Vào khoảng hậu bán thế kỷ thứ 8, phần lớn các nhóm cực đoan và các phong trào hiếu chiến đầu tiên, đều thất bại và biến mất hoặc giảm dần hoạt động rồi chìm vào quên lãng. Chính các vị Imam hợp pháp - những người ôn hòa, mềm dẻo nhưng kiên quyết – đã gìn giữ, làm phong phú đức tin Shi’a và dọn đường cho một cố gắng mới lớn hơn nhằm chiếm lấy quyền kiểm soát thế giới Hồi giáo.

Mặc dù với những thất bại ban đầu đó, và mặc dù các vị Imam thấy nhụt chí, các phần tử cực đoan và hiếu chiến vẫn còn tiếp tục xuất hiện, thậm chí ngay từ trong đám thân cận của các vị Imam hợp pháp. Sau cái chết của Ja’far al-Sadiq, vị Imam thứ 6 sau Ali, vào năm 765 thì các nhóm cực đoan và ôn hòa mới chia tách dứt khoạt. Isma’il là con trưởng của Ja’far. Vì những lý do không rõ cho lắm, và có lẽ là do ông này thông đồng với các phần tử cực đoan, Isma’il bị truất quyền thừa kế, và đa số các thành viên của phái Shi’a thừa nhận người em của ông này là Musa al-Kazim làm vị Imam thứ 7. Dòng dõi của Musa tiếp tục cho đến vị Imam thứ 12, vị này mất tích vào năm 873, và được coi là vị Imam được mong đợi, tức là vị Mahdi của đại đa số người Shi’a ngày nay. Những tín đồ của 12 vị Imam, gọi là Ithna'ashari hoặc phái thờ 12 Imam, là nhánh ôn hòa hơn của giáo phái. Giáo lý của họ chỉ khác biệt với dòng Hồi giáo Sunni một số điểm, nhưng trong những năm gần đây sự khác biệt không còn có ý nghĩa mấy. Kể từ thế kỷ thứ 16, phái thờ 12 vị Imam trở thành tôn giáo chính thức của Iran.

Còn có một nhóm khác theo Isma’il và hậu duệ của ông này, gọi là phái Ismaili. Để hoạt động lâu dài trong bí mật, họ dựng ra một giáo phái mà sự gắn kết và tổ chức vượt xa tất cả các đối thủ, với sức cuốn hút cả hai mặt tình cảm và lý trí. Thay vào chỗ những suy đoán lộn xộn và những điều mê tín sơ khai của các giáo phái lúc khởi đạo, một loạt các nhà thần học xuất sắc đã xây dựng một hệ thống giáo lý có mức độ triết lý cao, và sản sinh ra một nền văn học, mãi đến ngày nay mới được thừa nhận vì có giá trị thực sự sau nhiều thế kỷ bị lu mờ. Đối với người mộ đạo, lòng trân trọng của phái Ismaili đối với kinh Qur’an, truyền thống và lệ luật cũng không kém gì phái Sunni. Đối với giới trí thức, họ đưa ra một cách giải thích triết học về vũ trụ, rút từ các nguồn tư tưởng cổ đại và nhất là phái tân-Platon. Về mặt tinh thần, họ mang lại một niềm tin sôi nổi riêng tư, đầy xúc cảm, lấy từ tấm gương khổ hạnh của các vị Imam và sự quên mình của thuộc hạ của những vị này - trải nghiệm về nỗi khổ hình, và đạt được Chân lý. Sau cùng, họ lôi cuốn được những kẻ bất bình, qua phong trào chống đối được tổ chức tốt, rộng khắp và mạnh mẽ, được coi là có nhiều khả năng để lật đổ cái trật tự hiện hành, và thay vào đó bằng một xã hội mới công bằng, do Imam - người thừa kế của đấng Tiên tri, được Thượng đế chọn và là thủ lãnh hợp pháp duy nhất của nhân lọai - dẫn dắt.

