Vài nghìn dặm tiếp theo là khoảng thời gian hỗn loạn nhất, nhưng cũng là những ngày bình yên nhất của Trái Đất trong thời gian gần đây. Dù Hư Không Sứ Giả đã bị đẩy lùi, nhưng chúng để lại trên Trái Đất vô số đống đổ nát. Nhiều thành phố bị tấn công khiến dân thường và quân nhân thương vong vô số. Cộng thêm sự giằng co giữa DC và Liên Bang, cả hành tinh trông như vừa bước ra khỏi cuộc chiến, những dòng chảy ngầm vẫn không ngừng cuộn trào trong bóng tối.
Sự bình yên cũng đến từ cùng một lý do: mối đe dọa xâm lăng từ người ngoài hành tinh đã biến mất, cuộc chiến giữa Liên Bang và DC cũng dừng lại. Người ta không còn phải lo sợ pháo hỏa rơi xuống đầu mình bất cứ lúc nào, khiến Trái Đất dần lộ ra dáng vẻ của một nơi đang chờ đợi sự phục hồi.
Liên Bang đồng ý với tất cả các điều kiện mà Tiêu Nhiên đưa ra. Họ thiết lập chính phủ Liên Bang mới trong thời gian ngắn nhất, đồng thời thực hiện tách biệt quân đội và chính quyền, hoàn toàn mất đi quyền kiểm soát quân sự. Ngay cả khi Tiêu Nhiên đồng ý để các đơn vị đồn trú của Liên Bang trên danh nghĩa do họ quản lý, thì trên thực tế, mọi thứ vẫn nằm trong sự kiểm soát của anh.
Về phía DC, sau một lần hội diện giữa Tiêu Nhiên và Bỉ An, Bỉ An đã từ bỏ phần lớn quyền kiểm soát quân đội DC, giao lại cho Tiêu Nhiên. Ông cũng từ bỏ phần lớn lãnh thổ từng chiếm được từ tay Liên Bang, lui về một góc, chỉ chiếm giữ một châu. DC chuyển mình từ một tổ chức quân sự nổi loạn trở về đúng với bản chất là một cơ quan nghiên cứu. Một DC mới với vũ trang tự vệ, tương đương với một quốc gia kiểu mới, bắt đầu phối hợp chặt chẽ với Vệ Tinh Thống Hợp để tiến hành chỉnh hợp quân sự.
Còn nhóm người do Tiêu Nhiên, Lôi Bỉ Nhĩ, Hạ Á và Khắc Lỗ Trạch dẫn đầu cũng rơi vào guồng quay công việc không hồi kết. Họ không can thiệp vào chính vụ của Liên Bang, nhưng việc chỉnh hợp quân đội của ba bên: Liên Bang, Vệ Tinh Thống Hợp và DC đã chiếm phần lớn tinh lực của họ.
Họ triệt để đánh tan hệ thống chỉ huy của cả ba bên, tiến hành thẩm định và điều động. Lấy các hạm đội của Nhiên Thiêu Quân Đoàn làm hạt nhân, chèn các sĩ quan cấp trung của quân đoàn vào làm khung xương, họ xáo trộn hoàn toàn lực lượng quân sự của thế giới này để thiết lập hệ thống quân sự mới. Trong quá trình đó, họ không hề cố ý chèn ép các sĩ quan cũ của Liên Bang hay DC, mà sắp xếp lại dựa trên chức vụ của họ.
Những chỉ huy có năng lực điều hành độc lập như Lan Ba của Nhiên Thiêu Quân Đoàn, sau khi đảm bảo sự ổn định và chiến lực của hạm đội quân đoàn, cũng được phái đi nơi khác, trở thành đại viên độc lập chỉ huy một đội ngũ trên Trái Đất hoặc ngoài vũ trụ. Vì lý do này, lực lượng phòng vệ của "Gia Viên" cũng được phân tán. Bốn tàu lớp Macross gồm Hôi Tẫn Sứ Giả, Thủ Hộ Giả, Huynh Đệ Hội và Liệt Diễm được sắp xếp lại và hạ cánh xuống Trái Đất.
Trong kế hoạch đã định sẵn, Kiệt Phất Lí sẽ dẫn dắt Tân Cát Áo Nhĩ cùng hạm đội đồn trú tại Mặt Trăng; Mã Lưu dẫn dắt Nhiên Thiêu Quân Đoàn cùng hạm đội trấn thủ Vệ Tinh Thống Hợp; Lôi Bỉ Nhĩ dẫn dắt Tân Liên Bang cùng hạm đội trấn áp phía Liên Bang và DC.
Cộng thêm tám chiến hạm được phái đến các căn cứ trọng yếu trên Trái Đất gồm Hôi Tẫn Sứ Giả, Thủ Hộ Giả, Huynh Đệ Hội, Liệt Diễm, cùng với Phong Hành Giả và Trục Phong của hạm đội Lôi Bỉ Nhĩ, Mạt Nhật Quyết Chiến của hạm đội Khắc Lỗ Trạch, và Mệnh Vận của hạm đội Hạ Á, toàn bộ bố phòng quân sự của Trái Đất đã được phân chia lại.
Sau đó, lấy sức mạnh của hạm đội Nhiên Thiêu Quân Đoàn làm hạt nhân và khung xương thực sự, lấp đầy vào quân đội Liên Bang và quân đội DC sau khi đã bị xáo trộn, họ chậm rãi tái thiết lập hệ thống quân sự một lần nữa.
