Trong khi thế giới chú ý vào việc hai con rồng, một lớn một nhỏ ở châu Á gầm gừ nhau, Kampuchia đang ở trong thời kỳ cực điểm của bạo lực, có thể thúc đẩy Việt Nam can thiệp vào nước này sớm hơn. Ngay cả một nhóm quan sát viên Kampuchia ở phương Tây, những người có nhiệm vụ điều hành chương trình phát thanh của đài Phnom Pênh và phỏng vấn những người tỵ nạn vừa mới trốn khỏi Kampuchia, cho biết những điều chính yếu đang xảy ra trong nội địa nước Cọng hòa dấu kín này, cũng không thể ngờ rằng các hành động bạo lực ghê gớm đã xảy ra ở trên các đồng lúa và trong các đồn điền cao su ở phía Đông Kampuchia. Hôm 24 tháng Năm, một ngày sau khi Brzezinsky rời Bắc Kinh sau chuyến đi thành công tốt đẹp, Trung Hoa công khai đá giò lái Việt Nam. Cùng một ngày thứ Tư đó, trùng hợp một cách mai mỉa, một cuộc tấn công loại khác vào một thành phố nhỏ ở Kampuchia, tên gọi là Suong, xa Bắc Kinh hai ngàn dặm. Pol Pot gởi các sư đoàn trung ương tới để bao vây bộ chỉ huy đảng Khu Đông, bắt giữ những tên lãnh đạo đảng “phản bội” nghi ngờ có quan hệ với Việt Nam. Một số ít bị bắt, bị tra khảo, và làm bản tự thú, rồi sau đó bị hành quyết. So Phim, bí thư Khu Đông, một thời là cánh tay mặt của Pol Pot, tự tử. Một số khác nổi dậy chống quân Pol Pot, rồi chạy trốn qua Việt Nam, làm cho số lượng kháng chiến chống Pol Pot gia tăng. Cuộc giết chóc cán bộ và binh lính Khu Đông một cách tàn bạo đã dập tắt hy vọng cuối cùng nhằm lật đổ Pol Pot. Hỏa lực Việt Nam bây giờ là bắn phá dọc vùng biên giới.

Ngày 25 tháng Sáu, thế giới ngạc nhiên vì lời tố cáo của Phnom Pênh, khi họ cho biết đã đập tan một âm mưu phản loạn do Việt Nam và CIA (Central Intelligence Agancy - Cơ quan Tình báo Trung ương của Mỹ) xúi dục. Một ít người tin lời tố cáo hành động hợp đồng ám muội đó, cùng lúc với việc Việt Nam tuyên truyền các cuộc lật đổ ở Kampuchia, củng cố thêm niềm tin hình như có gì quan trọng đang xảy ra trong nội bộ Kampuchia. Phải đến hai năm sau, sau khi hành động giết người được trình bày chi tiết, và cuộc khởi loạn ở phía Đông nổi lên, toàn bộ câu chuyện mới được rõ. Cuộc lật đổ bị phá vở và việc đàn áp ở khu vực này nằm trong chuỗi biến động ở Đông Dương, chỉ là câu chuyện làm cho người ta chú ý thêm mà thôi.