Vị Imam đóng vai trò trung tâm của hệ thống Ismaili - về mặt giáo lý và tổ chức, về sự trung thành và hành động. Sau khi thế giới được tạo dựng qua sự hoạt động của trí tuệ vũ trụ và linh hồn vũ trụ, lịch sử nhân loại lại đi vào một chuỗi các chu kỳ, mỗi chu kỳ được khởi đầu bởi một vị Imam "nói”, còn gọi là tiên tri, sau đó là một loạt các Imam "làm thinh". Có những chu kỳ của các Imam ẩn thân và hiện thân, tương ứng với các giai đoạn ẩn giấu và khi tín ngưỡng thắng lợi. Các vị Imam trong chu kỳ hiện nay là hậu duệ của Ali và Fatima thông qua phái Ismaili, là những người được thánh thần dẫn dắt và không bao giờ sai lầm - thật vậy, căn cứ theo tính chất thần thánh của họ, vì Imam là một tiểu vũ trụ, là sự hiện thân của linh hồn siêu hình của vũ trụ. Với cương vị như vậy, Imam là suối nguồn của tri thức và uy quyền - của những chân lý bí truyền không tiết lộ cho những kẻ chưa được khai giác (uninformed), và của những mệnh lệnh đòi hỏi sự tuân phục hoàn toàn và mù quáng.

Đối với kẻ được khai đạo, đó là cả một chuỗi những cảm xúc và kích thích khi có được cái kiến thức bí mật và hành động bí mật. Phần cảm xúc được biết qua Ta’wil al-Bāṭin, cách giải thích thần bí, là một giáo lý cá biệt của phái Ismail mà từ đó cho ra từ Batini thỉnh thoảng xuất hiện. Ngoài nghĩa bóng và nghĩa đen, những tập tục và truyền thuyết trong kinh Qur’an còn có ý nghĩa thứ 2, đó là cách giải thích thần bí và ẩn dụ được Imam phát hiện và truyền dạy cho những người nhập đạo. Một số chi nhánh của giáo phái này thậm chí còn đi xa hơn nữa, và chấp nhận một giáo lý đối nghịch với đạo đức chung (antinomian) thường gặp ở các nhóm Hồi giáo cực đoan thần bí và dị giáo. Cái bổn phận tôn giáo cuối cùng là sự nhận biết - ngộ giác - về vị Imam chân chính; tín đồ sùng đạo không cần theo nghĩa đen của luật pháp, và luật pháp theo nghĩa đen, nếu còn cần giữ, chỉ dùng làm hình phạt cho những kẻ báng bổ. Một chủ đề thường gặp trong các tài liệu tôn giáo phái Ismaili là sự tìm kiếm Chân lý – lúc đầu có thể không thấy, nhưng rồi sẽ tích tụ vào một thời khắc trở thành sự Khai trí rực sáng. Tổ chức và các hoạt động của giáo phái, và sự gìn giữ cũng như truyền bá các giáo lý đều nằm trong tay của một hệ thống các da’i, do một da’i thủ lãnh cầm đầu, là trợ thủ trực tiếp của vị Imam.

Trong một thế kỷ rưỡi đầu tiên sau cái chết của Isma’il, các Imam của phái này đều ẩn thân, và ta chỉ biết ít điều về các hoạt động hoặc thậm chí lời thuyết giảng của các da’i. Một thời kỳ mới bắt đầu vào hậu bán thế kỷ thứ 9, khi sự suy yếu càng ngày càng rõ của triều đại Caliph dòng Abbasid tại Baghdad dường như báo hiệu cho sự tan rã của đế quốc và sự đổ vỡ của xã hội Hồi giáo. Tại các tỉnh, xuất hiện các triều đại địa phương - thường bắt nguồn từ quân sự, đôi khi từ bộ tộc; đa số đều yểu mệnh, và tại một số vùng mang tính hà khắc và bóp nặn nhân dân. Thậm chí tại kinh đô, các Caliph mất dần quyền lực, và trở thành bù nhìn tội nghiệp trong tay bọn lính tráng của chính mình. Các nền tảng của sự tin tuởng và đồng thuận trong thể chế chính trị chung của Hồi giáo đang sụp đổ, và vì thế, dân chúng lại bắt đầu tìm kiếm một chỗ nào đó mang lại được cuộc sống an lành. Trong những thời buổi bất an như thế, thì thông điệp của phái Shi’a - là cộng đồng Hồi giáo đã đi sai đường, và phải quay trở lại con đường đúng đắn - lại được chú ý. Cả hai nhánh của phái Shi’a, phái thờ 12 Imam và phái Ismaili, đều lợi dụng những cơ hội này, và lúc đầu dường như phái thờ 12 Imam hầu như sắp thắng lợi. Các triều đại của phái Shi’ite thờ 12 Imam xuất hiện tại nhiều nơi, và vào năm 946, một triều đại Shi’ite từ Ba tư, họ Buyid, đã làm cho Hồi giáo Sunni hết sức nhục nhã khi đánh chiếm Baghdad và bắt vị Caliph phải chịu sự kiểm soát của phái Shi’ite. Tuy nhiên, vào lúc này, người Shi’ite phái 12 Imam lại không có Imam, vì lẽ vị Imam thứ 12 và là vị cuối cùng, đã mất dạng từ 70 năm về trước. Họ Buyid, đứng trước sự lựa chọn sinh tử, quyết định không thừa nhận bất cứ người nào xưng Imam khác thuộc dòng dõi Ali, mà vẫn giữ họ Abbasid làm Caliph danh nghĩa dưới sự thống trị và bảo trợ của họ. Làm như vậy, họ càng làm mất mặt hơn nữa chế độ Caliph của phái Sunni vốn đã mờ nhạt; và đồng thời, họ loại bỏ được phái Shi’ite ôn hòa bởi vì nhóm này cũng đáng gờm không kém gì chế độ Caliph.