Hạm đội của Khắc Lỗ Trạch và Hạ Á vẫn đóng vai trò là chiến lực chủ chốt lưu lại ngoài vũ trụ, đồng thời đảm nhận trách nhiệm giám sát hoặc chi viện cho phía DC. Hạm đội của quân Liên Bang cũ và quân Vệ Tinh Thống Hợp được tổ chức lại để đảm nhận công tác tuần tra vũ trụ thường nhật.
Mọi sự sắp xếp đều được thực hiện trong thời gian ngắn nhất nhờ sự nỗ lực của tất cả mọi người, bao gồm cả các sĩ quan cao cấp của quân Liên Bang và quân DC. Sau khi chức năng được phân chia lại, các sĩ quan này về cơ bản vẫn giữ nguyên chức vụ cũ. Ngoài việc thay đổi địa điểm, điều chỉnh chức năng và chuyển biến thân phận, mọi thứ không có quá nhiều khác biệt. Đối với họ, đây có thể coi là một sự trọng dụng.
Tiêu Nhiên để các sĩ quan của Liên bang cũ và quân DC gia nhập vào tầng lớp lãnh đạo, chính là muốn bày tỏ thái độ rõ ràng với cả hai bên. Chính thái độ thẳng thắn, không giấu giếm này đã khiến quân đội hai phía trút bỏ được những toan tính riêng, toàn tâm toàn ý phối hợp vào công tác hợp nhất.
Thế nhưng, dù có đẩy nhanh tiến độ đến đâu, việc hợp nhất lực lượng quân sự của ba bên cũng phải mất gần một tháng mới hoàn thành. Điều này cũng nhờ vào việc quân DC vốn dĩ phần lớn đã thuộc về Liên bang, cùng một gốc gác nên việc sáp nhập lại cũng bớt đi không ít phiền phức.
Về phần toàn bộ nhân sự trên tàu Thiết Hợp, khi biết tin Liên bang đầu hàng, hơn nữa toàn bộ quân đội Liên bang sau này sẽ quy về quân đội mới do Tiêu Nhiên trực tiếp quản lý, những cảm xúc như chấn kinh, ngạc nhiên cùng đủ loại suy nghĩ đã lấp đầy tâm trí mỗi người. Họ cảm thấy sự thay đổi của thế giới này quả thực nhanh đến mức không kịp trở tay.
Nhưng mệnh lệnh là mệnh lệnh, bất kể là mệnh lệnh của Liên bang cũ hay mệnh lệnh của Quân phòng vệ Trái Đất mới, họ cũng chỉ có thể lựa chọn chấp nhận. Cộng thêm sự thuyết phục từ Kira và Cagalli, toàn bộ thành viên tàu Thiết Hợp đành phải chấp nhận sự thật rằng thân phận của mình đã thay đổi.
Sau đó, Tiêu Nhiên ban một tờ lệnh điều động, đưa tàu Archangel, Thiết Hợp, Hắc Kim và Phi Long đến căn cứ Viễn Đông - nơi vốn nổi danh và đầy rẫy tai ương trong cả trò chơi lẫn hoạt hình. Mu, Shin, Mauru, Rei, đội của Barry cùng bộ ba "Sát Đại Lạp" đều đi theo hộ tống.
Tiêu Nhiên chỉ định Bazil làm chỉ huy trưởng căn cứ Viễn Đông, nắm quyền điều phối tàu Thiết Hợp, Hắc Kim và Phi Long. Đồng thời, ba chiến hạm này được biên chế thành một đơn vị mới, chính thức đặt tên là "Đội chiến đấu Cương Long", do hạm trưởng Đại Thiết phụ trách.
Tuy chiến hạm đã được điều đi, nhưng toàn bộ phi công của Đội chiến đấu Cương Long như đội ATX, đội SRX đều tạm thời ở lại trong không gian. Họ bị đưa thẳng vào trạm không gian "Gia Viên", cùng với cơ thể (robot) của mình bị đẩy hết vào tay của Lowe và Leonard.
Về mặt kỹ thuật, Lowe từ bỏ công việc quản lý vốn không phải sở trường của mình mà giao lại cho Leonard - người có cái đầu nhạy bén và nhiều kinh nghiệm hơn. Leonard trở thành người đứng đầu bộ phận kỹ thuật, bắt đầu thống kê các cơ sở nghiên cứu trực thuộc Liên bang, chuẩn bị xây dựng một trung tâm nghiên cứu khổng lồ trên Mặt Trăng để nghiên cứu và phát triển công nghệ của thế giới này.
Tuy nhiên, vì các vấn đề về nghiên cứu, chọn địa điểm, thậm chí là xây dựng công trình trên Mặt Trăng, hiện tại vẫn chưa có động thái gì quá lớn. Họ chỉ cùng với Lowe, dẫn dắt đội ngũ nghiên cứu bên trong "Gia Viên" bắt đầu công việc về động cơ niệm lực, Tân nhân loại và các loại cơ thể thế hệ mới theo yêu cầu của Tiêu Nhiên.
Còn về Dindal, người đã nghiên cứu kỹ thuật gen từ rất lâu, bị Tiêu Nhiên lôi ra khỏi phòng thí nghiệm ngay trong thời điểm bận rộn nhất này. Ông bị ném vào vị trí Phó Tổng thống phụ trách hợp nhất vệ tinh, bắt đầu thay Tiêu Nhiên thu phục lòng người và ổn định cục diện.