Trong nhiều ý nghĩa, các cuộc thanh trừng ở phía Đông đạt tới mức đổ máu tối đa để bảo vệ quyền lực của Pol Pot đối với tất cả các khu trong nước. Nước Kampuchia Dân chủ phân chia thành 7 khu dựa trên địa lý. Khu Bắc, khu Đông Bắc, khu Đông, khu Tây Nam, khu Tây, khu Tây Bắc và khu Trung ương, duy trì gần y như tình trạng trong thời kỳ hoạt động bí mật và cũng giống như trong thời kỳ kháng chiến (1970-75). Việc thiếu phương tiện liên lạc và vì tình hình an ninh, đưa tới tình trạng tự trị giữa các đơn vị đảng trong những vùng khác nhau. Trong vòng bốn năm kể từ khi nắm quyền, lãnh đạo trung ương của Pol Pot phải tìm cách áp đặt quyền hạn trực tiếp và kiểm soát chặt chẽ các khu. Với sự hỗ trợ của các lực lượng Trung ương và Tây Nam, Pol Pot mở ra các cuộc thanh trừng trong các năm 1976-77 để loại trừ cấp lãnh đạo khu Bắc và Tây Bắc. Quan điểm chính yếu khác nhau của họ là tiến trình thực hiện biện pháp cách mạng khắc nghiệt. Đối với những người thắc mắc về phương pháp cực đoan của Pol Pot nhằm tiến nhanh lên chủ nghĩa cọng sản và sự đối xử bất nhân với dân thành phố bị đuổi về nông thôn, chính sách phiêu lưu của ông ta với Việt Nam, những người này bị đánh giá là phản bội và xử tử. Mỉa mai thay, phần nhiều các nạn nhân bị thanh trừng lại tin rằng Việt Nam đe dọa Kampuchia, trừ phi sự sai lầm được sửa chữa, không thì cách mạng Kampuchia sẽ thất bại hoàn toàn và quốc gia sẽ không còn đủ sức chống lại Việt Nam -một sự chẩn đoán chính xác mà những biến cố sau này đã chứng minh. Bởi vì Pol Pot và nhóm nhỏ trung thành với ông ta tố cáo những người bất đồng ý kiến là phản bội là biện pháp tiện lợi nhất để tránh “ tranh cải về đường lối của đảng, qua đó, không những Pol Pot bị đánh bại mà còn có thể tháo gỡ đưọc mọi sự rắc rối trong nôị bộ đảng.” Stephen Heder chỉ rõ cho thấy như vậy. (32)

Trong các khu vực, khu Đông là mối đe dọa nghiêm trọng hơn hết đối với quyền lãnh đạo của Pol Pot. Từ khi có phong trào Issarak chống Pháp vào thập niên 1940, khu vực này thuận tiện cho việc hợp tác với Cọng sản Việt Nam. Sự tiếp cận địa lý với Việt Nam và sự có mặt của công nhân Việt Nam trong các đồn điền cao su làm cho việc tiếp xúc dễ dàng. Trong thời kỳ đầu chống Lon Nol, đây là khu vực Việt Nam giúp để huấn luyện và tổ chức quân kháng chiến Kampuchia. Việc hợp tác lâu dài với Việt Nam đã để lại những ấn tượng sâu sắc trên hình thái chính trị của đảng cọng sản Kampuchia trong khu vực này. Trong khi nhóm do Pol Pot lãnh đạo thì chịu ảnh hưởng Mao rất lớn về khái niệm bình đẳng và đấu tranh giai cấp không ngừng. Các nhà lãnh đạo khu Đông thì không tiến bộ bằng, họ theo đường hướng Việt Nam tiến lên chủ nghĩa xã hội. Đường hướng này chủ yếu nhắm tới việc xử dụng các nguồn dự trữ có sẵn - giai cấp tư sản và các phương tiện khác- để gia tăng sản xuất, loại bỏ sự khác biệt về giai cấp là mục tiêu thứ hai. (33)

Người ta không biết khi nào thì những dị biệt này được thảo luận công khai hoặc khi nào thì các nhà lãnh đạo khu Đông thách thức quyền lực chính trị của Pol Pot. Hình như các nhà lãnh đạo khu Đông không nhiệt tình trong việc áp dụng một vài chính sách cực tả và khắc nghiệt do Trung ương chỉ đạo. Trong suốt ba năm đầu Khmer Đỏ cai trị, khu này có nhiều lương thực, và trong vài trường hợp được chiếu cố, đời sống của “người dân mới” -dân thành phố bị xua đuổi- đỡ khắc nghiệt hơn các nơi khác ở trong nước. (34)

Tuy nhiên, điều này không có nghĩa là khu Đông không có sự giết chóc. Hơn sáu chục ngàn người Chàm thiểu số -hầu hết ở trong khu vực tỉnh Kompong Cham - bị giết chết vì theo đạo Hồi. Một trong những cách giết chóc người dân thường Việt Nam tàn ác nhất là do các đơn vị khu Đông xâm nhập vào Việt Nam -Dĩ nhiên có sự chỉ đạo của Trung ương. Dù sao, sự thực vẫn cho thấy hoặc là vì hậu quả bất bình của đảng viên, hoặc vì sự quấy nhiễu của Pol Pot đối với khu Đông, khu vực này của Kampuchia là nơi sản sinh ra nhiều cán bộ nhứt, họ là những người đứng lên chống Pol Pot hoặc bị Trung ương dẹp tan trước khi họ làm được gì. (35)