Có quá nhiều điều khiến cho người ta phải tìm một phương cách khác. Những thay đổi lớn về kinh tế và chính trị vào thế kỷ thứ 8 và thứ 9 đã làm cho một nhóm người trở nên lắm tiền của và quyền lực, còn nhóm khác chỉ có nhọc nhằn và vỡ mộng. Tại vùng nông thôn, sự bành trướng của các thái ấp lớn và được hưởng đặc quyền về thuế má thường kéo theo sự bần cùng và nô dịch của các tá điền và tiểu chủ; tại đô thị, sự phát triển về mặt thương mại và kỹ nghệ đã tạo ra một tầng lớp lao động nay đây mai đó, và lôi kéo một lực lượng không ổn định, trôi nổi gồm các di dân nghèo khó, mất gốc. Giữa cảnh đại thịnh vượng, vẫn có cảnh bần hàn khốn khổ. Thói quan liêu cứng nhắc và tính trừu tượng xa vời của niềm tin chính thống, sự tuân thủ đầy cẩn trọng của những người đại diện được công nhận, đã không an ủi gì nhiều cho những người bị tước đoạt, còn đối với những người bất hạnh và mất gốc thì không tìm được gì nhiều cho những khắc khoải tinh thần. Lại còn thêm một nỗi phiền muộn trí thức nữa. Tư tưởng và tri thức Hồi giáo, được làm phong phú từ nhiều nguồn, càng ngày càng trở nên tinh tế, sâu sắc và đa dạng hơn. Có những vấn đề nhức nhối to lớn phải được xem xét, xuất phát từ sự va chạm giữa thiên khải Hồi giáo, triết học và khoa học Hy lạp, sự thông thái Ba tư và những sự kiện lịch sử rành rành không thể chối cãi được. Một trong những vấn đề đó là sự mất niềm tin vào các lời giải đáp Hồi giáo truyền thống, và càng ngày càng nhiều đòi hỏi cấp thiết phải có những lời giải đáp mới. Sự đồng thuận lớn của Hồi giáo - về tôn giáo, triết học, chính trị, xã hội - dường như đang sụp đổ; và cần có một nguyên tắc mới về sự thống nhất và thẩm quyền, công bằng và hiệu quả, để cứu Hồi giáo khỏi con đường diệt vong.

Đây là một điểm mạnh của phái Ismaili khi họ có thể đưa ra một nguyên tắc như vậy – đó là một thiết kế cho một trật tự thế giới mới dưới quyền của Imam. Đối với người mộ đạo lẫn người bất bình, thì cái sứ điệp và sự chăm sóc của các da’i sẽ mang lại niềm an ủi và điều hứa hẹn. Đối với các nhà triết học và thần học, nhà thơ và học giả, thì sự tổng hợp của giáo phái Ismaili là một lời kêu gọi đầy lôi cuốn. Do về sau này phái Ismaili bị chống đối quá mạnh, cho nên phần lớn các tài liệu của họ không còn thấy tại các vùng trung tâm Hồi giáo, và chỉ được lưu giữ trong chi phái mà thôi. Nhưng có một số ít công trình về nguồn cảm hứng của nhóm Ismaili lại được nhiều người biết, và ít nhất người ta cũng tìm thấy được dấu vết ảnh hưởng của nhóm Ismaili trong tác phẩm Ả-rập và Ba tư của nhiều tác giả cổ điển lớn. Trong "thư truyền đạo gởi các đồng đạo chân thật", một bách khoa toàn thư các kiến thức tôn giáo và thế tục được biên soạn vào thế kỷ thứ 10, chứa đầy các tư tưởng phái Ismaili, và đã tạo nên một ảnh hưởng sâu đậm trên đời sống trí thức Hồi giáo từ Ba tư đến Tây ban nha.

