràng An phải lìa bỏ quê hương, lưu ly thất sở, thành Tràng An hầu như đã bị phá phách thành một đống gạch vụn.
Quốc cữu Đổng Thừa cùng bộ tướng Dương Phụng nhân lúc giữa quân phiến loạn xảy ra lục đục, đã hộ tống Hán Hiến Đế trốn khỏi Tràng an, trải qua biết bao khổ nhục, mãi đến mùa xuân năm 196 mới về tới An Dương, nhưng đến đây cũng chẳng được yên thân. Ít lâu sau, lại vượt sông xuống phía nam về Lạc Dương, nhưng Lạc Dương lúc này đã không còn như xưa nữa, vì bị lũ Đổng Trác đốt phá khi trước, nay nhà đổ tường xiêu, cỏ mọc um tùm, thỏ cáo từng đàn. Hán Hiến Đế đành phải vào ở trong một chiếc lều dựng tạm bên góc tường đổ, còn các quan viên đi theo đều phải đứng ngoài trời, lương thực lại thiếu thốn, họ ăn rau dại được mấy ngày, rồi có khá nhiều người lăn ra chết bên tường đổ.
Trong lúc Hán Hiến Đế đang trong cảnh sơn cùng thủy tận, thì bỗng có một người đến dâng thực phẩm, và mời Hán Hiến Đế cùng các quan viên sang Hứa Xương dựng đô, người đó chính là Tào Tháo. Tào Tháo tự Mạnh Đức, xuất thân trong một gia tộc quyền thế, cha là Tào Tung, thời Hán Linh Đế từng làm quan tới chức Thái úy, ông nguyên họ Hạ Hầu, vì là con nuôi của Tào Đằng làm Trung thường thị thời vua Hán Hằng Đế, nên mới đổi ra họ Tào. Khi Tào Tháo 20 tuổi, được châu quận tiến cử làm hiếu liêm, sau vì theo Hoàng Phổ Tung có công trong việc đàn áp cuộc khởi nghĩa khăn vàng, Tào Tháo lại được phong làm Tế Nam Tướng, rồi lại thăng làm Điển Quân Hiệu Úy. Sau khi Đổng Trác vào kinh, vì muốn đào tạo Tào Tháo làm thân tín của mình, mới phong lên làm Phiêu Kỵ Hiệu Úy. Nhưng Tào Tháo đã nhìn rõ bản chất của Đổng Trác là một tên táng tận lương tâm, tội ác tày trời, thì không chịu làm vây cánh cho hắn, nên đã mượn cớ bỏ đi. Khi về tới Trần Lưu, Tào Tháo ra sức chiêu mộ binh mã, hai người em họ là Tào Nhân và Tào Hồng cũng dẫn theo một nghìn người đến đầu quân, còn hai em cùng dòng họ là Hạ Hầu Đôn và Hạ Hầu Uyên cũng dẫn quân đến giúp. Sau khi thấy lực lượng của mình đã lớn mạnh, Tào tháo bèn liên hợp với các đạo binh mã như Viên Thiệu v v, khởi binh phản lại Đổng Trác. Nhưng vì các đạo binh mã này mỗi người một phách, cơ bản không ai chịu nghe ai, đều án binh bất động, nên Tào Tháo đành phải tự dẫn quân bản bộ độc lập tác chiến, nhưng bị lực lượng lớn mạnh của Đổng Trác đánh cho đại bại. Tào Tháo thua chạy về phía đông, lại dần dần bổ xung lực lượng, chiêu hiền nạp sĩ. Trải qua một thời gian nghỉ ngơi chỉnh đốn, Tào Tháo đã có một đạo quân hùng mạnh, lương thực cũng rất sung túc.
Giữa lúc này, Tào tháo nhận được tin Hán Hiến Đế đã trở lại Lạc Dương và đang lâm vào cảnh ngộ sống dở chết dở. Tào Tháo nghe theo lời mưu sĩ đã đích thân dẫn quân, trải qua biết bao trắc trở đến đón Hán Hiến Đế.
Hán Hiến Đế cùng các đại thần đã nếm đủ mùi cay đắng của chiến loạn, trước mắt lại nhìn thấy thành Lạc Dương chỉ còn là một đống gạch vụn, dẫu có ở lại đây cũng chỉ có chết đói mà thôi. Nên khi nghe nói Hứa Xương là một nơi rất trù phú, đương nhiên là rất mừng rỡ, bèn quyết định rời đô đến Hứa Xương.
Sau khi Hán Hiến Đế tới Hứa Xương, Tào Tháo đã đổi gọi Hứa Xương là Hứa Đô, rồi bắt tay vào việc xây dựng cung điện, lập tông miếu xã tắc. Tào Tháo tự phong là đại tướng quân, bắt đầu dùng danh nghĩa Hán Hiến Đế ra lệnh cho các châu quận, những người thân tín của Tào Tháo đều được phong quan, nắm giữ các chức vụ trong triều đình, mọi việc trong triều đều phải trước tiên hỏi Tào Tháo, sau đó mới được tâu với Hán Hiến Đế, việc "Mượn danh thiên tử ra lệnh cho thiên hạ" đã khiến thế lực của Tào Tháo lan rộng nhanh chóng, đặt cơ sở tốt đẹp cho việc thống nhất miền bắc sau này.