Không mấy ngạc nhiên, khi các da’i lại thành công đặc biệt ở những nơi này, như miền nam Iraq, các vùng bờ biển vịnh Ba tư, và nhiều nơi tại Ba tư, là những nơi mà chi phái Shi’a tiền nhiệm, hiếu chiến và cực đoan đã chiếm được sự ủng hộ, hoặc tìm được môi trường thích hợp qua các tục thờ cúng tại địa phương. Vào cuối thế kỷ thứ 9, một nhánh của giáo phái được biết dưới tên Carmathian - chưa rõ mối liên hệ chính xác với dòng Ismaili chính – đã kiểm soát và dựng nên một lãnh thổ giống như một nước cộng hòa tại miền đông bán đảo Ả-rập, họ đã sử dụng nơi này làm căn cứ cho những hoạt động quân sự và tuyên truyền chống lại chế độ Caliphate hơn một thế kỷ. Toan tính chiếm đoạt quyền lực tại Syria của phái Carmathian vào đầu thế kỷ thứ 10 bị thất bại, nhưng giai đoạn này lại có ý nghĩa và cho thấy có một số giúp đỡ tại chỗ dành cho phái Ismaili ngay từ buổi khởi đầu.

Thắng lợi lớn nhất của sự nghiệp Ismaili lại đến từ nơi khác. Vào cuối thế kỷ thứ 9, một nhóm truyền đạo tại Yemen đã lôi kéo được nhiều tín đồ mới và lập được một căn cứ quyền lực chính trị; từ đây họ cử thêm nhiều đoàn truyền đạo đến các nước khác, trong đó có Ấn độ và Bắc Phi, nơi mà họ giành được những thành công thần kỳ nhất. Vào năm 909, họ đủ mạnh để đưa vị Imam ẩn thân lộ hiện và tự xưng là Caliph tại Bắc Phi, tước hiệu là al-Mahdi, thế là họ đã dựng lên được một nhà nước và một triều đại mới. Đây là dòng Fatimid, được coi là hậu duệ của Fatima, con gái của đấng Tiên tri.

Trong vòng nửa thế kỷ đầu, các Caliph dòng Fatimid chỉ cai trị ở phía tây, tức là bắc Phi và đảo Sicily. Tuy nhiên, họ luôn dòm ngó đến phía đông, là quê hương của đạo Hồi, chỉ tại nơi này họ mới mong đạt được ý đồ là lật đổ các Caliph dòng Abbasid theo phái Sunni và xác định chính mình là lãnh đạo duy nhất cho tất cả tín đồ Hồi giáo. Các đặc vụ và sứ đồ phái Ismaili hoạt động mạnh tại tất cả các vùng đất của phái Sunni; quân đội của dòng Fatimid từ Tunisia chuẩn bị chiếm Ai-cập - đó là bước đầu trên con đường thành lập đế quốc tại phương đông.

Năm 969, bước đầu tiên đã hoàn tất đúng lúc. Các đoàn quân của dòng Fatimid chiếm được thung lũng sông Nile, rồi nhanh chóng vượt qua Sinai tiến vào Palestine và miền nam Syria. Các thủ lãnh Fatimid chọn một nơi gần Fustat, nơi đóng đô cũ của chính quyền, xây dựng thành kinh đô mới của đế quốc, đặt tên là Cairo, lập ra một trường đại học tôn giáo là al-Azhar có nghĩa là thành trì của đức tin. Vị Caliph, al-Mu’izz, từ Tunisia dời sang dinh thự mới tại Cairo, nơi mà các hậu duệ tiếp tục trị vì trong 200 năm sau đó.

Sự thách thức của phái Ismaili đối với trật tự cũ giờ đây trở nên sát sườn và lớn mạnh hơn, và lại được duy trì bằng một thế lực lớn - đã có lúc là thế lực lớn nhất trong thế giới Hồi giáo. Thời cực thịnh của đế quốc Fatimid bao gồm Ai cập, Syria, Bắc Phi, Sicily, vùng bờ biển châu Phi của biển Đỏ, Yemen và vùng Hijaz thuộc bán đảo Ả-rập nơi có các thánh địa Mecca và Medina. Ngoài ra, Caliph dòng Fatima còn kiểm soát một hệ thống rộng lớn các da’i và nắm được sự trung thành của vô số giáo đồ tại những vùng đất phương đông đang nằm trong tay của các lãnh đạo dòng Sunni. Tại những trường lớn ở Cairo, các học giả và giáo sư dựng nên học thuyết về đức tin Ismaili và đào tạo nhiều giáo sĩ đi truyền giảng các giáo lý này cho những ai chưa cải đạo ở trong nước và ngoài nước. Một trong những vùng hoạt động chính của họ là Ba-tư và vùng Trung Á, những con người khát khao chân lý tại đây tìm đường đến Cairo học tập để rồi sau khi đã thông thạo lại quay về quê hương rao giảng thông điệp của phái Ismaili. Xuất sắc nhất trong nhóm này là triết gia và nhà thơ Nasir–i Khusraw. Vốn là người đã cải đạo tại Iran, ông ta đến Ai cập vào năm 1046 và quay về nước để rao giảng giáo lý Ismaili tại các vùng đất miền đông là nơi ông ta có ảnh hưởng lớn.

Sự đáp trả của phái Sunni lúc đầu còn hạn chế và bất lực - gồm các biện pháp an ninh chống lại các da’i, và chiến tranh chính trị chống lại dòng Fatimid, chẳng hạn như trong một tuyên bố mang tính thuyết phục không cao, công bố tại Baghdad vào năm 1011, họ tố cáo chế độ Fatimid đang cầm quyền không hề có mối liên hệ với dòng Fatimid, mà chỉ là con cháu của một kẻ tiếm danh có thành tích bất hảo.

Tuy thế, mặc dù với sức mạnh to lớn, và với một nỗ lực lớn khi phát động chiến tranh chính trị, tôn giáo và kinh tế chống lại chế độ Caliph dòng Abbasid, những thách thức của phái Fatimid thất bại. Chế độ Caliph dòng Abbasid vẫn tồn tại; Hồi giáo Sunni phục hồi và chiến thắng - và các Caliph dòng Fatimid tiếp tục mất dần đế quốc, quyền hành và giáo đồ.

Một phần nguyên nhân của sự thất bại này là do các biến cố xảy ra tại phương đông, nơi đang diễn ra nhiều sự xáo trộn lớn. Sự tiến công của các dân tộc gốc Thổ đã góp phần chặn đứng sự phân mảnh chính trị của vùng Tây Nam Á, và nhờ vậy đã giúp phục hồi sự thống nhất và ổn định đang bị mất dần tại các vùng đất dưới quyền chế độ Caliph dòng Sunni trong một thời gian. Các tay chinh phục người Thổ là dân mới cải đạo, nhiệt tình, trung thành và chính thống; họ thấm nhuần sâu đậm nhiệm vụ của họ đối với đạo Hồi, và đối với trách nhiệm là những người bảo vệ mới của Caliph và các chủ nhân của thế giới Hồi giáo, là duy trì và bảo vệ đạo này khỏi những mối hiểm nguy bên trong và bên ngoài. Nhiệm vụ này họ hoàn thành đầy đủ. Các thủ lãnh và binh lính Thổ với sức mạnh và khéo léo về chính trị và quân sự đã chống đỡ, ngăn chận, và đánh lùi hai mối nguy hiểm lớn đe dọa Hồi giáo Sunni - đó là sự thách thức của các Caliph dòng Fatimid và, sau này, là sự xâm lăng của các cuộc Thập tự chinh đến từ châu Âu.

Những mối nguy hiểm tương tự - sự phân ly tôn giáo và nạn ngoại xâm – đã khiến cho sự hồi phục của phái Sunni trở nên thuận lợi hơn. Trong thế giới của phái Sunni quyền lực tôn giáo vẫn còn nhiều chỗ dựa to lớn - nền thần học của các học giả, tính chất tinh thần của các nhà thần bí, và lòng mộ đạo thuần thành của các giáo đồ. Trong thời buổi vừa khủng hoảng vừa phục hưng đó, người ta đã đạt được một tổng hợp mới, đáp ứng được sự thách thức về tâm linh của tư tưởng Ismaili và sự lôi cuốn tình cảm của niềm tin Ismaili.

Trong lúc các đối thủ phái Sunni đạt được ưu thế về chính trị, quân sự và tôn giáo, thì chính nghĩa của dòng Fatimid phái Ismaili lại bị suy yếu do các bất đồng tôn giáo và sự suy đồi chính trị. Những mối xung đột nghiêm trọng đầu tiên trong phái Ismaili là do chính sự thành công của dòng Fatimid. Các nhu cầu và trách nhiệm của một triều đại và một đế quốc đòi hỏi phải có một vài thay đổi đối với các học thuyết trước đó, và nói theo cách của một học giả Ismaili hiện đại, đó là "sự chấp nhận một thái độ bảo thủ và khắc nghiệt hơn đối với định chế Hồi giáo đang tồn tại vào thời đó". Ngay từ lúc đầu, có sự tranh cãi giữa nhóm cấp tiến và bảo thủ, giữa nhóm muốn duy trì và nhóm phát hiện các bí mật bí truyền. Có đôi lúc các Caliph dòng Fatimid phải đối đầu với sự ly khai, và thậm chí với cả sự đối kháng bằng vũ lực, khi nhiều nhóm giáo đồ thôi không ủng hộ. Vào thời Caliph thứ nhất dòng Fatimid tại Bắc Phi, đã xảy ra những cuộc tranh luận giữa các da’i về nhiều quan điểm khác nhau, và một số đã từ bỏ hàng ngũ Fatimid. Vị Caliph thứ tư, al–Mu’izz, cũng phải đối đầu với những khó khăn tương tự; vào đúng thời điểm khi chinh phục chiến thắng Ai cập, ông ta còn phải chiến đấu chống lại nhà Carmathian ở phía đông bán đảo Ả-rập, nhà này lúc đầu ủng hộ dòng Fatimid, sau đó trở mặt chống lại họ, tấn công vào quân đội của họ tại Syria và Ai cập. Về sau, nhà Carmathian dường như quay lại trung thành với dòng Fatimid, rồi suy yếu dần và tan rã. Một sự ly khai khác xảy ra sự khi vị Caliph thứ 6 là al–Hakim mất dạng vào năm 1021 trong những tình huống khó hiểu. Một nhóm giáo đồ tin rằng al-Hakim là thánh, chưa chết nhưng đang ẩn dật đâu đó. Không chấp nhận sự cai trị của dòng Fatimid, họ tách ra khỏi nhánh chính của phái này. Họ cũng giành được chút ít ủng hộ của nhóm Ismaili tại Syria, nơi mà nhiều nhóm của họ vẫn còn tồn tại tại các quốc gia như Syria, Lebanon và Israel ngày nay. Một trong những người sáng lập ra phái này là da’i Muhammad ibn Isma’il al-Darazi vốn gốc dân Trung Á. Ngày nay họ được gọi là người Druze theo tên ông ta.

Trong suốt thời gian dài dưới sự cai trị của al-Mustansir (1036-94), vị Caliph thứ 8, đế quốc Fatimid phát triển cực thịnh và rồi suy tàn nhanh; sau khi ông chết đi, sứ mạng của phái Ismaili bị xâu xé do sự chia rẽ nội bộ lớn nhất.

Khi quyền lực của dòng Fatimid đang cực thịnh, thì Caliph tự mình quản lý mọi công việc, nắm hết quyền hành thuộc 3 nhánh chính của chính quyền – bộ máy quan chức, hệ thống tôn giáo, và lực lượng vũ trang, và người đứng đầu thực sự của chính phủ dưới quyền Caliph là vị vizier, một chức quan dân sự; người đứng đầu của hệ thống tôn giáo là thủ lãnh các da’i hoặc các nhà truyền giáo, là những người ngoài nhiệm vụ kiểm soát các cơ sở của phái Ismaili trong đế quốc, còn là tư lệnh một đội quân đông đảo các phái viên và giáo sĩ truyền đạo Ismaili tại nước ngoài. Chỉ huy lực lượng vũ trang, là phần chủ yếu của một chế độ dân sự, cầm đầu nhánh thứ 3. Tuy nhiên kể từ khi al-Hakim chết, thì nhánh quân sự càng ngày càng nắm chặt uy thế của mình và làm giảm quyền lực của phái dân sự và thậm chí của chính vị Caliph nữa. Những thất bại, tai họa, và các xáo trộn vào giữa thế kỷ thứ 11 lại càng làm cho tiến trình này xảy ra nhanh hơn; và tiến trình này hoàn tất vào năm 1074, khi Badr al – Jamali, thủ lãnh quân sự thành Acre, dẫn đội quân của mình vào Ai cập để tiếp quản các công việc theo lời mời của vị Caliph. Chẳng bao lâu, ông này trở thành nhà lãnh đạo đất nước Ai cập, được vị Caliph trao cho 3 tước vị là tư lệnh quân đội, thủ lãnh giáo đoàn truyền giáo, và là vizier - có nghĩa là ông ta nắm trọn 3 nhánh quân đội, tôn giáo, và hành chính. Ông ta thường được biết với chức danh quân sự.

Kể từ đó trở đi, ông chủ thực sự tại Ai cập là Tư lệnh quân đội, là một nhà độc tài quân sự cai trị bằng quân đội. Chức vụ này trở thành thường trực, được Badr al – Jamali truyền cho con, rồi đến cháu, và sau đó là một loạt các độc tài quân sự khác. Cũng như tại Baghad các Caliph dòng Abbasid vốn là các con rối yếu đuối trong tay các phán quan, còn dòng Fatimid giờ đây chỉ là bù nhìn cho một loạt các nhà độc tài quân sự. Đây là một sự suy tàn đáng buồn đối với một triều đại đã từng tuyên xưng đứng đầu về tinh thần và chính trị của tất cả các giáo đồ đạo Hồi - một sự suy vong đầy nghịch lý các niềm tin và hy vọng của tín ngưỡng phái Ismaili.

Một sự thay đổi như vậy chắc chắn sẽ gây sự bất bình và chống đối trong nhóm kiên định và hiếu chiến hơn của các phe phái, càng ngày họ càng hiếu chiến và kiên định hơn nữa bởi vì sự thay đổi này xảy ra cùng lúc với thời kỳ phái Ismaili hoạt động trở lại tại Ba tư. Khi al – Afdal thay thế cha mình là Badr al – Jamali vào năm 1094 sự việc không thay đổi nhiều; nhưng vài tháng sau đó, khi al-Mustansir chết, vị Tư lệnh quân đội không gặp nhiều khó khăn khi phải chọn một Caliph mới. Một phía là Nizar, là con trưởng và đã trưởng thành, đã được al–Mustansir chọn làm người thừa kế, được các thủ lãnh Ismaili biết đến và chấp nhận; còn phía kia là người em, al-Musta’li, không có ai là đồng minh hoặc hậu thuẫn, chắc hẳn sẽ hoàn toàn phụ thuộc vào người bảo trợ đầy quyền lực. Rõ ràng là đã có chủ ý, nên al – Afdal đã sắp xếp gả em gái của mình cho al-Musta’li, và khi al-Mustansir chết, bèn dựng người em rể lên làm Caliph. Nizar bỏ chạy đến Alexandria, rồi nhờ có sự hỗ trợ tại đây, tổ chức nổi loạn. Sau một vài thành công ban đầu, ông ta bị đánh bại, bị bắt, và bị giết sau đó.

Khi chọn al-Musta’li, al-Afdal chia tách chi phái từ ngọn tới gốc, và cố ý tỏ ra lạnh nhạt với hầu như toàn bộ các giáo đồ tại các vùng đất phía đông của Hồi giáo. Thậm chí ngay cả trong cương thổ của dòng Fatimid, cũng có các phong trào chống đối; các nhóm Ismaili phía đông từ chối không công nhận vị Caliph mới, và sau khi tuyên thệ trung thành với Nizar và hậu duệ của ông này, bèn cắt đứt mọi quan hệ với tổ chức Fatimid tại Cairo vốn đã suy yếu. Sự phân tách giữa nhà nước và những người cách mạng, vốn xảy ra ngay từ khi nhà nước mới hình thành, giờ đây đã hoàn tất.

Từ lâu rồi, ngay cả những tín đồ Ismaili nằm ngoài các vùng đất Fatimid nơi al-Musta’li được thừa nhận, cũng đã cắt đứt mối quan hệ với chế độ tại Cairo. Vào năm 1130 sau vụ mưu sát al-Amir, là con và người kế vị al-Musta’li, do những người ủng hộ phái Nizari thực hiện, họ từ chối công nhận vị Caliph mới tại Cairo, và tin tưởng rằng Tayyib, đứa con còn nhỏ và bị thất lạc của al-Amir, đang ẩn cư đâu đó và đến lúc sẽ xuất hiện. Sau Tayyib, không còn Imam nào khác nữa.

Còn 4 vị Caliph dòng Fatimid nữa trị vì tại Cairo, nhưng họ cũng chỉ là một triều đại Ai cập tại địa phương, không có quyền lực, ảnh hưởng và hy vọng. Vào năm 1171, khi vị Caliph cuối cùng đang nằm chờ chết trong lâu đài của mình, thì Saladin, vốn là chiến binh người Kurd, lúc này là ông chủ thực sự của Ai cập, cho phép một thầy giảng đọc kinh cầu nguyện nhân danh Caliph dòng Abbasid tại Baghdad. Chế độ Caliph dòng Fatimid, vốn đã không còn là một sức mạnh chính trị cũng như tôn giáo, giờ đây mới bị thủ tiêu thực sự, hầu như toàn thể dân chúng không chút quan tâm. Các sách vở nghịch đạo của nhóm Ismaili bị đem ra đốt. Sau hơn hai thế kỷ dưới sự cai trị của dòng Fatimid, Ai cập lại trở về với lề lối phái Sunni.

Vào thời điểm này, ít người tin rằng nhóm Ismaili còn hiện diện tại Ai cập. Tuy nhiên, tại các vùng khác, giáo phái này vẫn tồn tại, dưới hai nhánh chính được phân tách sau khi al-Mustansir chết. Vẫn còn các đệ tử của al-Musta’li chủ yếu tại Yemen và tại Ấn độ, họ được gọi là nhóm Bohra. Nhóm này theo kinh sách cũ bởi vì họ duy trì những truyền thống giáo lý chính của thời kỳ Fatimid.

Trong khi các giáo đồ phái al-Musta’li cố thủ trong những tiền đồn xa xôi của đạo Hồi, thì nhóm Nizaris đối nghịch, nhóm ủng hộ Nizar, bắt đầu phát triển mạnh, cả về giáo lý lẫn hành động chính trị, và có lúc đã đóng vai trò quan trọng và sâu sắc trong đời sống Hồi giáo.

Vào thế kỷ 11 thế giới Hồi giáo bị suy yếu ngày càng nặng khi gặp một loạt các cuộc xâm lăng, trong đó quan trọng nhất là sự xâm lăng của người Thổ Seljuq, nhóm này đã dựng lên một đế quốc quân sự mới trải dài từ Trung Á đến vùng Địa trung hải. Đi cùng với những cuộc xâm lăng này là những thay đổi quan trọng trên các mặt kinh tế, xã hội và văn hóa, đã đóng một vai trò cực kỳ quan trọng trong lịch sử Hồi giáo. Sau khi chinh phục, đất đai rộng lớn và hoa lợi đều chảy vào túi của các tướng lĩnh của quân đội Thổ chiến thắng, những người này dựng nên một tầng lớp cai trị mới, hất chỗ hoặc khống chế giới quí tộc lớn và nhỏ người Ả-rập và Ba tư cũ. Quyền lực, của cải và địa vị thuộc về những người mới - những người xa lạ, vốn chưa hòa nhập mấy với nền văn minh đô thị của thế giới Hồi giáo vùng Trung đông. Địa vị của tầng lớp ưu tú cũ lại càng bị suy yếu nhiều hơn nữa bởi những yếu tố khác – sự di chuyển của dân du mục, những thương lộ bị thay đổi, và có nhiều thay đổi lớn dẫn đến sự trỗi dậy của châu Âu và sự suy tàn tương đối của Hồi giáo. Trong thời buổi loạn lạc và đầy nguy hiểm, các ông chủ mới người Thổ đã đưa ra các biện pháp để duy trì trật tự và sức mạnh - với cái giá cao hơn về chi phí quân sự, kiểm soát chặt chẽ hơn các hoạt động công cộng, và siết chặt hơn về tư tưởng.

Quyền lực quân sự của người Thổ rất vững chắc - tính chính thống của các trường phái không còn phải chịu thử thách nghiêm trọng nào. Nhưng giờ đây lại có những phương pháp tấn công mới, và đối với vô số những kẻ bất bình của đế quốc Seljuq, thì giáo lý của phái Ismail dưới hình thức mới, một lần nữa lại đưa ra một luận cứ đầy quyến rũ phê bình tính chính thống, kết hợp với một chiến lược phản kháng mới, đầy hiệu quả. "Kiểu thuyết giảng cũ" giáo phái Ismaili đã thất bại, đế quốc Fatimid đang chết dần. Và như thế cần có lời thuyết giảng mới và một phương pháp mới. Tất cả đều bắt nguồn từ một nhà cách mạng Ismaili thiên tài, đó là Hasan–i Sabbah.